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4e séminaire de biotechnologie de l’UMRS728

Pour la 4ème édition, le Laboratoire Inserm UMRS 1165 (ex- UMRS 728) de l’Institut Universitaire d’Hématologie, avec le concours du Cancéropôle Île-de-France, a organisé sur deux journées, le 4e séminaire de Biotechnologie du Campus Saint-Louis les 12 et 13 septembre 2013.

Ouvertes à chaque édition sur une thématique très ciblée, ces journées ont mis l’accent sur le suivi d’un protocole d’assurance qualité de prélèvements biologiques pour en minimiser les artefacts liés à des traitements inappropriés, et donc optimiser la qualité et la reproductibilité des résultats qui vont découler de leurs analyses.

Ces journées ont réuni près d’une centaine de personnes venues de tous horizons au niveau national. Que ce soient des chercheurs, des ingénieurs, des techniciens ou des étudiants, de nombreuses discussions furent proposées autour de présentations de 30 minutes qui ont porté sur différents points:

  1. Faire le point sur la démarche qualité du traitement des échantillons depuis le prélèvement jusqu’à l’analyse finale ;
  2. Informer sur le cadre réglementaire concernant les prélèvements de tissus humains requalifiés et/ou réalisés pour la recherche, et le cadre du règlement pour les prélèvements de tissus d’origine animale ;
  3. Faire le point sur les avancées scientifiques et technologiques en vue d’effectuer des recherches dans les domaines de la génomique, de la transcriptomique et de la protéomique à partir de prélèvements tissulaires de toutes origines ;
  4. Ouvrir la possibilité d’initier ou de renforcer des collaborations sur des projets d’intérêt commun ;
  5. Echanger avec des partenaires industriels impliqués dans cette approche et présents sur le site.

Outre l’identification des lésions pathologiques qui se fait classiquement dans tous les examens histologiques à partir de prélèvements de tissus biologiques, l’analyse moléculaire de ces mêmes tissus a connu un développement considérable depuis ces 10 dernières années, grâce aux avancées technologiques remarquables dans ce domaine. Complément indispensable à la description des lésions tissulaires faites en microscopie photonique et électronique, les études moléculaires permettent de mieux comprendre certains des mécanismes physiopathologiques.

Retrouvez ici le compte-rendu multimédia de la journée.
> Télécharger le programme des deux journées

Coordination scientifique

UMR_S 728, Comité d’organisation piloté par Luc Legrès, IUH Université Paris Diderot, AP-HP Hôpital Saint Louis

Compte-rendu de la journée

 

 

Optimisation des prélèvements biopsiques guidés par l’imagerie en hématologie et cancérologie

Les ponctions biopsies guidées par l’imagerie, autrefois réalisées dans de rares centres spécialisés, tendent à se généraliser. Tous les organes sont désormais accessibles. L’optimisation du rendement diagnostique de ces gestes passe par un conditionnement irréprochable des prélèvements. Il est nécessaire d’effectuer un échantillonnage le plus large possible de la tumeur, de ramener du matériel en quantité suffisante, en utilisant des aiguilles de gros calibre. Enfin, il convient de réaliser systématiquement une congélation d’une partie des prélèvements, en plus de la fixation. L’utilisation d’un large panel d’anticorps permet une caractérisation beaucoup plus fine des lésions en immunohistochimie. Les techniques de biologie moléculaires permettent de mieux caractériser les tumeurs et de mettre en évidence des anomalies génotypiques beaucoup plus précocement. Tous ces progrès passent par une collaboration étroite entre le service de radiologie et le service de pathologie.

Eric DE KERVILER – Service de Radiologie, Hôpital Saint-Louis

 

Phenotypic and genotypic stability in preclinical models of aggressive renal cell carcinomas

Renal cell carcinomas are tumors with poor prognosis and few treatment options. Tumor xenografts can be useful models for testing new treatment approaches. We developed xenografted models for six aggressive renal cell carcinomas and we provide evidence that these models reproduce phenotypic and genotypic features of the primary tumor from which they derive and show similarity with patients for response to antiangiogenic treatment.

Marianna VARNA – UMR S728, INSERM, Université Paris Diderot

 

 

Que reste-t-il en 2013 de la microscopie électronique comme outil de diagnostic en pathologie humaine ?

