Le Groupement d'Intérêt Public Cancéropôle Ile-de-France compte 7 institutions membres, 14 partenaires, et rassemble plus largement l'ensemble des forces de recherche franciliennes en cancérologie. Afin d'assurer ses missions, il comprend des instances de décision, de stratégie scientifique et d'évaluation scientifique.

Il est composé de représentants que chaque membre désigne pour une durée de trois ans renouvelable. Il administre le groupement et prend toutes les décisions concernant la vie du GIP : l'adoption du budget, du programme annuel et l'approbation des comptes de chaque exercice. II délibère également sur la nomination des membres du Comité d'Orientation et de Pilotage Stratégique et sur le fonctionnement du groupement.
Il assure le fonctionnement du groupement sous l'autorité du Conseil d'Administration. Dans les rapports avec les tiers, le Secrétaire général engage le groupement, par tout acte entrant dans son objet.
> Administration
Instance interne au Cancéropôle, il est chargé de la définition et du suivi de la stratégie scientifique, de l'organisation de l'animation scientifique, de l'émergence de nouveaux projets, de l'évaluation de la pertinence stratégique des projets soutenus par le Cancéropôle. Le Directeur scientifique est chargé de l'animation scientifique et de la stratégie scientifique du Cancéropôle. Il s'appuie sur le COPS pour arrêter ses choix stratégiques, scientifiques et médicaux.
> Cordination et pilotage