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Formation “NGS & Cancer : Analyses DNA-Seq”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) sur des données ADN au moyen de l’outil Galaxy

Public concerné : Chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer débutant dans les NGS

Prochaine session : 19, 20, 21 avril 2017.

Date limite d’inscription : le 15 janvier 2017.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Programme

Cette session de formation sera consacrée à l’analyse de données de type ADN (exome, génome) obtenues par séquençage haut débit (données DNA-Seq) sous l’outil Galaxy. Les analyses de données ARN ou épigénomiques feront l’objet de prochaines sessions de formation.

  • Présentation des objectifs de chacun,
  • Introduction à l’analyse de données NGS
  • Réalisation de workflow Galaxy
  • Détection de variants somatiques, annotation et visualisation sous IGV
  • Détection de variants structuraux et de variants du nombre de copie
  • Introduction à d’autres applications (analyses fonctionnelles, hétérogénéité clonale, …)
  • Bilan et restitution

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot :

  • Yannick Boursin, Gustave Roussy
  • Jean-Charles Cadoret, Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot
  • Marc Deloger, Institut Curie
  • M’Boyba Diop, Gustave Roussy
  • Elodie Girard, Institut Curie
  • Nicolas Servant, Institut Curie
  • Aurélie Teissandier, Institut Curie

Préparation à la formation

Pour vous préparer à la session pratique de formation et vous familiariser avec le vocabulaire employé, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des “Génome Browser” via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

 

Titre : Analyse de génome: détection de variants structuraux

Formateur : Bruno Zeitouni, Institut Curie

Ressources :

Titre : Analyse d’exome: détection de variations ponctuelles

Formateurs : Romain Daveau, Elodie Girard, Institut Curie

Ressources :

 

 

Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer)

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

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