Sur la période 2018 – 2022, le groupe de travail se focalise sur l’intégration des données cliniques, omiques et environnementales dans le cadre d’un partenariat avec Epidemium. L’objectif du projet GEOCANCER est la mise en place d’un ensemble d’outils sur des serveurs sécurisés et spécifiques pour géocoder les données cliniques des entrepôts et permettre, dans un second temps, de corréler de manière géographique ces informations à des données environnementales. Ces outils créés seront mis à disposition de la communauté scientifique et pourront servir par exemple à la mise en place d’études sur les risques environnementaux de cancer.
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Intégration de données géographiques pour l’oncologie à l’HEGP
Est-on capable à partir des premiers compte-rendu médicaux des patients passés aux urgences de rechercher les premiers signes de trouble respiratoire, et remonter sur les événements environnementaux antérieurs à la visite du patient aux urgences ? Est-il possible de corréler ces signes avec des données concernant la pollution atmosphérique, en s’appuyant sur les coordonnées géographiques du patient ? C’est à ce type de question que le groupe de travail intégration de données s’intéresse.
Un projet de type “preuve de concept” a été initié en 2018. Il s’agit de mettre en relation les données cliniques de patients atteints de cancer du poumon avec des données démographiques publiques, mais également avec des données environnementales du type pollution de l’air.
Le projet a permis de géocoder 95% des données de l’entrepôt de l’HEGP et de les mettre en regard de façon anonyme avec des données démographiques, de manière visuelle sur une carte. Ce travail a été effectué localement afin de respecter la loi RGPD et la sécurisation des données des patients. La prochaine étape est d’intégrer à ce modèle les données de pollution de l’air qui sont disponibles en open-data de manière à évaluer si cette méthodologie permet de mettre en évidence une corrélation géographique entre pollution de l’air et cancer du poumon.
Le groupe de travail s’appuie sur la plateforme de recherche translationnelle du Siric CARPEM qui intègre la recherche et la clinique à l’HEGP.
