Formation “NGS & Cancer : Analyses RNA-Seq”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer débutant dans les NGS

Prochaine session : 8, 9, 10 novembre 2017. Inscriptions du 22 mai au 22 juin 2017. La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF. S’INSCRIRE À LA FORMATION

 

Programme

• Introduction à l’analyse de données NGS
• Présentation de notions de statistiques
• Analyse de l’expression différentielle
• Reconstruction de transcrits et visualisation
• Recherche de transcrits de fusion
• Réalisation de workflow Galaxy
• Bilan et restitution

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Formateurs

Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.

Préparation à la formation

En attendant la prochaine session pratique de formation, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

Analyses RNA-Seq

	Titre : Identification des transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq Formateurs : M’Boyba Diop et Marc Deloger, Gustave Roussy Ressources : Données test IGV
	Titre : Analyse de l’expression différentielle à partir de données RNA-Seq Formateurs : Coline Billeret, CNRS, Université Paris Sud Ressources : Données test

Utilisation des Genome Browser IGV et UCSC

	Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer) Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy Ressources :  Données test (ChIP-Seq, RNA-Seq, variants) IGV
	Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy Ressources :  Données test (ChIP-Seq, RNA-Seq, variants)