Formation “NGS & Cancer : Analyses RNA-Seq”
Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”.
Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy
Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer débutant dans les NGS
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Prochaine session : premier semestre 2019. Ouverture des inscriptions en décembre 2018. La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF. |
Programme
- Introduction à l’analyse de données NGS
- Présentation de notions de statistiques
- Analyse de l’expression différentielle
- Reconstruction de transcrits et visualisation
- Recherche de transcrits de fusion
- Réalisation de workflow Galaxy
- Bilan et restitution
Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.
Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.
La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Formateurs
Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.
Préparation à la formation
En attendant la prochaine session pratique de formation, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.
Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.
Analyses RNA-Seq
| Titre : Identification des transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq
Formateurs : M’Boyba Diop et Marc Deloger, Gustave Roussy Ressources : |
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| Titre : Analyse de l’expression différentielle à partir de données RNA-Seq
Formateurs : Coline Billeret, CNRS, Université Paris Sud Ressources :
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Utilisation des Genome Browser IGV et UCSC
| Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer)
Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy Ressources : |
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| Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC
Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy Ressources : |
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