Formation “NGS & Cancer : Analyses épigénomiques”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R. Cette session concerne l’analyse de données épigénomiques.

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer

Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.

Prochaine session : second semestre 2019.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation

Programme

Programme à venir

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.

La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.

En savoir plus sur le groupe de travail pilotant la formation

Préparation à la formation

Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.

En attendant la prochaine session pratique de formation, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Les vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

  1. Introduction à Galaxy : tutoriel transversal de présentation de l’outil
  2. Analyses épigénomiques
  3. Visualisation de données génomiques

Avis sur la formation

Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.

> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation du 16, 17 et 18 mai 2018

Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau avancé

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau avancé.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie et maîtrisant déjà l’outil R Studio et les bases de statistiques.

Remarque : cette formation concerne l’analyse de données cliniques uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

 

Prochaine session à venir

Inscriptions en ligne gratuites mais obligatoire. Nombre de places limité !

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Objectifs

Maîtriser :

  • les plans d’expériences,
  • les procédures de comparaisons,
  • l’analyse de données de survie et corrélées

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

Formation de niveau avancée, s’adressant aux personnes maîtrisant déjà le logiciel R Studio et ses fonctions de bases.

Prérequis : Les inscrits à cette formation devront avoir déjà suivi la formation de niveau débutant ou posséder les connaissances équivalentes.

 

Programme

Analyse de variance et plans d’expérience

  • analyse de variance à deux facteurs à effet fixe avec et sans interaction,
  • plans factoriels et méthode des blocs,
  • plans fractionnaires

Procédures de comparaisons multiples

  • contrôle du FWER et du FDR

Applications du modèle linéaire gaussien

  • régression linéaire multiple,
  • analyse de variance,
  • analyse de covariance

Approches robustes pour la régression

  • pénalisation Lasso,
  • régression ridge

Modèle linéaire généralisé

  • régression logistique et régression de Poisson,
  • interprétation des coefficients de régression,
  • diagnostic des modèles

Analyse des données de survie

  • courbe de Kaplan-Meier,
  • test du log-rank et modèle de Cox

Calibration et validation d’un modèle pronostique (régression linéaire et logistique), sélection de modèles

  • validation croisée,
  • évaluation de la performance d’un modèle pour la prédiction ou la classification,
  • sélection de variables

Analyse des données corrélées

  • modèle linéaire à effets mixtes
  • équations généralisées

Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau débutant

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau débutant.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

Remarque : cette formation concerne l’analyse de données cliniques uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

 

Prochaine session à venir

Inscriptions en ligne gratuites mais obligatoire. Nombre de places limité !

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Objectifs

Maîtriser :

  • les procédures d’aggrégation de données biomédicales,
  • les principales commandes graphiques,
  • les procédures de tests et les modèles statistiques courants.

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

Formation de niveau débutant, s’adressant aux personnes découvrant le logiciel R Studio. Aucun prérequis n’est nécessaire.

Programme

Gestion des données avec R :

  • représentation et gestion de variables statistiques,
  • manipulation d’un tableau de données,
  • sélection d’observation et de variable,
  • transformation de variables numériques et annotation de variables catégorielles,
  • gestion d’un dictionnaire de données

Statistiques descriptives :

  • résumé numérique de la distribution d’une variable numérique à l’aide d’indicateurs de tendance centrale et de dispersion,
  • indices de symétrie et d’aplatissement d’une distribution,
  • tableau d’effectifs et de fréquences pour une variable catégorielle

Représentations graphiques simples :

  • histogramme d’effectif ou de proportion,
  • courbe de densité,
  • diagramme en barres ou en points,
  • diagramme de type boîte à moustaches,
  • diagramme de dispersion

Représentations graphiques avancées :

  • diagramme de dispersion et courbe loess,
  • graphiques en treillis (graphiques conditionnels avec 1 ou 2 variables illustratives),
  • courbe de densité 2D,
  • gestion et personnalisation des paramètres graphiques ggplot (échelle, transformation, palette de couleur, thème graphique)

Mesures d’association pour deux échantillons indépendants

  • odds-ratio,
  • différence standardisée de moyennes,
  • coefficient de corrélation

Tests paramétriques pour le croisement de deux variables

  • comparaison de moyennes ou de proportions pour deux échantillons indépendants ou non,
  • analyse d’un tableau de contingence

Tests non-paramétriques et tests exacts pour le croisement de deux variables

Calcul du nombre de sujets nécessaires (cas des moyennes et des proportions)

Analyse de variance à un facteur et tests multiples a posteriori

Régression linéaire simple et multiple :

  • construction d’un modèle,
  • interprétation des coefficients de régression,
  • diagnostic du modèle et analyse des résidus,
  • transformation des prédicteurs

 

Formation “NGS & Cancer : Analyses RNA-Seq”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer. Attention, des prérequis en NGS, et sur les outils Galaxy et R sont demandés.

Prochaine session : mercredi 7, jeudi 8 et vendredi 9 novembre 2018

Ouverture des inscriptions début juin 2018.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation.

