Analyse de données ChIP-Seq avec Galaxy

Ce cours vous permettra de réaliser une analyse de données ChIP-Seq avec Galaxy. Ce type d’analyse ChIP-Seq permet notamment d’analyser la fixation de facteur de transcriptions sur l’ADN. L’exercice prendra l’exemple du facteur de transcription CTCF, et l’analyse sera effectuée sur le chromosome 19 de la souris.

Cet exercice utilise l’interface Galaxy, un jeu de données test vous est fourni.

Le cours se découpe en 3 partie :

  • Présentation générale de Galaxy
  • Analyses bio-informatiques de type ChIP-Seq : détection des sites de fixation du facteur de transcription étudié
  • Bioinformatique fonctionnelle : utilisation d’outils permettant à des questions biologiques

Formateur : Jean-Charles Cadoret, Université Paris Diderot.

Durée : 18:26

À télécharger pour l’exercice :

  • Données test : .zip, 17,9 Mo

 

Voir aussi…
Introduction à Galaxy Utilisation des bases de données 
– TCGA / ICGC (à venir)
cBioPortal
– ENCODE (à venir)
Visualisation de données génomiques
avec IGV
avec UCSC
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