Différentes techniques complémentaires permettant de faire le diagnostic et le pronostic des lésions observées dans un laboratoire de pathologie, comme l’immunohistochimie, et plus récemment de biologie moléculaire, ont permis ces dernières années d’optimiser la prise en charge des patients. Une technique autrefois largement utilisée, la microscopie électronique (ME), voit son utilisation de plus en plus limitée en pathologie humaine et dans les hôpitaux. Cette technique longue, difficile, onéreuse, nécessitant un personnel hautement qualifié, a “déserté” les hôpitaux et devient surtout réservée à des centres universitaires et de recherche. Toutefois, la ME reste un outil indispensable pour le pathologiste. En effet, elle permet parfois de confirmer et, plus exceptionnellement, de poser le diagnostic de certaines lésions tissulaires et cellulaires. La ME est aussi d’un apport très important pour la compréhension de la physiopathologie de certaines maladies humaines. Nous abordons dans cette présentation les principales indications actuelles de la ME, en insistant sur certains domaines de la pathologie humaine, comme les maladies infectieuses et certaines tumeurs.

Paul HOFMAN – CHU de Nice

 

TumoroteK®: une solution informatique pour une recherche de qualité

La traçabilité informatique est un critère primordial pour la qualité d’un matériel biologique stocké. Toutes les étapes de la vie d’un échantillon, depuis son prélèvement réalisé sur le patient, jusqu’à l’utilisation pour des projets d’étude clinique et/ou de recherche génèrent de nombreuses données dont TumoroteK® assure la gestion informatisée. L’application permet également d’associer le matériel biologique à toutes autres données spécifiques à l’activité de la collection ou à des projets de recherche par la création de tables d’annotations entièrement paramétrables. Les différents outils de recherche proposés par TumoroteK® permettent la sélection du matériel biologique pour chaque projet sur l’ensemble de ces critères de qualité et de ces données associées. Par ailleurs, TumoroteK® fait l’objet de développements permanents visant à intégrer les transferts automatisés de données depuis différentes applications (Systèmes de Gestion de Laboratoire notamment). A la saisie des échantillons peut se joindre le consentement du patient, le compte-rendu anatomopathologique, mais aussi des photos macro- et microscopiques de l’échantillon ainsi qu’une ou plusieurs lames virtuelles permettant d’illustrer et de compléter les annotations textuelles.

Nathalie DUFAY – NeuroBioTec, Hospices Civils de Lyon/Service de Pathologie, Hôpital Saint Louis, Paris

 

 

La fixation, une étape pré-analytique aux conséquences majeures

La fixation tissulaire ou cellulaire est une étape classique de l’étude microscopique. Son impact sur la qualité des résultats est majeur. La fixation formolée est le standard actuel, mais tous les formols ne se valent pas et il existe de nombreuses alternatives aux fixateurs formolés. L’objectif de cette présentation est de décrire les grandes familles de fixateurs, leurs avantages et inconvénients respectifs, afin de permettre au chercheur de choisir la technique de fixation la plus adaptée a ses objectifs. Une réflexion et une mise au point préalable de la technique de fixation est toujours possible et préférable. Rien n’est plus frustrant que se rendre compte a posteriori que nos précieux prélèvements sont inutilisables pour le programme de recherche.

Philippe ROCHAIX – Institut Claudius-Régaud, Toulouse

 

Analyse histologique de modèles de maladies humaines chez la souris nude

Généralités méthodologiques. Analyse du chimérisme cellulaire et de macromolécules de la matrice extracellulaire. Particularités des méthodes immunohistochimiques chez la souris.

François PLENAT – SBS CRAN, CNRS UMR7039, Nancy

 

Prélèvements sur animaux: aspects réglementaires et éthiques

La réglementation encadrant l’utilisation d’animaux a des fins expérimentales a été révisée récemment avec la parution des textes de transposition de la directive européenne 2010/63. La nécessite de prendre en compte le bien-être animal est ainsi réaffirmé et renforcé par un certain nombre de dispositifs nouveaux (structure en charge du bien-être animal, évaluation éthique des projets, formation continue des personnels…). Tout personnel amené à participer à la conception ou à la réalisation d’un projet impliquant des animaux se doit de respecter et d’appliquer les principes fondamentaux de la règle des 3r (remplacer, réduire, raffiner) afin de minimiser les contraintes imposées à ces animaux et de s’inscrire ainsi dans une démarche scientifique éthique. L’utilisation d’animaux à des fins de prélèvements de tissus ou d’organes entre bien entendu dans le champ d’application de cette réglementation.

Brigitte RAULT – INSERM, Bureau d’Expérimentation Animale

 

Lames virtuelles : intérêts et limites en pathologie expérimentale

La généralisation des systèmes de numérisation des lames de pathologie expérimentales facilite de nombreuses étapes de l’analyse : illustrations, analyses comparatives, morphométrie, archivage de données, constitution et interprétation de tissues microarrays, télépathologie et enseignement. La pertinence des travaux reste néanmoins totalement dépendante des étapes préanalytiques, de la qualité des technique ainsi que des nécessaires dialogues entre expérimentateurs et pathologistes.

