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Formation “NGS & Cancer : Analyses épigénomiques”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R. Cette session concerne l’analyse de données épigénomiques.

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer

Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.

Prochaine session : second semestre 2019.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation

Programme

Programme à venir

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.

La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.

En savoir plus sur le groupe de travail pilotant la formation

Préparation à la formation

Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.

En attendant la prochaine session pratique de formation, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Les vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

  1. Introduction à Galaxy : tutoriel transversal de présentation de l’outil
  2. Analyses épigénomiques
  3. Visualisation de données génomiques
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