Formation en salle

Le Cancéropôle Île-de-France organise un ensemble de formations pratiques sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. Elles sont ouvertes aux chercheurs académiques franciliens, impliquées dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer, en poste dans un laboratoire académique francilien. Attention, des prérequis en NGS, et sur les outils Galaxy et R sont demandés.

 

Nous demandons aux participants:

  • De se familiariser avec le NGS et l’outil Galaxy :

Cours d’Introduction NGS et Galaxy: à venir  (PDF)

Le screencast introduction à galaxy: http://www.canceropole-idf.fr/gt-bioinfo/formation-en-ligne/10-introduction-a-galaxy/

Le QCM de validation des connaissances : à venir

  • D’avoir des prérequis avec logiciel R

Si vous n’avez pas effectué de formations R, nous vous conseillons de suivre les cours en ligne suivants:
https://www.datacamp.com/courses/free-introduction-to-r
https://www.datacamp.com/courses/working-with-the-rstudio-ide-part-1

 

Programme et inscriptions

Le cycle de formation NGS & Cancer se décline en trois thématiques :

  • Analyses DNA-Seq
  • Analyses RNA-Seq
  • Analyses épigénomiques

Chaque formation pratique se déroule sur 3 jours dans une salle équipée, et encadrée par 7 ingénieurs bioinformaticiens (un encadrant pour 3 stagiaires). Deux formations sont organisées par an, ce qui permet aux personnes le souhaitant de couvrir l’ensemble des thématiques en 18 mois.

Lors de chacune des sessions, un temps de tutorat permet à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils personnalisés sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Analyses DNA-Seq :

Prochaine session au premier semestre 2019. 

Programme :

  • Introduction à l’analyse de données NGS
  • Réalisation de workflow Galaxy
  • Détection de variants somatiques, annotation et visualisation sous IGV
  • Détection de variants structuraux et de variants du nombre de copie
  • Introduction à d’autres applications (analyses fonctionnelles, hétérogénéité clonale, …)

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Analyses RNA-Seq :

Prochaine session mercredi 7, jeudi 8 et vendredi 9 novembre 2018. Ouverture des inscriptions en juin 2018.

Programme :

  • Analyse de l’expression différentielle
  • Reconstruction de transcrits
  • Recherche de transcrits de fusion

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Analyses épigénomiques

Prochaine session au second semestre 2019. 

Programme :

  • Recherche de Pics (peak-calling)
  • Analyses fonctionnelles
  • Analyses du transcriptome (facteur de transcription)
  • Comparaison des données ChIP-Seq et RNA-Seq
  • Analyse de marques épigénomiques

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Autres formations

Le Cancéropôle Île-de-France propose également aux chercheurs franciliens dans le domaine du cancer de suivre des formations sur les thématiques suivantes :

  • Analyse de données biomédicales avec le logiciel R Studio
  • Management transversal
  • Formation des investigateurs en recherche clinique
  • Comment bien présenter un essai clinique à un patient ?

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