Formation “NGS & Cancer : Analyses DNA-Seq”
Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”.
Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) sur des données ADN au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R.
Public concerné : Chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer
Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.
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Prochaine session : mercredi 15, jeudi 16 et vendredi 17 mai 2019. La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation.
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Programme
Cette session de formation sera consacrée à l’analyse de données de type ADN (exome, génome) obtenues par séquençage haut débit (données DNA-Seq) sous l’outil Galaxy. Les analyses de données ARN ou épigénomiques feront l’objet de prochaines sessions de formation.
- Contrôle qualité des données, alignement, pré-processing, visualisation sous IGV
- Détection de petits variants somatiques (varscan2, mutect2)
- Détection de variants structurels
- Détection de variants du nombre de copie
- Détection de variants de taille intermédiaire
- Annotation et ressources accessibles
- Exploration de données sous R : TCGA biolinks, signature de Stratton, oncoprint, classification / survie, fragl
> Télécharger le programme détaillé.
Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.
Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.
Préparation à la formation
Des prérequis et connaissances sur l’outil Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.
Prérequis logiciel R
Afin de pouvoir suivre la formation, il vous est demandé d’être familier avec le logiciel R. Si ce n’est pas le cas, nous vous invitons à suivre en amont une formation adéquate ou à suivre les premiers chapitres des moocs suivants (gratuits) :
- https://www.datacamp.com/courses/free-introduction-to-r
- https://www.datacamp.com/courses/working-with-the-rstudio-ide-part-1
Des justificatifs vous seront demandés lors de votre inscription à la formation.
Prérequis NGS
De manière à optimiser le temps de formation, nous vous demandons en amont de la formation de vous familiariser avec des notions de base des NGS et du traitement des données. Nous mettons pour cela à disposition, au moment des inscriptions, un support de cours dédié et vous demanderons de valider un QCM d’évaluation du niveau des connaissances. Si vous avez déjà suivi une formation à l’analyse de données NGS, ces notions de bases sont en principe acquises.
- Cours d’Introduction NGS et Galaxy : PDF avec explications et commentaires de nos formateurs en double-cliquant sur la bulle orange située en haut à gauche des pages. En cas de problème de visualisation, retrouvez le PDF avec commentaires intégrés (qualité plus faible).
- Le screencast introduction à Galaxy : https://www.canceropole-idf.fr/gt-bioinfo/formation-en-ligne/10-introduction-a-galaxy/
- QCM de validation des connaissances, auquel il vous faudra répondre pour que votre inscription soit validée : http://canceropole.form2019-ngs-dnaseq-prerequis.sgizmo.com/s3/
Formateurs
Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot :
- Jean-Charles Cadoret, Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot
- Marc Deloger, Institut Curie
- M’Boyba Diop, Gustave Roussy
- Pierre Gestraud, Institut Curie
- Elodie Girard, Institut Curie
- Bastien Job, Gustave Roussy
- Nicolas Servant, Institut Curie
Pour aller plus loin…
Pour vous familiariser avec le vocabulaire employé vous pouvez également vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des “Génome Browser” via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.
Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.
| Titre : Analyse de génome: détection de variants structuraux
Formateur : Bruno Zeitouni, Institut Curie Ressources : |
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| Titre : Analyse d’exome: détection de variations ponctuelles
Formateurs : Romain Daveau, Elodie Girard, Institut Curie Ressources :
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| Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer)
Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy Ressources : |
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| Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC
Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy Ressources :
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Avis sur la formation
Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.
> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation d’avril 2017
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