Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau avancé

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau avancé.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie et maîtrisant déjà l’outil R Studio et les bases de statistiques.

Remarque : cette formation concerne l’analyse de données cliniques uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

 

Prochaine session : jeudi 14 et vendredi 15 juin 2018

Inscriptions en ligne gratuites mais obligatoire. Nombre de places limité !

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Objectifs

Maîtriser :

  • les plans d’expériences,
  • les procédures de comparaisons,
  • l’analyse de données de survie et corrélées

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

Formation de niveau avancée, s’adressant aux personnes maîtrisant déjà le logiciel R Studio et ses fonctions de bases.

Prérequis : Les inscrits à cette formation devront avoir déjà suivi la formation de niveau débutant ou posséder les connaissances équivalentes.

 

Programme

Analyse de variance et plans d’expérience

  • analyse de variance à deux facteurs à effet fixe avec et sans interaction,
  • plans factoriels et méthode des blocs,
  • plans fractionnaires

Procédures de comparaisons multiples

  • contrôle du FWER et du FDR

Applications du modèle linéaire gaussien

  • régression linéaire multiple,
  • analyse de variance,
  • analyse de covariance

Approches robustes pour la régression

  • pénalisation Lasso,
  • régression ridge

Modèle linéaire généralisé

  • régression logistique et régression de Poisson,
  • interprétation des coefficients de régression,
  • diagnostic des modèles

Analyse des données de survie

  • courbe de Kaplan-Meier,
  • test du log-rank et modèle de Cox

Calibration et validation d’un modèle pronostique (régression linéaire et logistique), sélection de modèles

  • validation croisée,
  • évaluation de la performance d’un modèle pour la prédiction ou la classification,
  • sélection de variables

Analyse des données corrélées

  • modèle linéaire à effets mixtes
  • équations généralisées

Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau débutant

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau débutant.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

Remarque : cette formation concerne l’analyse de données cliniques uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

 

Prochaine session : jeudi 7 et vendredi 8 juin 2018.

Inscriptions en ligne gratuites mais obligatoire. Nombre de places limité !

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Objectifs

Maîtriser :

  • les procédures d’aggrégation de données biomédicales,
  • les principales commandes graphiques,
  • les procédures de tests et les modèles statistiques courants.

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

Formation de niveau débutant, s’adressant aux personnes découvrant le logiciel R Studio. Aucun prérequis n’est nécessaire.

Programme

Gestion des données avec R :

  • représentation et gestion de variables statistiques,
  • manipulation d’un tableau de données,
  • sélection d’observation et de variable,
  • transformation de variables numériques et annotation de variables catégorielles,
  • gestion d’un dictionnaire de données

Statistiques descriptives :

  • résumé numérique de la distribution d’une variable numérique à l’aide d’indicateurs de tendance centrale et de dispersion,
  • indices de symétrie et d’aplatissement d’une distribution,
  • tableau d’effectifs et de fréquences pour une variable catégorielle

Représentations graphiques simples :

  • histogramme d’effectif ou de proportion,
  • courbe de densité,
  • diagramme en barres ou en points,
  • diagramme de type boîte à moustaches,
  • diagramme de dispersion

Représentations graphiques avancées :

  • diagramme de dispersion et courbe loess,
  • graphiques en treillis (graphiques conditionnels avec 1 ou 2 variables illustratives),
  • courbe de densité 2D,
  • gestion et personnalisation des paramètres graphiques ggplot (échelle, transformation, palette de couleur, thème graphique)

Mesures d’association pour deux échantillons indépendants

  • odds-ratio,
  • différence standardisée de moyennes,
  • coefficient de corrélation

Tests paramétriques pour le croisement de deux variables

  • comparaison de moyennes ou de proportions pour deux échantillons indépendants ou non,
  • analyse d’un tableau de contingence

Tests non-paramétriques et tests exacts pour le croisement de deux variables

Calcul du nombre de sujets nécessaires (cas des moyennes et des proportions)

Analyse de variance à un facteur et tests multiples a posteriori

Régression linéaire simple et multiple :

  • construction d’un modèle,
  • interprétation des coefficients de régression,
  • diagnostic du modèle et analyse des résidus,
  • transformation des prédicteurs

 

Formation “NGS & Cancer : Analyses épigénomiques”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy. Cette session concerne l’analyse de données épigénomiques.

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer débutant dans les NGS

Prochaine session : 16, 17, 18 mai 2018.

Inscriptions ouvertes jusqu’au 28 janvier 2018.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Programme

  • Introduction à l’analyse de données NGS
  • Recherche de Pics (peak-calling)
  • Analyses fonctionnelles
  • Analyses du transcriptome (facteur de transcription)
  • Comparaison des données ChIP-Seq et RNA-Seq
  • Analyse de marques épigénomiques
  • Réalisation de workflow Galaxy
  • Bilan et restitution

Télécharger le programme de la formation

 

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.

