Bio-informatique et Cancer : Partage de données cliniques pour la recherche sur le cancer

Le groupe de travail Intégration de données du Cancéropôle Île-de-France a organisé, le 18 octobre 2017, une journée de séminaire autour du partage de données cliniques. Cette journée était couplée avec le séminaire Enjeux et besoins des NGS.

La question du partage des données cliniques pour la recherche est aujourd’hui incontournable dans le domaine du cancer. De grandes bases de données sont constituées et mettent à disposition les données de patients pour la recherche. Comment structurer l’accès à ces données pour les exploiter de manière intégrée et optimisée, et accélérer la recherche sur le cancer faisant appel au Big Data ?

Lors de cette journée, la question du partage de données est abordée de manière transversale, depuis la clinique jusqu’à la recherche fondamentale. Le regard du patient et les questions éthiques, sociétales et organisationnelles qui se posent sont partie intégrante de la thématique.

A l’occasion de cette réunion, le travail d’intégration de données cliniques et biologiques mené par le groupe de travail du Cancéropôle IDF a été présenté, ainsi que des initiatives complémentaires menées dans le même domaine.

> Retrouvez le programme de la journée

Coordination scientifique

Groupe de travail «Intégration de données» du Cancéropôle IDF, piloté par Anita Burgun (AP-HP, Hôpital Européen Georges Pompidou).
> En savoir plus sur le groupe de travail

 

Compte-rendu de la journée

INTRODUCTION DE LA JOURNÉE

Anita Burgun, coordinatrice du groupe de travail “Intégration de données” du Cancéropôle Île-de-France, ouvre cette journée. Plusieurs points seront abordés lors ce séminaire, notamment le partage des donnée génomiques et cliniques, l’accès aux métadonnées, la question de protection des données cliniques …

Anita BURGUN, AP-HP, Hôpital Européen Georges Pompidou

 

INTÉGRATION DES DONNÉES GÉNOMIQUES ET CLINIQUES

Les données génomiques et cliniques semblent bien distinctes. Est-il possible de traiter ces deux types de données ensemble ? Quel est l’avantage d’un traitement rassemblé ? Marie De Tayrac explique que l’intégration de données permet d’optimiser le diagnostic, la prévention et le traitement des maladies humaines en fonction des variations génétiques individuelles.

Marie DE TAYRAC – CNRS, Université de Rennes, CHU de Rennes – diaporama

 

SOLUTIONS SHRINE EN ONCOLOGIE : TRAVAIL DU GROUPE “INTÉGRATION DE DONNÉES” DU CANCEROPOLE ÎLE-DE-FRANCE

Bastien Rance et David Baudoin présentent l’outil Shrine qui permet l’ouverture et la disponibilité des données recensées dans plusieurs sites d’île-de-France. Le groupe de travail “Intégration de données” du Cancéropôle a travaillé plusieurs années sur cet outil de partage.

Bastien RANCE et David BAUDOIN, AP-HP, Hôpital Européen Georges Pompidou – diaporama

 

PARTAGE DES DONNÉES DU GROUPE OSIRIS

Cette présentation met l’accent sur un travail collaboratif qui a été mené par le groupe OSIRIS, rassemblant les SIRICs (Sites de Recherche Intégrée sur le Cancer). Les solutions techniques sont importantes pour le partage de données, mais l’accent est également porté par OSIRIS sur la qualité des données et l’utilisation facilitée des données…

Yec’han LAYZET, Institut Bergonie
Vianney JOUHET, CHU de Bordeaux
diaporama

 

 

SIGNATURE ONCOGENIQUES : POURQUOI EST-IL IMPORTANT D’INTÉGRER LES DONNÉES ?

Eric Letouzé présente, à travers son travail sur le cancer du foie, comment l’analyse des données génomiques peut déterminer les mécanisme moléculaires impliqués en oncologie. La notion de données s’impose alors : de quelles données parle-t-on : Exome / Génome ? Comment peut-on comprendre le comportement des cellules tumorales via l’intégration de données ?

Eric LETOUZE, INSERM – diaporama

 

PARTAGE DE DONNÉES DE PHASES PRÉCOCES : LE PARCOURS DU COMBATTANT DU GROUPE DLT-TARGETT

La collecte de données peut s’avérer extrêmement complexe et difficile. Xavier Paoletti explique les difficultés qu’il a rencontré dans le cadre du partage de données en recherche clinique.

Xavier PAOLETTI, Institut Gustave Roussy – diaporama

 

INTÉGRER LES DONNÉES GÉNOMIQUES A L’AP-HP

Le système hospitalier est un milieu complexe régit par des normes différentes du milieu académique. Lorsque la plateforme de bio-informatique de l’AP-HP s’est mise en place, les équipes ont du réfléchir au traitement et à l’intégration des données au niveau de cette plateforme. Alban Lermine explique les difficultés rencontrées au sein d’une plateforme où sont traitées différentes analyses, tels que le séquençage de l’ADN et le traitement des données des patients.

Alban LERMINE, AP-HP – diaporama

 

OUVRIR LES DONNEES CLINIQUES A LA RECHERCHE SUR LE CANCER

Alain Livartowski est oncologue et partage son expérience sur l’utilisation des données cliniques pour développer la recherche clinique.

Alain LIVARTOWSKI, Institut Curie – diaporama

 

BIOBANKING DYNAMIQUE EN ONCOLOGIE

Aujourd’hui, l’échantillon biologique est devenu un outil clinique et de recherche. A l’Institut Curie, des moyens sont mis en place pour analyser les échantillons qui transitent par l’hôpital et pour installer des entrepôts de données. La tâche est complexe, d’autant plus que les échantillons sont hétérogènes.

Julien GUERIN et Thomas BALEZEAU, Institut Curie – diaporama