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Formation “NGS & Cancer : Analyses RNA-Seq”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer débutant dans les NGS

Formation pratique en salle

Prochaine session : 8, 9, 10 novembre 2017.

Ouverture des inscriptions en mai / juin 2017.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

 

Programme 

  • Présentation des objectifs de chacun des participants à la formation,
  • Analyse de l’expression différentielle,
  • Reconstruction de transcrits,
  • Recherche de transcrits de fusion,
  • Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Formation individuelle par screencasts

En attendant la prochaine session pratique de formation, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo suivants.

Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

Analyses RNA-Seq

Titre : Identification des transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq

Formateurs : M’Boyba Diop et Marc Deloger, Gustave Roussy

Ressources :

Titre : Analyse de l’expression différentielle à partir de données RNA-Seq

Formateurs : Coline Billeret, CNRS, Université Paris Sud

Ressources :

 

Utilisation des Genome Browser IGV et UCSC

Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer)

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC

Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy

Ressources : 

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