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Plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy BiGR

bioinformatique

 

La plateforme de bioinformatique de Gustave Roussy (BiGR) est composée d'un responsable , d'un data manager, de 4 bioinformaticiens (1 INSERM et 3 Gustave Roussy) et d'un développeur fullstack.

Cette plateforme offre un soutien à tous les projets de recherche sur le cancer nécessitant de la bioinformatique, que ce soit dans des laboratoires universitaires ou des groupes de recherche clinique. Notre expertise principale est l'analyse de données de séquençage à haut débit pour la biologie moléculaire humaine et la médecine de précision. Nos services vont de la conception expérimentale à l'analyse qualitative complète de bout en bout de données en commençant par la gestion des données (récupérer, centraliser, organiser, étiqueter, sécuriser et partager des données). De plus, nous développons, des bases de données, des interfaces utilisateurs ainsi que des pipelines personnalisés intégrant des logiciels de pointe pour les tâches suivantes : analyse de microarray CGH (Affymetrix) et analyse de données NGS (WGS/WES/TGS, RNA-seq, ChIP/ATAC-seq, Single-Cell et Long-Reads). Enfin, la plateforme fournit une aide à la publication (méthodes, figures, téléversement dans des bases de données publiques comme GEO/SRA/EGA/dbGAP) et un co-encadrement de bioinformaticiens juniors embarqués dans des équipes de recherche.

La plateforme de bioinformatique est co-auteur d'une centaine de publications scientifiques internationales depuis sa création en 2012.

Types d'analyses :

  • microarray CGH (Affymetrix)
  • WGS
  • WES
  • TGS
  • RNA-seq
  • ChIP
  • ATAC-seq
  • Single-Cell
  • Long-Reads
  • HTG
  • GeoMX

Équipement :

  • Cluster de calcul (1500 CPUs, 9 GPUs, 7To RAM, 3Po de stockage)

> En savoir plus : consulter le site web de la plateforme

Localisation

Gustave Roussy

39 rue Camille Desmoulins
94800 Villejuif

Responsables :

  • Marc DELOGER

Existence d'une charte : inconnue

Modalité d'accès : Plateforme ouverte aux académiques et aux industriels

Cette plateforme s'adresse aussi bien à des biologistes qu’à des bioinformaticiens, pour des besoins ponctuels ou des projets plus conséquents

Transmettez votre demande par e-mail en précisant au mieux votre projet.

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