> En savoir plus sur le groupe de travail pilotant la formation

Préparation à la formation

En attendant la prochaine session pratique de formation, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Les vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

  1. Introduction à Galaxy : tutoriel transversal de présentation de l’outil
  2. Analyses épigénomiques
  3. Visualisation de données génomiques

 

Formation “NGS & Cancer : Analyses RNA-Seq”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer débutant dans les NGS

Prochaine session : premier semestre 2019.

Ouverture des inscriptions en décembre 2018.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation.

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

 

Programme

  • Introduction à l’analyse de données NGS
  • Présentation de notions de statistiques
  • Analyse de l’expression différentielle
  • Reconstruction de transcrits et visualisation
  • Recherche de transcrits de fusion
  • Réalisation de workflow Galaxy
  • Bilan et restitution

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.

Préparation à la formation

En attendant la prochaine session pratique de formation, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

Analyses RNA-Seq

Titre : Identification des transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq

Formateurs : M’Boyba Diop et Marc Deloger, Gustave Roussy

Ressources :

Titre : Analyse de l’expression différentielle à partir de données RNA-Seq

Formateurs : Coline Billeret, CNRS, Université Paris Sud

Ressources :

 

Utilisation des Genome Browser IGV et UCSC

Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer)

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Formation “NGS & Cancer : Analyses DNA-Seq”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) sur des données ADN au moyen de l’outil Galaxy

Public concerné : Chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer débutant dans les NGS

Prochaine session : Mercredi 7, jeudi 8 et vendredi 9 novembre 2018.

Ouverture des inscriptions fin mai 2018.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation.

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Programme

Cette session de formation sera consacrée à l’analyse de données de type ADN (exome, génome) obtenues par séquençage haut débit (données DNA-Seq) sous l’outil Galaxy. Les analyses de données ARN ou épigénomiques feront l’objet de prochaines sessions de formation.

  • Présentation des objectifs de chacun,
  • Introduction à l’analyse de données NGS
  • Réalisation de workflow Galaxy
  • Détection de variants somatiques, annotation et visualisation sous IGV
  • Détection de variants structuraux et de variants du nombre de copie
  • Introduction à d’autres applications (analyses fonctionnelles, hétérogénéité clonale, …)
  • Bilan et restitution

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot :

  • Yannick Boursin, Gustave Roussy
  • Jean-Charles Cadoret, Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot
  • Marc Deloger, Institut Curie
  • M’Boyba Diop, Gustave Roussy
  • Elodie Girard, Institut Curie
  • Nicolas Servant, Institut Curie
  • Aurélie Teissandier, Institut Curie

Préparation à la formation

Pour vous préparer à la session pratique de formation et vous familiariser avec le vocabulaire employé, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des “Génome Browser” via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

 

Titre : Analyse de génome: détection de variants structuraux

Formateur : Bruno Zeitouni, Institut Curie

Ressources :

Titre : Analyse d’exome: détection de variations ponctuelles

Formateurs : Romain Daveau, Elodie Girard, Institut Curie

Ressources :

 

 

Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer)

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Formation à la gestion de projet “Management transversal”

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise des formations à la gestion de projet focalisée sur le management transversal. Elles sont ouvertes aux responsables d’équipes et chefs de projets en cancérologie académiques franciliens UNIQUEMENT.

Objectif : méthodologies de management dans des situations où il n’y a pas de lien hiérarchique entre le chef de projet et les participants.

Public concerné : chercheurs, responsables d’équipes et chefs de projets académiques franciliens travaillant dans le domaine de la recherche sur le cancer.

 

Prochaine session : Jeudi 4 et vendredi 5 octobre 2018.

Inscriptions en ligne gratuites mais obligatoire. Nombre de places limité !

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Objectifs

  • donner des outils méthodologiques permettant de gérer un projet en l’absence de lien hiérarchique, comme c’est le cas notamment pour les projets interdisciplinaires et impliquant plusieurs équipes de recherche.
  • Permettre une meilleure efficacité dans leurs relations tranversales.
  • Aucun prérequis en management de projet n’est obligatoire.

Programme

1. Apports (ou rappels) théoriques

  • L’écoute active
  • Les moteurs d’action et d’engagement personnels
  • Les responsabilités dans la relation interpersonnelle
  • La non-agressivité et la résolution de conflits
  • Expliquer et convaincre
  • Les différences entre pouvoir et autorité
  • Exercer le contrôle

2. Activités pour chacun des thèmes théoriques

  • Réflexions personnelles
  • Réflexions en sous-groupes et en groupes
  • Mises en situation et jeux de rôles
  • Feed-back par le groupe et le consultant

3. Plan personnel de progrès

  • Les axes personnels de chacun
  • Les marqueurs de progrès
  • L’engagement personnel de progrès