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Formation “NGS & Cancer : Analyses épigénomiques”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy. Cette session concerne l’analyse de données épigénomiques.

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer débutant dans les NGS

Prochaine session : 16, 17, 18 mai 2018.

Inscriptions ouvertes jusqu’au 28 janvier 2018.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Programme

  • Introduction à l’analyse de données NGS
  • Recherche de Pics (peak-calling)
  • Analyses fonctionnelles
  • Analyses du transcriptome (facteur de transcription)
  • Comparaison des données ChIP-Seq et RNA-Seq
  • Analyse de marques épigénomiques
  • Réalisation de workflow Galaxy
  • Bilan et restitution

Télécharger le programme de la formation

 

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.

> En savoir plus sur le groupe de travail pilotant la formation

Préparation à la formation

En attendant la prochaine session pratique de formation, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Les vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

  1. Introduction à Galaxy : tutoriel transversal de présentation de l’outil
  2. Analyses épigénomiques
  3. Visualisation de données génomiques

 

Inscription
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