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Plateforme Génomique - Institut Curie

Génomique et transcriptomique

 

Le Cancéropôle Île-de-France soutient la Plateforme.

Retrouvez la Charte établie entre le Cancéropôle et la Plateforme ici.

 

La plate-forme de génomique fournit à des équipes de recherches fondamentales, translationnelles, médicales, des outils technologiques à haut débit pour analyser la structure et l'expression de gènes dans divers organismes, modèles cellulaires etc. Les altérations structurales des génomes, comme les mutations, les gains, les amplifications, la perte de régions génomiques, les polymorphismes, les déséquilibres alléliques, la perte d'hétérozygotie sont identifiées à l'aide de puces SNP d'Affymetrix, d'outils Nanostring, ou par des techniques de séquençage de Sanger ou de qPCR. L'expression des gènes est complexe et peut être adressée à plusieurs niveaux. Les ARN codants ou non pour les protéines peuvent être quantifiés à l'aide de puces Affymetrix pour une analyse pan-génomique ou en utilisant les approches de multiplexage NanoString jusqu'au niveau exonique, voire par qPCR en fonction du nombre d'échantillons et de marqueurs à quantifier. La plate-forme analyse la régulation de l'expression des gènes en quantifiant les micro ARN, les ARN fonctionnel non codant et d'autres types spécifiques d'ARN, qui modulent l'expression des gènes à différents niveaux (transcription et traduction). Ces quantifications sont effectuées en utilisant des puces Affymetrix ou via un multiplexage NanoString. Des techniques de quantification de certains marqueurs épigénétiques sont actuellement testées pour répondre à des demandes internes (méthode OxBS développée par Cambridge Epigenetix). Des techniques d'analyses de conformation de la chromatine (in situ HiC) sont également mises en œuvre (Mélanome Uvéal, Pr E. Heard lab). En outre, la plate-forme analyse des échantillons dans le cadre de plusieurs essais cliniques ou sur demande de biologistes, dans le domaine du cancer et des maladies rares. L'ADN et l'ARN sont analysés quotidiennement sur des outils dédiés (Oncoscan, Cytoscan d'Affymetrix et Prosigna Pam50). Très récemment, un accord a été mis en place avec Nanostring pour devenir une plateforme de référence en Europe pour les tests Prosigna. La plate-forme participe également à des projets internationaux et à des collaborations avec des partenaires publics ou privés. Enfin d'autres approches complémentaires sont proposées aux équipes qui souhaitent que leurs échantillons soient préparés par la plateforme ou enrichis par microdissection laser. De nouvelles activités de génomique peuvent être évaluées puis mises en place selon les besoins des équipes.

Types d'analyses :

  • Conseil en génomique
  • Préparation d'échantillon (cryo-section, microdissection laser, purification d'acides nucleiques)
  • Analyse Génomique (genome wide par analyse en micorarray, analyse de mutations ponctuelles, de polymorphismes)
  • Analyse Transcriptomique: de genome entier, or analyse ciblée (Nanostring), test de signature transcriptomique
  • Analyse de la régulation de l'expression des gènes: miRNA, ncRNA, analyse de la méthylation (OxBS), analyse de la conformation de la chromatine

Équipement :

  • Equipement pour la préparation d'échantillons: Cryostat Leica CM3050S, Système de microdissection laser Leica ASLMD, Système de purification d'acides nucléiques QIAcub 12 positions, Système de broyage mécanique TissueLyser
  • Équipement pour le contrôle qualité: Spectrophotomètre NanoDrop 8000, Fluorimètre Qubit, Système d'électrophorèse capillaire BioAnalyzer 2100, Système d'électrophorèse capillaire haut débit Fragment Analyzer (48 capillaires)
  • Equipements dédiés à l'analyse génomique: Affymetrix GCS3000 (2 fours, 4 fluidiques, 1 scanner 7G), Affymetrix Gene Titan 4C, Nanostring nCounter (4 PrepStation et 2 Digital Analyzer), Applied Biosystems 7900Fast Real-Time PCR System

> En savoir plus : consulter le site web de la plateforme

Localisation

Institut Curie

7e et 8e étage
26 rue d'Ulm
75005 Paris



Responsables :

  • David Gentien
  • Audrey Rapinat

Existence d'une charte : non

Modalité d'accès : Plateforme ouverte aux académiques et industriels

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