Gériatre spécialisé en onco-gériatrie

Intitulé du poste

Onco gériatre au sein du département de médecine interne et gériatrie à l’hôpital Universitaire Henri-Mondor

Nature du poste

Poste temps plein de Praticien Hospitalier contractuel pouvant évoluer vers un poste de Praticien Hospitalier titulaire.

Adresse

Hôpital Henri-Mondor, 51, avenue du Maréchal de Lattre de Tassigny 94010 Créteil Cedex

Missions proposées

  1. Réaliser les évaluations multidimensionnelles pré thérapeutiques pour les patients âgés fragiles atteints de cancer, qu’ils consultent en ambulatoire ou soient hospitalisés au sein de l’hôpital Henri Mondor( 250 évaluations/an), pour l’aide à la décision du plan de traitement anti-cancer =en coopération avec les oncologues, autres spécialistes d’organe, radiothérapeuteset chirurgiens. Réaliser les évaluations de suivi à 6 mois pour les patients sous chimiothérapie.
  2. Participer à l’activité de recherche clinique en onco-gériatrie, notamment l’inclusion des patients dans la cohorte Elderly CAncer PAtients ELCAPA (2436 patients inclus à Mondor sur les 4249 patients inclus dans la cohorte et coordination) et inclusion dans les essais cliniques ou cohortes d’onco-gériatrie ouvert sur le site.
  3. Développement des parcours de soins pour ces patients âgés atteints de cancer afin de prendre en charge les différents déficits identifiés potentiellement modifiables lors de l’évaluation initiale gériatrique mais aussi pour faciliter l’accès aux soins de support et aux soins palliatifs pour ceux en abstention thérapeutique.

Personnes à contacter

Dr Marie Laurent marie.laurent@aphp.fr

Dominique Bouchema dominique.bouchema@aphp.fr 01 49 81 30 74

Service de médecine interne et gériatrie

Hôpital Albert Chenevier

40 rue du Mesly

94000 Créteil Cedex

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Fiche de poste onco gériatre HUHM

 

 

Assistanat en Onco-gériatrie

Poste à pourvoir à compter du 2 novembre 2018 pour 2 ans au sein du Service Médecine Sénior

 

ORGANISATION du Service Médecine Séniors :

 4 ETP médicaux pour 29 lits

  • Une/deux Gériatres
  • Un/deux Médecins Généralistes
  • 1 Oncologue médical

 L’agrément pour un poste d’Interne en Médecine Générale a été demandé pour novembre 2018.

 Population de patients hospitalisés :

  • Patients pris en charge à Gustave Roussy pour un cancer.
  • De plus de 65 ans.
  • Hospitalisés pour une chimiothérapie, une complication de la chimiothérapie, une complication du cancer, une complication intercurrente non liée au cancer, une évaluation onco-gériatrique

Missions

  • Participation à la prise en charge multidisciplinaire des patients hospitalisés.
  • Contribuer à l’activité clinique.
  • Participer à la permanence des soins avec des astreintes du week-end et des gardes : au choix (garde sénior sur place).
  • Prise en charge des patients présentant des pathologies cancéreuses.
  • Consultation d’annonce.
  • Participation aux RCP d’organe.
  • Assurer la surveillance du traitement de chimiothérapie.
  • Prise en charge des effets secondaires des traitements.

Enseignement

  • 3 heures de cours et/ou bibliographie sont donnés chaque semaine, couvrant la plupart des pathologies cancéreuses ainsi que les soins de support.

Compétences requises :

  • Etre thésé ou en post-internat.
  • Compétence en gériatrie bienvenue.
  • Capacité d’adaptation et de travail en multidisciplinarité.

 

Le Département de Médecine Oncologique de Gustave Roussy

Le Département de Médecine Oncologique de Gustave Roussy est l’un des plus importants au niveau national, avec une équipe de plus de 430 personnes.

Il dispose d’un spectre d’activité très large, couvrant l’ensemble des spécialités du cancer, ainsi que les cancers rares.

Il se compose de 5 services d’hospitalisation de jour ou conventionnelle, répartis sur les 2 sites  distincts.

 

Site Villejuif

114 Rue Edouard Vaillant

94800 VILLEJUIF

Sur le site de Villejuif, le Département de Médecine Oncologique dispose de 126 lits d’hospitalisation et 71 lits en hôpital de jour.

 

Site Chevilly Larue

24 Rue Albert Thuret

94550 CHEVILLY LARUE

Sur le site de Chevilly-Larue, le Département de Médecine dispose de 50 lits d’hospitalisation et de 13 lits en hôpital de jour.

C’est sur ce site que le Service de Medecine Sénior se situe.

