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Plateforme intégration de données cliniques et omiques : Ingénieur de recherche/post-doctorant

Ingénieur de recherche, plateforme d’intégration de données cliniques et omiques (Cancéropôle Ile de France, sous la responsabilité d’Anita Burgun, INSERM UMR1138, HEGP, APHP)
Grade : ingénieur de recherche/ post doctorant

Contexte et objectif

Le Cancéropôle d’Île de France a pour objet de coordonner les soins innovants et la recherche dans le domaine du cancer. Un des volets concernés est informatique. Le recrutement d’un ingénieur de recherche par le Cancéropôle Île-de-France vise à mutualiser les compétences en matière d’entrepôts de données biomédicales dans le cadre du Cancéropôle Île-de-France, à accélérer la montée en charge des plateformes d’intégration de données et à fédérer les entrepôts existants. Le candidat sera accueilli au sein de l’équipe d’informatique médicale de Paris Descartes/HEGP mais travaillera pour le Cancéropôle Île-de-France et collaborera avec l’ensemble des sites concernés. L’équipe d’accueil, insérée à l’HEGP et labellisée INSERM, apporte ses compétences en termes de plateforme de recherche translationnelle et d’intégration de données basée sur son expérience dans le programme CAncer Research and PErsonalized Medicine

Missions générales

Le rôle de cet ingénieur/ post doctorant sera le suivant :

  • Concevoir l’architecture informatique permettant la mutualisation de ressources informatiques (bases de données, logiciels) sur le périmètre du Cancéropôle Île-de-France
  • Coordonner le déploiement des entrepôts de données biomédicales sur le périmètre
  • Fédérer l’utilisation d’outils informatiques, de logiciels et de ressources communes
  • Concevoir et mettre en place un catalogue de métadonnées partagé par les différents sites, permettant de recenser les ressources et faire du “data discovering”
  • Piloter la mise en place du catalogue de métadonnées au titre du Cancéropôle
  • Concevoir et mettre en place des outils et méthodes de fédération d’entrepôts de données sur l’ensemble du périmètre
  • Articuler le projet avec les initiatives locales (sites), nationales (ITMO, INCa…), et internationales (standards)
  • Rendre compte au GT Intégration de données

Le candidat travaillera en collaboration avec les responsables de plateformes et de bases de données des sites du Cancéropôle Île-de-France, en lien avec tous les intervenants de la recherche (médecins, chercheurs) et le responsable infrastructure de l’Hôpital Européen Georges Pompidou.

Compétences associées

  • Doctorat en bioinformatique ou informatique
  • Bases de données
  •  Référentiels biomédicaux
  • Programmation (objet, script, web)
  • Maitrise des environnements linux et windows
  • Anglais (écrit, lu, parlé)

Un intérêt pour le domaine de la santé ou de la biologie est indispensable. Des connaissances en analyse bioinformatique (analyse à haut débit/NGS…) seront appréciées.

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