Formation “NGS & Cancer : Analyses RNA-Seq”
Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”.
Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R
Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer. Attention, des prérequis en NGS, et sur les outils Galaxy et R sont demandés.
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Prochaine session : mercredi 7, jeudi 8 et vendredi 9 novembre 2018 Ouverture des inscriptions début juin 2018. La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF. |
Nous demandons préalablement aux participants:
- De se familiariser avec le NGS et l’outil Galaxy :
Cours d’Introduction NGS et Galaxy : PDF avec explications et commentaires de nos formateurs en double-cliquant sur la bulle orange située en haut à gauche des pages. En cas de problème de visualisation, retrouvez le PDF avec commentaires intégrés (qualité plus faible).
Le screencast introduction à Galaxy : http://www.canceropole-idf.fr/gt-bioinfo/formation-en-ligne/10-introduction-a-galaxy/
Le QCM de validation des connaissances : http://canceropole.Prerequis-RNAseq.sgizmo.com/s3/
- D’avoir des prérequis avec logiciel R
Si vous n’avez pas effectué de formations R, nous vous conseillons de suivre les cours en ligne suivants:
https://www.datacamp.com/courses/free-introduction-to-r
https://www.datacamp.com/courses/working-with-the-rstudio-ide-part-1
Programme
- Applications RNA-seq
- Alignement des données brutes
- Notions de statistiques
- Exploration des données
- Normalisation et tests statistiques
- Reconstruction de transcrits
- Présentation des méthodes d’identification des fusions
- Prise en main de R
- Manipulation de données RNA-seq
Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.
Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.
La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Formateurs
Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.
Préparation à la formation
En vous inscrivant à cette formation, vous vous engagez à :
- valider le QCM de contrôle des connaissances sur l’outil Galaxy et le NGS avant le 1er septembre 2018 : http://canceropole.Prerequis-RNAseq.sgizmo.com/s3/
- communiquer les justificatifs attestant une formation préalablement effectuée sur le logiciel R, avant le 1er septembre 2018. Vous pouvez également suivre les cours en ligne suivants, et nous transmettre l’attestation de formation en ligne:
https://www.datacamp.com/courses/free-introduction-to-r
https://www.datacamp.com/courses/working-with-the-rstudio-ide-part-1
Pour aller plus loin …
Retrouvez les tutoriels vidéos sur Galaxy et sur l’utilisation des Genome Browser gratuitement sur notre mini-site pédagogique. Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.
Analyses RNA-Seq
- Identification des transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq
- Analyse de l’expression différentielle à partir de données RNA-Seq
Visualisation de données génomiques
Avis sur la formation
Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.
> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation du 11, 12 et 13 mai 2016
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