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Formation “NGS & Cancer : Analyses épigénomiques”

Le Cancéropôle Île-de-France organise depuis 2014 des formations pratiques en salle équipée informatique, pour permettre à des chercheurs débutants de se familiariser avec le traitement de données massives NGS. Cette session de formation “NGS & Cancer” est dédiée aux analyses de données épigénomiques.

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) de type épigénomiques (ChIP-Seq, Methyl-Seq, atac-seq…) La formation se déroule en salle équipée informatique, et les participants sont accompagnés tout au long de la formation par des bio-informaticiens spécialistes issus des plateformes franciliennes. Les outils utilisés pour l’analyse des données sont Galaxy, R, R Studio, IGV.

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer

Prochaine session : mercredi 20, jeudi 21, vendredi 22 novembre 2019.
Inscriptions closes


Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.
Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation

Des prérequis et connaissances sur R et R Studio sont demandés pour participer à la formation.

Programme de la formation

  • Contrôle qualité, alignement des données, visualisation sous IGV
  • Peak calling et Analyse fonctionnelle
  • Analyse de données de marques d’histones
  • Analyse ATAC-seq
  • Ouverture aux approches single-cell epigénomique
  • Annotation de peaks sous R
  • Analyse sans peak calling sous R : binning genomic, normalization, analyse différentielle

Déroulé de la formation

Prérequis

Des prérequis et connaissances sur R et R Studio sont demandés pour participer à la formation.

Phase 1 : “Introduction aux NGS”

Une première partie théorique du cours “Introduction aux NGS” se déroulera en e-learning en amont de la formation. Le contenu du cours vous est mis à disposition sous la forme d’un PDF annoté par les formateurs. Afin de vérifier votre compréhension du cours, un QCM vous est proposé à la fin.

Attention : il est impératif d’avoir validé la formation théorique en elearning avant la formation pratique en salle, pour vous permettre de suivre correctement les exercices pratiques.

Vous pouvez télécharger le support de cours annoté par les formateurs à l’adresse suivante :

Une fois que vous aurez pris connaissance du cours, nous vous remercions de répondre au questionnaire suivant. Cela vous permettra d’évaluer votre bonne acquisition des informations présentées dans cette première partie du cours. Les participants à la formation de novembre 2019 doivent suivre cette première partie de la formation et répondre au QCM avant le 11 octobre 2019.

Phase 2 : Formation pratique en salle équipée

Pendant les trois jours de formation en présentiel, vous réaliserez des analyses de données sur des données test proposées par les formateurs. Le troisième jour sera dédié aux analyses sous R et R Studio.
> Téléchargez le programme de la formation NGS & Cancer analyses épigénomiques

La formation est encadrée par 5 formateurs de manière à permettre à chaque participant d’échanger avec eux pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation. Les exercices seront réalisés sur des données test fournies par les formateurs, il ne sera pas possible de travailler sur vos données.

Formateurs

Les 20 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 5 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de l’Institut Curie et de l’Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot.
En savoir plus sur le groupe de travail pilotant la formation

Autour de la formation

La formation à l’analyse de données NGS de type épigénomique s’inscrit dans un cycle de formation en trois volets. Nous proposons ainsi une formation pratique pour apprendre à effectuer des analyses de données DNA-seq ou de types RNA-seq.

En complément de ces formations, vous pouvez vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des Genome Browser via les tutoriels vidéo de notre formation en ligne, disponibles gratuitement sur notre mini-site pédagogique.

Les vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

  1. Introduction à Galaxy : tutoriel transversal de présentation de l’outil
  2. Analyses épigénomiques
  3. Visualisation de données génomiques

Avis sur la formation

Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.

> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation du 16, 17 et 18 mai 2018

Inscription
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