Contact :

Professeur Benjamin Besse

Chef du Département de Médecine Oncologique

Gustave Roussy

114 rue Edouard Vaillant

94805 Villejuif

Secrétariat Mme Catherine Cornuault : 01 42 11 43 39

Catherine.CORNUAULT@gustaveroussy.fr

Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau débutant

 

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau débutant.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche clinique ou médicale en cancérologie.

Prochaine session : LUNDI 3 & MARDI 4 JUIN 2019

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. 

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

M’INSCRIRE

 

La formation

Cette formation concerne l’analyse de données cliniques et médicales uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

Formation de niveau débutant, s’adressant aux personnes découvrant le logiciel R Studio.

Pré-requis : probabilités élémentaires (discrètes et continues), statistiques de base (moyenne, médiane, variance, quantiles, principe du test sous l’hypothèse nulle, distribution d’échantillonnage), modalités de recueil des données cliniques et épidémiologiques

Objectifs

Maîtriser:

  • la gestion d’une base de données biomédicales (recodage et manipulation des variables)
  • les procédures d’aggrégation de données
  • les principales commandes graphiques
  • les procédures pour la comparaison de deux moyennes ou de proportions (tests paramétriques et non-paramétriques)

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

Programme

  • Gestion des données avec R : représentation et gestion de variables statistiques, manipulation d’un tableau de données, sélection d’observation et de variable, transformation de variables numériques et annotation de variables catégorielles
  • Représentations graphiques simples : histogramme d’effectif ou de proportion, courbe de densité, diagramme en barres, boîte à moustaches, diagramme de dispersion
  • Personnalisation des représentations graphiques : couleur, échelles, légendes
  • Statistiques descriptives : résumé numérique de la distribution d’une variable numérique à l’aide d’indicateurs de tendance centrale et de dispersion, indices de symétrie et d’aplatissement d’une distribution, tableau d’effectifs et de fréquences pour une variable catégorielle
  • Mesures d’association pour deux échantillons indépendants (odds-ratio, différence standardisée de moyennes, coefficient de corrélation)
  • Intervalles de confiance, taille d’effet, puissance statistique et calcul du nombre de sujets nécessaires (cas des moyennes et des proportions)
  • Tests paramétriques pour le croisement de deux variables (comparaison de moyennes ou de proportions pour deux échantillons indépendants ou non, analyse d’un tableau de contingence)
  • Tests non-paramétriques et tests exacts pour le croisement de deux variables

 

> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation des 6 et 7 décembre 2018 !

Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau intermédiaire

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau intermédiaire.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche clinique ou médicale en cancérologie.

 

Prochaine session : LUNDI 17 & MARDI 18 JUIN 2019

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. 

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

M’INSCRIRE

La formation

Cette formation concerne l’analyse de données cliniques et médicales uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

Formation de niveau intermédiaire, s’adressant aux personnes qui utilisent déjà le logiciel R Studio.

Pré-requis : connaissances en Rstudio, probabilités élémentaires, statistiques de base, modalités de recueil des données cliniques et épidémiologiques, analyse de variance à un et deux facteurs et régression linéaire simple

Objectifs

Compléter l’apprentissage du logiciel R et des principales commandes graphiques

Maîtriser:

  • les modèles statistiques d’analyse de la variance et de régression linéaire simple et multiple.
  • les procédures en R pour validation et de comparaison de modèles

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

Programme

  • Rappels de gestion des données avec R : manipulation d’un tableau de données, sélection d’observation et de variable, transformation de variables numériques et annotation de variables catégorielles
  • ANOVA à un facteur, notion d’interaction et ANOVA à plusieurs facteurs
  • Représentations graphiques pour l’ANOVA à un facteur : validation graphique des pré-requis, graphiques en treillis (graphiques conditionnels avec 1 ou 2 variables illustratives), gestion et personnalisation des paramètres graphiques
  • Tests a posteriori et procédures de comparaisons multiples (contrôle du FWER et du FDR)
  • Interprétation des sorties de R, tailles d’effet, puissance statistique et calcul du nombre de sujets nécessaires
  • Analyse de variance et plans d’expérience : plans factoriels et méthode des blocs, plans fractionnaires
  • Régression linéaire simple et multiple, ré-interprétation des modèles d’ANOVA
  • Représentations graphiques pour la régression : diagramme de dispersion et courbe loess, graphiques en treillis, courbe de densité 2D, gestion et personnalisation des paramètres graphiques
  • Interprétation des sorties de R pour la régression simple et multiple
  • Diagnostic du modèle et analyse des résidus, transformation de variables

Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau avancé

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau avancé.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche clinique ou médicale en cancérologie.

 

Prochaine session à venir

Inscriptions en ligne gratuites mais obligatoire (à venir). Nombre de places limité !

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

La formation

Cette formation concerne l’analyse de données cliniques et médicales uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

Formation de niveau avancé.