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

 

Nous demandons préalablement aux participants:

  • De se familiariser avec le NGS et l’outil Galaxy :

Cours d’Introduction NGS et Galaxy: à venir  (PDF)

Le screencast introduction à Galaxy: http://www.canceropole-idf.fr/gt-bioinfo/formation-en-ligne/10-introduction-a-galaxy/

Le QCM de validation des connaissances : à venir

  • D’avoir des prérequis avec logiciel R

Si vous n’avez pas effectué de formations R, nous vous conseillons de suivre les cours en ligne suivants:
https://www.datacamp.com/courses/free-introduction-to-r
https://www.datacamp.com/courses/working-with-the-rstudio-ide-part-1

 

Programme

  • Applications RNA-seq
  • Alignement des données brutes
  • Notions de statistiques
  • Exploration des données
  • Normalisation et tests statistiques
  • Reconstruction de transcrits
  • Présentation des méthodes d’identification des fusions
  • Prise en main de R
  • Manipulation de données RNA-seq

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.

Préparation à la formation

 

En vous inscrivant à cette formation, vous vous engagez à :

  • valider le QCM de contrôle des connaissances sur l’outil Galaxy et le NGS (lien à venir) avant le 1er septembre 2018
  • communiquer les justificatifs attestant une formation préalablement effectuée sur le logiciel R, avant le 1er septembre 2018. Vous pouvez également suivre les cours en ligne suivants, et nous transmettre l’attestation de formation en ligne:

https://www.datacamp.com/courses/free-introduction-to-r
https://www.datacamp.com/courses/working-with-the-rstudio-ide-part-1

 

Pour aller plus loin …

Retrouvez les tutoriels vidéos sur Galaxy et sur l’utilisation des Genome Browser  gratuitement sur notre mini-site pédagogique. Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

Analyses RNA-Seq

Visualisation de données génomiques

Formation “NGS & Cancer : Analyses DNA-Seq”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) sur des données ADN au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R.

Public concerné : Chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer 

Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.

Prochaine session : premier semestre 2019.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation.

Programme

Cette session de formation sera consacrée à l’analyse de données de type ADN (exome, génome) obtenues par séquençage haut débit (données DNA-Seq) sous l’outil Galaxy. Les analyses de données ARN ou épigénomiques feront l’objet de prochaines sessions de formation.

Programme à venir

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot :

  • Yannick Boursin, Gustave Roussy
  • Jean-Charles Cadoret, Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot
  • Marc Deloger, Institut Curie
  • M’Boyba Diop, Gustave Roussy
  • Elodie Girard, Institut Curie
  • Nicolas Servant, Institut Curie
  • Aurélie Teissandier, Institut Curie

Préparation à la formation

Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.

Pour vous préparer à la session pratique de formation et vous familiariser avec le vocabulaire employé, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des “Génome Browser” via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

 

Titre : Analyse de génome: détection de variants structuraux

Formateur : Bruno Zeitouni, Institut Curie

Ressources :

Titre : Analyse d’exome: détection de variations ponctuelles

Formateurs : Romain Daveau, Elodie Girard, Institut Curie

Ressources :

 

 

Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer)

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Avis sur la formation

Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.

Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation d’avril 2017

Formation à la gestion de projet “Management transversal”

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise des formations à la gestion de projet focalisée sur le management transversal. Elles sont ouvertes aux responsables d’équipes et chefs de projets en cancérologie académiques franciliens UNIQUEMENT.

Objectif : méthodologies de management dans des situations où il n’y a pas de lien hiérarchique entre le chef de projet et les participants.

Public concerné : chercheurs, responsables d’équipes et chefs de projets académiques franciliens travaillant dans le domaine de la recherche sur le cancer.

 

Prochaine session : Jeudi 4 et vendredi 5 octobre 2018.

Inscriptions en ligne gratuites mais obligatoire. Nombre de places limité !

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Objectifs

  • donner des outils méthodologiques permettant de gérer un projet en l’absence de lien hiérarchique, comme c’est le cas notamment pour les projets interdisciplinaires et impliquant plusieurs équipes de recherche.
  • Permettre une meilleure efficacité dans leurs relations tranversales.
  • Aucun prérequis en management de projet n’est obligatoire.

Programme

1. Apports (ou rappels) théoriques

  • L’écoute active
  • Les moteurs d’action et d’engagement personnels
  • Les responsabilités dans la relation interpersonnelle
  • La non-agressivité et la résolution de conflits
  • Expliquer et convaincre
  • Les différences entre pouvoir et autorité
  • Exercer le contrôle

2. Activités pour chacun des thèmes théoriques

  • Réflexions personnelles
  • Réflexions en sous-groupes et en groupes
  • Mises en situation et jeux de rôles
  • Feed-back par le groupe et le consultant

3. Plan personnel de progrès

  • Les axes personnels de chacun
  • Les marqueurs de progrès
  • L’engagement personnel de progrès