GenomIC - Institut Cochin
Génomique et transcriptomique
ISO 9001 V2
GenomIC met en œuvre des méthodes d'analyse basées sur les puces à ADN (Affymetrix) et de séquençage de nouvelle génération (NGS) en proposant un pipeline de contrôle qualité et un soutien à l'analyse statistique des données issues des 2 techniques. GenomIC propose également des techniques d'études d'expression de gènes cibles (PCR temps réel, technologie Nanostring).
GenomIC intervient avec ces différentes techniques dans différents projets Cancerologie du site Cochin portant sur la génétique et transcriptomique des tumeurs (cortico surrénalomes, tumeurs endométriales, neurofibromatose de type 1, tumeurs des épithéliiums digestifs, erythropoièse pathologique) .
GenomIC intervient dans l'étude des voies de signalisation et de régulation de l'expression des genes dans de multiples modeles (80-100 projets de recherche en 2016 représentant pres de 3000 échantillons en puces et NGS). GenomIC porte également des projets d'analyse de petits génome.
GenomIC s'implique si besoin dans la mise au point de méthodes d'analyse originales par NGS (RIP seq, étude de conformation d'ARN par SHAPE)
Spécialités : Onco-Hematologie, Onco-Immunologie, Tumeur solides, Microbiologie, HLA.
Types d'analyses :
- puces à ADN (transcriptome principalement) : production de données et analyse suivant prestations de service / 1700 échantillons en 2016 / 80 projets traités / 12 publications
- Analyses ciblées par PCR temps réel et technologie Nanostring : production de données et analyse sous forme de prestations, formation des utilisateurs
- NGS (séquençage ciblé, exome, RNAseq, ..) : production de données et analyse suivant prestations de service et sous forme de gestion de projets / 900 échantillons en 2016 / 30 projets traités
- contrôle qualité des ARN sous forme de prestations de service
Équipement :
- Station Affymetrix : 1 scanner GCS 3000 7G, 3 fours à hybridation, 3 fluidiques FS450
- 1 séquenceur Nextseq 500 Illumina
- 1 séquenceur Miseq Illumina
- 2 séquenceurs PGM, 1 serveur d'analyse Ion reporter
- 1 Prepstation Nanostring
- 1 bioanalyseur, 1 covaris S220, 1 nanodrop, 4 LC480
- 1 serveur de stockage Netapp 100To
Localisation
Institut Cochin, Université Paris Descartes, INSERM, CNRS
Bâtiment Gustave Roussy 3e etage
27 rue du Faubourg Saint Jacques
75014 Paris
Responsables :
- Franck LETOURNEUR
Existence d'une charte : inconnue
Modalité d'accès :
Plateforme ouverte aux académiques et industriels inconnues
Accueil de projets scientifiques internes et externes. Comité de pilotage sollicité si besoin.