Pré-requis : Avoir suivi la formation de perfectionnement au logiciel R ou niveau équivalent validé par test, connaissances en Rstudio, probabilités élémentaires, statistiques de base, modalités de recueil des données cliniques et épidémiologiques, analyse de variance à un et deux facteurs et régression linéaire simple

 

Objectifs

Maîtriser:

  • les procédures en R relatives au modèle linéaire et à ses extensions
  • l’analyse de données de survie et corrélées
  • les procédures de comparaison et validation de modèles

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

 

Programme

  • Rappels sur l’analyse de variance et la régression linéaire

 

  • Applications du modèle linéaire gaussien : régression polynômiale, analyse de covariance

 

  • Modèle linéaire généralisé : régression logistique et régression de Poisson

 

  • Interprétation des coefficients de régression pour le modèle linéaire gaussien et généralisé

 

  • Procédures de diagnostic des modèles linéaires gaussiens et généralisés

 

  • Approches robustes pour la régression : M-estimateurs, pénalisation Lasso, régression ridge

 

  • Calibration et validation d’un modèle pronostique (régression linéaire simple et multiple, régression logistique), sélection de modèles (validation croisée, évaluation de la performance d’un modèle pour la prédiction ou la classification, sélection de variables)

 

  • Analyse des données corrélées (ANOVA à mesures répétées, modèle linéaire à effets mixtes, équations généralisées)

 

  • Analyse des données de survie : courbe de Kaplan-Meier, test du log-rank et modèle de Cox

Cancers et fins de vie : quelles recherches en SHS ?

 

Le 22 septembre 2017, s’est tenu le séminaire Cancers et Fins de vie, organisé par le groupe de travail «Sciences Humaines et Sociales». Ce séminaire s’est focalisé sur le sujet de la fin de vie en oncologie de manière transdisciplinaire.

 

Les cliniciens et chercheurs en sociologie, psycho-oncologie, philosophie et droit ont discuté de manière croisée de la souffrance réfractaire en fin de vie, mais également de la question controversée de la demande de hâter la mort.

Cette journée, placée sous l’angle de la recherche, avait deux objectifs :
1. dynamiser la recherche à venir grâce à des revues de littératures dans l’ensemble des
disciplines des sciences humaines et sociales, couplées à une table ronde
2. discuter de travaux de recherche récents ou en cours de manière à leur faire bénéficier du
regard de chercheurs issus de l’ensemble des disciplines des SHS

 

Le groupe de travail Sciences Humaines et Sociales, pluri-institutionnel et pluridisciplinaire, intervient notamment lors de l’évaluation des projets de recherche soumis au Cancéropôle IDF et organise des
journées sur des problématiques spécifiques des cancers pour faire émerger des idées et questions scientifiques à l’interface entre les disciplines.

Retrouvez ici le compte-rendu multimédia de la journée.
Télécharger le programme de la journée

 

Coordination scientifique

Groupe de travail « Sciences Humaines et Sociales » du Cancéropôle IDF, piloté par Sylvie Dolbeault, Institut Curie et Edwige Rude-Antoine, CNRS, CENJ Institut Marcel Mauss.
En savoir plus sur le groupe de travail

 

 

Compte-rendu de la journée

INTRODUCTION

Sylvie Dolbeault ouvre cette journée en présentant les actions du groupe de travail “sciences humaines et sociales” du Cancéropôle Île-de-France. Cette journée est l’occasion de réunir les différentes thématiques des sciences humaines autour de la question sur les fins de vie. Le séminaire s’articulera sur plusieurs points, toujours pour la recherche : difficultés rencontrées par les chercheurs, organisation du travail, collaborations…

Alexis Burnod précise que la journée servira également à faire germer des idées transdisciplinaires grâce aux différentes interventions des orateurs.

Sylvie DOLBEAULT, Institut Curie
Alexis BURNOD, Institut Curie

 

CONTEXTE ET ENJEUX

La question de fin de vie est un sujet sensible. Les directives et textes de lois encadrent les situations de fin de vie et les prises de décisions médicales. Dans ce contexte, il est également important d’analyser et de comprendre la demande de la personne malade.

Sarah DAUCHY, Gustave Roussy – diaporama

 

PANORAMA DU DROIT SUR LA FIN DE VIE ET RECHERCHES JURIDIQUES ASSOCIEES

Bénédicte Bevière-Boyer est juriste à l’Université Paris VIII. Elle évoque les différentes réglementations autour de la fin de vie. Les droits de fin de vie évoluent rapidement grâce à la collaboration entre les juristes et les médecins / praticiens.

Bénédicte BEVIERE-BOYER, Université Paris VIII – diaporama

 

DEMANDE DE HÂTER LA MORT

La demande de hâter la mort est une réalité. Guy Lebeer, sociologue, participe aux présentation suivantes sur ce sujet compliqué.

