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Plateforme de métabolomique de Gustave Roussy

Métabolomique

 

Les spectromètres de masse équipant la plateforme métabolomique permettent la mesure de toutes les classes potentielles de métabolites, autant par mode non-ciblé que ciblé. Le profilage (non-ciblé) est réalisé au moyen d'un spectromètre de masse haute résolution (high resolution mass spectrometer, HRMS) couplé à une chromatographie ultra haute performance (ultra-high performance liquid chromatography, UHPLC).

L'analyse métabolomique ciblée repose sur la technique MRM (multiple reaction monitoring) après séparation par UHPLC ou chromatographie en phase gazeuse (GC), en fonction des propriétés du métabolite d'interêt. Nous quantifions en routine acides aminées et dérivées, acides gras chaines courtes et longues, acyl-carnitines, nucléotides, co-facteurs, vitamines, lipides neutres, acides biliaires, polyamines, ainsi que les molécules de la glycolyse et du cycle de Krebs. Les analyses peuvent être effectuées sur divers types d'extraits d'échantillons biologiques, dans un contexte pré-clinique, comme des biofluides et des tissus issus d'expérimentations animales ou des cellules de culture (adhérentes ou en suspension).

La plateforme rassemble tous les moyens techniques requis, lors d'un projet métabolomique, depuis l'extraction des métabolites de la matrice biologique jusqu'à l'analyse des données et le rendu des résultats.

Types d'analyses :

  • Profilage non-biaisé d'échantillons biologiques par UHPLC/q-Exactive
  • Analyse semi-quantitative de larges gammes de molécules endogènes
  • Elucidation structurale par MS Haute Résolution
  • Recherche de produits de métabolisation de médicaments par MS Haute Résolution
  • Analyse quantitative de métabolites candidats
  • Assister les scientifiques tout au long du projet métabolomique, incluant les étapes pré- et post-analytiques
  • Aider à définir les questions découlant du projet et le design expérimental y répondant
  • Mise en place de protocoles d'extraction adaptés à la nature des échantillons
  • Intégration des données métabolomiques pour l'analyse statistique
  • Aide à l'interprétation biologique, dans le contexte expérimental

Équipement :

  • UHPLC 1260 Binary Pump Agilent - QTRAP 6500+ ABSciex
  • UHPLC 1260 Binary Pump Agilent - QQQ 6410 Agilent
  • GC 7890B - QQQ 7000C Agilent
  • UHPLC U3000 Dionex - Orbitrap q-Exactive Thermo Scientific
  • QTOF 6520 Agilent

> En savoir plus : consulter le site web de la plateforme

Localisation

Gustave Roussy

39 rue Camille Desmoulins
94800 Villejuif



Responsables :

  • Guido KROEMER
  • Sylvère DURAND

Existence d'une charte : oui

Modalité d'accès : Plateforme ouverte aux académiques et industriels

Contact via email.

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