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Formation “NGS & Cancer : Analyses DNA-Seq”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) sur des données ADN au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R.

Public concerné : Chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer 

Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.

 

Prochaine session : vendredi 15, jeudi 16 et vendredi 17 mai 2019.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation.

 

 

Programme

Cette session de formation sera consacrée à l’analyse de données de type ADN (exome, génome) obtenues par séquençage haut débit (données DNA-Seq) sous l’outil Galaxy. Les analyses de données ARN ou épigénomiques feront l’objet de prochaines sessions de formation.

Programme à venir

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot :

  • Yannick Boursin, Gustave Roussy
  • Jean-Charles Cadoret, Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot
  • Marc Deloger, Institut Curie
  • M’Boyba Diop, Gustave Roussy
  • Elodie Girard, Institut Curie
  • Nicolas Servant, Institut Curie
  • Aurélie Teissandier, Institut Curie

Préparation à la formation

Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.

Pour vous préparer à la session pratique de formation et vous familiariser avec le vocabulaire employé, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des “Génome Browser” via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

 

Titre : Analyse de génome: détection de variants structuraux

Formateur : Bruno Zeitouni, Institut Curie

Ressources :

Titre : Analyse d’exome: détection de variations ponctuelles

Formateurs : Romain Daveau, Elodie Girard, Institut Curie

Ressources :

 

 

Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer)

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Avis sur la formation

Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.

Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation d’avril 2017

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