Guy LEBEER, Université Libre de Bruxelles

 

CONTRIBUTION A LA RÉFLEXION SUR L’AIDE EN FIN DE VIE

La réflexion sur l’aide en fin de vie est menée par plusieurs disciplines : juridique, politique, scientifique etc. Comment ces disciplines interagissent-elles ? Quelle est la place de la souffrance dans cette étape ? Comment se déroule l’assistance au suicide ? Quel est le rôle du médecin ?

Patrice GUEX, Faculté de biologie et de médecine, Université de Lausanne – diaporama

 

QUELQUES OBSERVATIONS SUR LA FIGURATION DES MORTS ANTÉRIEURES DANS LES RÉCITS DE SUICIDES ASSISTES

Anthony Stavrianakis présente son implication et l’histoire croisée de plusieurs personnes malades qui ont été accompagnées en fin de vie.

Anthony STAVRIANAKIS – CERMES3, CNRS

13e COLLOQUE ANNUEL DU CANCEROPOLE : CANCERS RARES

 

Le 9 février 2018, s’est tenu le 13ème colloque annuel du Cancéropôle Île-de-France. Cette journée, organisée par le groupe de travail «Cancers rares», a été l’occasion d’évoquer les différentes thématiques autour des cancers rares. Trois interventions de type keynote permettront de revenir sur des outils et réseaux utiles pour la communauté.

 

Le groupe de travail Cancers rares a été mis en place en 2015 par le Cancéropôle Île-de-France et a pour mission de favoriser une recherche translationnelle et clinique autour des cancers rares en facilitant le développement de nouvelles méthodologies, soutenir l’action d’associations impliquées dans les cancers rares et de proposer des actions d’animation scientifique. Ses membres sont des chercheurs, cliniciens, anatomopathologistes franciliens impliqués dans des thématiques “cancers rares”.

Wolf-Hervé Fridman, Président du Cancéropôle Île-de-France, et Pierre Laurent-Puig, Directeur Scientifique du Cancéropôle Île-de-France, ouvrent cette journée en présentant les missions du Cancéropôle et son implication dans les cancers rares. Wolf-Hervé Fridman évoque les approches multi-institutionnelles autour des cancers rares et l’importance de continuer la recherche dans ce domaine. Pierre Laurent-Puig poursuit en évoquant que la recherche reste importance dans ce domaine afin de développer des thérapies adaptées.

Retrouvez ici le compte-rendu multimédia de la journée.
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Coordination scientifique

Groupe de travail “Cancers rares” du Cancéropôle Île-de-France piloté par Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO (AP-HP Hôpital Européen Georges Pompidou).
En savoir plus sur le groupe de travail

 

 

 

Compte-rendu de la journée

INTRODUCTION

Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, coordinatrice du groupe de travail Cancers rares, introduit cette journée en présentant les actions menées par le groupe au sein du Cancéropôle : les missions, les enquêtes, le soutien à la recherche …

Plusieurs points sont soulevés, tels que la définition du cancer rare, les perspectives pour les soins ou la catégorisation des cancers rares. Une liste des cancers rares, effectuée par le groupe de travail, est disponible sur le mini-site du groupe de travail.

Anne-Paule GIMENEZ-ROQUEPLO, AP-HP HEGP, INSERM – diaporama

 

KEYNOTE : THE CANCER GENOME ATLAS ADVANCES FOR RARE CANCERS

Présentation en anglais

Venu des Etats-Unis, Thomas Giordano présente l’outil TCGA qui permet d’appréhender les processus moléculaires des différents types de cancer via des données en libre d’accès. Cet outil comporte des données intéressantes et exploitables sur les cancers rares.

Thomas GIORDANO, University of Michigan, USA – diaporama

 

GÉNÉTIQUE ET GÉNOMIQUE DU MÉLANOME UVEAL, UNE TUMEUR RARE ET GRAVE DE L’ADULTE

Le mélanome uvéal est une tumeur de l’œil qui se développe chez adulte. Cette tumeur est différente des autres mélanomes, de par sa forme génétique et son agressivité. A ce jour, aucun traitement n’existe. Marc-Henri Stern détail ici les particularités de ce mélanome.

Marc-Henri STERN, Institut Curie, INSERM – diaporama

 

 

L’APPORT DU NGS DANS QUELQUES EXEMPLES DE TUMEURS CÉRÉBRALES RARES

Marc Sanson étudie la génétique moléculaire des tumeurs cérébrales et explique l’importance du NGS dans l’étude des cancers rares. Tout d’abord, il explique que le NGS peut faciliter le développement de thérapies ciblées, en prenant en exemple les gliomes diffus et leur études par l’outil TCGA. Ensuite, il démontrera l’utilité du NGS pour les tumeurs extrêmement rares et expliquera l’apport du programme EXORARE pour deux patientes.