Pierre DUBUS – EA2406 Université, Bordeaux

 

 

La microdissection laser: qualité des échantillons et applications

Les tissus sont composés de structures histologiques hétérogènes complexes avec une large gamme de types cellulaires différents. Surmonter le problème de l’hétérogénéité des tissus dans l’étude des maladies est possible grâce à la microdissection assistée par laser qui est considérée comme un puissant outil pour sélectionner des cellules d’intérêt obtenues soit à partir de tissus préalablement fixés puis inclus en paraffine, soit à partir de tissus congelés. Cette technologie a été largement utilisée pour l’étude et l’analyse de l’ADN et del’ARN avec des résultats particulièrement démonstratifs. Toutefois, les analyses moléculaires peuvent être considérablement entravées par la préparation initiale des prélèvements qui doit impérieusement être un compromis entre l’obtention d’une bonne morphologie et la capacité de préserver le matériel biologique à étudier de façon fiable et reproductible.

Luc LEGRES – UMR S728, INSERM, Université Paris Diderot

 

Quantification haut débit des RNAs grands ou petits issus de tissus ou de cellules isolées

Les nanotechnologies appliquées à la quantification génique permettent de générer des quantités de données inenvisageables il y a encore peu de temps. De nombreux fabricants de matériel nous proposent des appareils et des protocoles dédiés à ce haut débit, que ce soit en qPCR sur de faibles quantités de matrice, voire sur des « single cells ». A travers notre expérience au sein de la plateforme GeT, nous proposons de voir quelles sont leurs possibilités, leurs limites et les précautions à prendre pour mener à bien un projet les utilisant.

Jean-José MAORET – Plateforme GeT du Génopôle Toulouse

 

Analyse protéomique de carcinomes hépatocellulaires à différentiation duale

Hepatocellular carcinoma (hcc) is the third leading cause of cancer death worldwide. The prognosis for patients with hcc is poor: overall survival at 5 years is 2-10%. The biliary differentiation marker cytokeratin-19 (ck19), a protein expressed in cholangiocytes and hepatic progenitor cells, but not in normal hepatocytes, has been observed in 10-30% of the tumors, and correlated with worse survival. The molecular basis for this particular hcc subclass had to be clarified. We undertook a quantitative proteomics study to assess the difference in protein abundances between ck19+ and ck19- tumors. A label-free quantitative strategy based on the accurate mass and time (amt) tag method was used. This method relies on accurate mass and retention time measurements determination using advanced mass spectrometry instruments and nano-HPLC. This strategy allows the analysis of minute quantities of sample obtained by microdissection, while providing a broad dynamic range of quantification.

Christophe MASSELON – CEA, Grenoble

 

Qualité des acides nucléiques : DNAqual

La qualité des acides nucléiques distribues par les biobanques est primordiale. Nous présentons le test DNAqual, commercialisé par Eurobio. Il a été développé par les chercheurs de l’institut de chimie de Nice lors du programme Ibisa: qualité des acides nucléiques, et validé pour l’ADN humain et de souris. DNAqual peut servir d’indicateur qualité pour toutes les biobanques soucieuses d’intégrer un contrôle dans leur démarche qualité. De la même manière, un contrôle de la qualité de l’ADN mitochondrial, Mitoc, est disponible chez Eurobio. Comme DNAqual, Mitoc peut servir d’indicateur de qualité des ADN distribués par les biobanques (humaines et murines) DNAqual et Mitoc sont des tests en kits qui fonctionnent sur toutes les machines de qPCR.

Nadine MARTINET – Institut de Chimie, UMR CNRS 7272, Nice

 

 

Les évaluations qui ont été faites systématiquement auprès de l’auditoire après chacune des quatre éditions ont recueilli l’enthousiasme quasi unanime des participants incluant orateurs et industriels conviés. Ce qui ressort des commentaires reçus est l’importance qui est portée sur les récentes avancées technologiques et surtout les applications présentées qui en découlent. Un bon point est également gagné auprès des participants à qui nous proposons des rencontres avec les industriels, car il leur est possible d’avoir des démonstrations avec eux tout en discutant de difficultés techniques auxquelles ils ont pu être confrontés. Enfin, l’organisation de ces deux journées sous forme de sessions est vraiment bien appréciée, les échanges avec les intervenants étant de plus facilités par le petit nombre de participants. Cette 4ème édition dont l’organisation initiale remonte en 2004, nous encourage à renouveler ce type de rencontres scientifiques dédiées aux avancées technologiques liées aux petits prélèvements de tissus, aux techniques s’y associant et au respect du contrôle qualité de chaque étape d’analyse franchie.

© Cancéropôle Ile de France 2016