Identification de transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq

Ce cours vous permet d’analyser des analyses RNA-Seq dans le but d’identifier des transcrits de fusion.

Le cours se découpe en deux temps :

  • Introduction théorique à la méthode d’analyse de données bio-informatique RNA-Seq
    • Contrôle de la qualité des données RNA-Seq
    • Recherche d’analyse de transcrits de fusion grâce à l’outil TopHat2
  • Mise en application de l’analyse sous une instance Galaxy

Cet exercice sera réalisé grâce à l’outil Galaxy, un jeu de données test vous est fourni.

Réalisez l’identification de transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq avec Galaxy.

Formateur : M’Boyba Diop et Marc Deloger, Gustave Roussy.

Durée : 32:05

À télécharger pour l’exercice :

  • Données test : .zip, 86,6 Mo

 

Voir aussi…
Introduction à Galaxy Utilisation des bases de données 
TCGA / ICGC
cBioPortal
– ENCODE (à venir)
Visualisation de données génomiques
avec IGV
avec UCSC
© Cancéropôle Ile de France 2015