Marc SANSON, AP-HP PSL, INSERM – diaporama

 

CANCERS RARES EN PÉDIATRIE : ORGANISATION FRANÇAISE ET EUROPÉENNE

Daniel Orbach présente comment s’organisent les soins en France et en Europe en onco-pédiatrie. Plusieurs points sont soulevés : comment sont pris en charge les traitements pédiatriques ? Quelles sont les différences avec les prises en charge pour adulte ? Comment évolue la prise en charge lors de la transition pédiatrie / adolescence-jeune adulte ? Qu’en est-il pour les tumeurs très rares pédiatriques ?

Daniel ORBACH, Institut Curie – diaporama

 

HÉTÉROGÉNÉITÉ MOLÉCULAIRE DES MÉSOTHELIOMES PLEURAUX MALINES

Didier Jean décrit les caractéristiques des mésothéliomes pleuraux, qui sont spécifiques de par leur hétérogénéité, leur génotype et leur profil mutationnel.

Didier JEAN, INSERM – diaporama

 

 

 

 

DISSÉMINATION MÉTASTATIQUE DE L’OSTÉOSARCOME : VERS UNE THÉRAPIE CIBLÉE ?

L’ostéosarcome est une tumeur osseuse qui touche en grande majorité les personnes âgées entre 15 et 20 ans. Il est le sarcome le plus fréquent du tissu osseux bien qu’il reste un cancer rare.

Olivia FROMIGUE, Gustave Roussy – diaporama

KEYNOTE : EuroBloodNet, UNE RÉSEAU EUROPÉEN SUR LES HÉMOPATHIES MALIGNES RARES

EuroBloodNet est un réseau européen pour les maladies hématologiques rares. En tant que coordinateur de ce réseau, Pierre Fenaux présente les différentes missions : accès au soin a domicile, mise en place de la télémédecine, accès aux essais cliniques, diffusion des bonnes pratiques médicales…

Pierre FENAUX, AP-HP, ERN EuroBloodNet – diaporama

 

LEUCÉMIE MYELOMONOCYTAIRE CHRONIQUE, LE RÔLE DES CELLULES MATURES DU CLONE

La leucémie myélomonocytaire se détecte par une simple prise de sang, qui révèle une concentration importance de monocytes dans le sang. Comment comprendre cette maladie grâce au NGS ? Les études génomiques ont démontré des signatures moléculaires caractéristiques.

Eric SOLARY, Gustave Roussy – diaporama

COMMENT LES VIRUS HUMAINS INDUISENT-ILS LA LYMPHOMAGENESE ?

Les virus peuvent également être responsables de certains cancers. C’est le cas par exemple de certains lymphomes. Yegor Vassetsky étudie l’implication des virus dans un lymphome, au niveau moléculaire et cellulaire.

Yegor VASSETZKY, Gustave Roussy – diaporama

 

Bio-informatique et Cancer : Partage de données cliniques pour la recherche sur le cancer

Le groupe de travail Intégration de données du Cancéropôle Île-de-France a organisé, le 18 octobre 2017, une journée de séminaire autour du partage de données cliniques. Cette journée était couplée avec le séminaire Enjeux et besoins des NGS.

La question du partage des données cliniques pour la recherche est aujourd’hui incontournable dans le domaine du cancer. De grandes bases de données sont constituées et mettent à disposition les données de patients pour la recherche. Comment structurer l’accès à ces données pour les exploiter de manière intégrée et optimisée, et accélérer la recherche sur le cancer faisant appel au Big Data ?

Lors de cette journée, la question du partage de données est abordée de manière transversale, depuis la clinique jusqu’à la recherche fondamentale. Le regard du patient et les questions éthiques, sociétales et organisationnelles qui se posent sont partie intégrante de la thématique.

A l’occasion de cette réunion, le travail d’intégration de données cliniques et biologiques mené par le groupe de travail du Cancéropôle IDF a été présenté, ainsi que des initiatives complémentaires menées dans le même domaine.

Retrouvez le programme de la journée

Coordination scientifique

Groupe de travail «Intégration de données» du Cancéropôle IDF, piloté par Anita Burgun (AP-HP, Hôpital Européen Georges Pompidou).
En savoir plus sur le groupe de travail

 

Compte-rendu de la journée

INTRODUCTION DE LA JOURNÉE

Anita Burgun, coordinatrice du groupe de travail “Intégration de données” du Cancéropôle Île-de-France, ouvre cette journée. Plusieurs points seront abordés lors ce séminaire, notamment le partage des donnée génomiques et cliniques, l’accès aux métadonnées, la question de protection des données cliniques …

Anita BURGUN, AP-HP, Hôpital Européen Georges Pompidou

 

INTÉGRATION DES DONNÉES GÉNOMIQUES ET CLINIQUES

Les données génomiques et cliniques semblent bien distinctes. Est-il possible de traiter ces deux types de données ensemble ? Quel est l’avantage d’un traitement rassemblé ? Marie De Tayrac explique que l’intégration de données permet d’optimiser le diagnostic, la prévention et le traitement des maladies humaines en fonction des variations génétiques individuelles.

