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NOS ACTIONS D'Accompagnement

Pour accompagner un maximum de chercheurs de son territoire, le Cancéropôle Île-de-France propose aux cliniciens et chercheurs des formations et des outils pratiques ayant pour objectif de les aider à améliorer leurs pratiques.

  • Formations : en format présentiel ou MOOC, elles ont pour objectif d’apporter aux chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer de nouvelles compétences ;
  • Outils pratiques : développés par les groupes de travail, ces annuaires, atlas ou diagrammes méthodologiques, ils sont disponibles en libre accès.

cBioPortal : explorer, visualiser et analyser des données génomiques du cancer

En complément de nos formations NGS & Cancer dédiées à l’apprentissage d’analyse de données NGS avec R et R Studio, nous vous proposons de vous familiariser avec l’outil d’analyse bio-informatique Galaxy de manière autonome via ces vidéos tutorielles.

Programme
DE LA FORMATION EN LIGNE

  1. Introduction à Galaxy
  2. Analyses DNA-Seq
  3. Analyses RNA-Seq
  4. Analyses épigénomiques
  5. Utilisation des bases de données
  6. Visualisation de données génomiques

Ce cours vous permettra de découvrir et apprendre à utiliser l’outil en ligne cBioPortal, qui permet d’explorer, visualiser et analyser des données de génomiques de type ADN, ARN, protéines, qui proviennent de multiples études dont les données ont été mis à disposition de la communauté scientifique.

Le cours aborde les sujets suivants :

  • Présentation de la base de données cBioPortal
  • Exploration des données cliniques
  • Exploration par gène d’intérêt
  • Introduction à l’utilisation des outils avancés : utilisation des données de la base cBioPortal via R Studio ou utilisation des outils cBioPortal pour explorer ses propres données

Formateur : Marc Deloger, Institut Curie.

Durée : 34:04

Accéder à cBioPortal : www.cbioportal.org

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