Marie DE TAYRAC – CNRS, Université de Rennes, CHU de Rennes – diaporama

 

SOLUTIONS SHRINE EN ONCOLOGIE : TRAVAIL DU GROUPE “INTÉGRATION DE DONNÉES” DU CANCEROPOLE ÎLE-DE-FRANCE

Bastien Rance et David Baudoin présentent l’outil Shrine qui permet l’ouverture et la disponibilité des données recensées dans plusieurs sites d’île-de-France. Le groupe de travail “Intégration de données” du Cancéropôle a travaillé plusieurs années sur cet outil de partage.

Bastien RANCE et David BAUDOIN, AP-HP, Hôpital Européen Georges Pompidou – diaporama

 

PARTAGE DES DONNÉES DU GROUPE OSIRIS

Cette présentation met l’accent sur un travail collaboratif qui a été mené par le groupe OSIRIS, rassemblant les SIRICs (Sites de Recherche Intégrée sur le Cancer). Les solutions techniques sont importantes pour le partage de données, mais l’accent est également porté par OSIRIS sur la qualité des données et l’utilisation facilitée des données…

Yec’han LAYZET, Institut Bergonie
Vianney JOUHET, CHU de Bordeaux
diaporama


 

 

SIGNATURE ONCOGENIQUES : POURQUOI EST-IL IMPORTANT D’INTÉGRER LES DONNÉES ?

Eric Letouzé présente, à travers son travail sur le cancer du foie, comment l’analyse des données génomiques peut déterminer les mécanisme moléculaires impliqués en oncologie. La notion de données s’impose alors : de quelles données parle-t-on : Exome / Génome ? Comment peut-on comprendre le comportement des cellules tumorales via l’intégration de données ?

Eric LETOUZE, INSERM – diaporama

 

PARTAGE DE DONNÉES DE PHASES PRÉCOCES : LE PARCOURS DU COMBATTANT DU GROUPE DLT-TARGETT

La collecte de données peut s’avérer extrêmement complexe et difficile. Xavier Paoletti explique les difficultés qu’il a rencontré dans le cadre du partage de données en recherche clinique.

Xavier PAOLETTI, Institut Gustave Roussy – diaporama

 

INTÉGRER LES DONNÉES GÉNOMIQUES A L’AP-HP

Le système hospitalier est un milieu complexe régit par des normes différentes du milieu académique. Lorsque la plateforme de bio-informatique de l’AP-HP s’est mise en place, les équipes ont du réfléchir au traitement et à l’intégration des données au niveau de cette plateforme. Alban Lermine explique les difficultés rencontrées au sein d’une plateforme où sont traitées différentes analyses, tels que le séquençage de l’ADN et le traitement des données des patients.

Alban LERMINE, AP-HP – diaporama

 

OUVRIR LES DONNEES CLINIQUES A LA RECHERCHE SUR LE CANCER

Alain Livartowski est oncologue et partage son expérience sur l’utilisation des données cliniques pour développer la recherche clinique.

Alain LIVARTOWSKI, Institut Curie – diaporama

 

BIOBANKING DYNAMIQUE EN ONCOLOGIE

Aujourd’hui, l’échantillon biologique est devenu un outil clinique et de recherche. A l’Institut Curie, des moyens sont mis en place pour analyser les échantillons qui transitent par l’hôpital et pour installer des entrepôts de données. La tâche est complexe, d’autant plus que les échantillons sont hétérogènes.

Julien GUERIN et Thomas BALEZEAU, Institut Curie – diaporama

 

 

Bio-informatique et Cancer : Enjeux et besoins des NGS pour la recherche sur le cancer

 

Le groupe de travail NGS & Cancer du Cancéropôle Île-de-France a organisé, le 17 octobre 2017, une journée de séminaire pour les personnes qui souhaitent mettre en place les technologies NGS dans leur institution ou laboratoire et qui voudraient bénéficier d’un retour d’expérience. Cette journée était couplée avec le séminaire Partage de données.

 

En complément des formations pratiques en salle et de la formation en ligne ouverte à tous, le groupe de travail NGS & Cancer a souhaité organiser cette journée pour discuter de manière
large de l’utilisation de la technologie NGS, Next-Generation Sequencing, pour répondre à des
questions de recherche dans le domaine du cancer.
Nous proposons de répondre aux questions concrètes qui se posent dans un tel contexte,
notamment :

• Quels sont les apports du NGS pour la recherche fondamentale et clinique dans le domaine du
cancer ?
• Quel est l’intérêt de cette technologie versus les techniques de type puces ?
• Pourquoi internaliser / externaliser le séquençage et / ou l’analyse ?

 

Retrouvez le programme de la journée

 

Coordination scientifique

Groupe de travail «NGS & Cancer » du Cancéropôle IDF, piloté par Jean-Charles Cadoret (Institut Jacques Monod, Université Paris Diderot), Marc Deloger (Institut Curie), Nicolas Servant (Institut Curie)
En savoir plus sur le groupe de travail

 

 

Compte-rendu de la journée

INTRODUCTION DE LA JOURNÉE

Nicolas Servant ouvre la journée en présentant le groupe de travail NGS & Cancer du Cancéropôle Île-de-France. Ce groupe permet le développement et la mise en place des formations NGS accessibles aux chercheurs et cliniciens. A travers ce séminaire, le groupe de travail a voulu permettre les échanges autour du séquençage, de la bio-informatique et de la clinique, et développer l’utilisation des technologies NGS.

Nicolas SERVANT, Institut Curie 

 

ETAT DES LIEUX DES TECHNOLOGIES ACTUELLES

Recul et évolution des technologies NGS. D’où venons-nous, où allons-nous ?

Stéphane Le Crom est professeur à l’Université Pierre et Marie Curie et est responsables de plusieurs plateformes. Son implication dans ces plateformes lui permet d’expliquer l’évolution des technologies NGS, de décrire les technologies utilisées aujourd’hui, et de faire un état des lieux complet sur les technologies actuelles.

Stéphane LE CROM, Université Pierre et Marie Curie – diaporama

 

 

 

 

 

Faut-il abandonner les autres technologies ?

Les technologies NGS persistent dans le temps. Comment ces technologies peuvent-elles résister ? Dans quel contexte ? Marc Deloger, spécialiste des expressions ARN, nous explique comment ces technologies évoluent pour toujours avoir la même finalité: mesurer l’expression d’un gène. Il détaille ici plusieurs techniques telles que la RT-qPCR, les microarrays, et le RNA-seq.

Marc DELOGER, Institut Curie – diaporama

 

Nicolas Servant soulève plusieurs questions concernant le séquençage ADN et les oligo arrays. Quelles sont les différences entre les différentes technologies? Quelles sont les limites ? Quels sont les impacts en terme d’analyse ? Quelles sont les conditions d’utilisation ? Les puces à ADN sont-elles toujours performantes ?

Nicolas SERVANT, Institut Curie – diaporama

 

Jean-Charles Cadoret développe ici les caractéristiques des ChIP-Seq et des Methyl-DNA microarrays : utilisation, coût, capacité d’analyse, disponibilité du matériel…

Jean-Charles CADORET, Institut Jacques Monod, Université Paris Diderot – diaporama

 

 

Externalisation des ressources de séquençage et / ou d’analyse

Eric Solary est PU-PH et Directeur de Recherche à l’institut Gustave Roussy. Dans cet institut, une unité de séquençage clinique très haut-débit s’est mise en place. Le but est de créer un partenariat entre structure privée et académique afin de développer le séquençage des exomes et le RNA-seq. Ce partenariat permet d’optimiser les coûts et de monter différents projets.

Eric SOLARY, Institut Gustave Roussy – diaporama

 

La plateforme de l’Institut Curie effectue du séquençage à haut débit dans le domaine fondamental, translationnel ou encore diagnostic. Des choix stratégiques ont dû s’effectuer au moment de l’installation de la plateforme, notamment en terme de partenariat. La plateforme se développe finalement de manière interne. Sylvain Baulande explique les avantages et inconvénients de ce système de gestion.

Sylvain BAULANDE, Institut Curie – diaporama

 

Alban LERMINE et Julie DIGEON partagent leur expérience concernant l’utilisation du séquençage et de la bio-informatique au sein de l’AP-HP. Ils font un bilan sur la situation actuelle, les ressources internes et externes,  l’organisation pour récupérer des résultats …

Alban LERMINE et Julie DIGEON, AP-HP – diaporama

 

 

 

 

LES ENJEUX DE LA BIO-INFORMATIQUE

Les enjeux actuels de la bio-informatique en cancérologie

Philippe Hupe et Daniel Gautheret développent les enjeux de la bio-informatique : quelles sont les meilleurs pratiques actuelles ? Y-a-t-il un retard entre l’arrivée d’une nouvelle technologie et l’arrivée des outils d’analyses ? Comment faire pour que les chercheurs puissent interpréter au mieux les résultats ? Comment améliorer les ressources bio-informatiques (calcul, stockage …)?

Philippe HUPE, Institut Curie
Daniel GAUTHERET, Institut Gustave Roussy, Université Paris Sud – diaporama

 

Mise en place d’une plateforme de bio-informatique

Alban Lermine a participé activement à la création de la plateforme bio-informatique et séquençage au sein de l’AP-HP. Il revient sur cette création à travers les prévisions, les coûts, les moyens humains et matériels nécessaires, la mise en place et la maintenance de l’innovation …

Alban LERMINE, AP-HP – diaporama

 

L’IMPACT DES NGS DANS LA RECHERCHE CLINIQUE

Le passage des NGS en diagnostic, rêve ou réalité ?

Pierre Laurent-Puig retrace les différentes techniques qui peuvent être utilisées dans le cadre du NGS. Il effectue le lien entre les questions technologiques du NGS et le domaine clinique.

Pierre LAURENT-PUIG, AP-HP HEGP, Université Paris Descartes – diaporama

 

L’apport du NGS dans la recherche clinique

Cette dernière discussion, sous forme de table ronde, soulève des questions concernant l’utilisation du NGS dans le domaine clinique. Le NGS apporte de nombreuses informations et connaissances dans le domaine fondamental, mais la question d’utiliser autant de ressources pour la recherche clinique se pose. Certains pensent que ces technologies peuvent faciliter le diagnostic, d’autres pensent à la médecine de précision …

Christophe LE TOURNEAU, Institut Curie
Marie DE TAYRAC, CNRS, Université de Rennes, CHU de Rennes – 
diaporama
Fabrice ANDRE, Institut Guctave Roussy

Formation “NGS & Cancer : Analyses épigénomiques”

Le Cancéropôle Île-de-France organise depuis 2014 des formations pratiques en salle équipée informatique, pour permettre à des chercheurs débutants de se familiariser avec le traitement de données massives NGS. Cette session de formation “NGS & Cancer” est dédiée aux analyses de données épigénomiques.

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) de type épigénomiques (ChIP-Seq, Methyl-Seq, atac-seq…) La formation se déroule en salle équipée informatique, et les participants sont accompagnés tout au long de la formation par des bio-informaticiens spécialistes issus des plateformes franciliennes. Les outils utilisés pour l’analyse des données sont Galaxy, R, R Studio, IGV.

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer

Prochaine session : mercredi 20, jeudi 21, vendredi 22 novembre 2019.
Inscriptions closes.

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.
Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation
Des prérequis et connaissances sur R et R Studio sont demandés pour participer à la formation.

Programme de la formation

  • Contrôle qualité, alignement des données, visualisation sous IGV
  • Peak calling et Analyse fonctionnelle
  • Analyse de données de marques d’histones
  • Analyse ATAC-seq
  • Ouverture aux approches single-cell epigénomique
  • Annotation de peaks sous R
  • Analyse sans peak calling sous R : binning genomic, normalization, analyse différentielle

Déroulé de la formation

Prérequis

Des prérequis et connaissances sur R et R Studio sont demandés pour participer à la formation.

Phase 1 : “Introduction aux NGS”

Une première partie théorique du cours “Introduction aux NGS” se déroulera en e-learning en amont de la formation. Le contenu du cours vous est mis à disposition sous la forme d’un PDF annoté par les formateurs. Afin de vérifier votre compréhension du cours, un QCM vous est proposé à la fin.

Attention : il est impératif d’avoir validé la formation théorique en elearning avant la formation pratique en salle, pour vous permettre de suivre correctement les exercices pratiques.

Vous pouvez télécharger le support de cours annoté par les formateurs à l’adresse suivante :

Une fois que vous aurez pris connaissance du cours, nous vous remercions de répondre au questionnaire suivant. Cela vous permettra d’évaluer votre bonne acquisition des informations présentées dans cette première partie du cours. Les participants à la formation de novembre 2019 doivent suivre cette première partie de la formation et répondre au QCM avant le 11 octobre 2019.

Phase 2 : Formation pratique en salle équipée

Pendant les trois jours de formation en présentiel, vous réaliserez des analyses de données sur des données test proposées par les formateurs. Le troisième jour sera dédié aux analyses sous R et R Studio.
> Téléchargez le programme de la formation NGS & Cancer analyses épigénomiques

La formation est encadrée par 5 formateurs de manière à permettre à chaque participant d’échanger avec eux pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation. Les exercices seront réalisés sur des données test fournies par les formateurs, il ne sera pas possible de travailler sur vos données.

Formateurs

Les 20 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 5 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de l’Institut Curie et de l’Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.
En savoir plus sur le groupe de travail pilotant la formation

Autour de la formation

La formation à l’analyse de données NGS de type épigénomique s’inscrit dans un cycle de formation en trois volets. Nous proposons ainsi une formation pratique pour apprendre à effectuer des analyses de données DNA-seq ou de types RNA-seq.

En complément de ces formations, vous pouvez vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo de notre formation en ligne, disponibles gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Les vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

  1. Introduction à Galaxy : tutoriel transversal de présentation de l’outil
  2. Analyses épigénomiques
  3. Visualisation de données génomiques

Avis sur la formation

Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.

> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation du 16, 17 et 18 mai 2018