Formation “NGS & Cancer : Analyses DNA-Seq”
Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”.
Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) sur des données ADN au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R.
Public concerné : Chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer
Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.
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Prochaine session : vendredi 15, jeudi 16 et vendredi 17 mai 2019. La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. |
Programme
Cette session de formation sera consacrée à l’analyse de données de type ADN (exome, génome) obtenues par séquençage haut débit (données DNA-Seq) sous l’outil Galaxy. Les analyses de données ARN ou épigénomiques feront l’objet de prochaines sessions de formation.
Programme à venir
Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.
Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La formation utilise l’instance publique Galaxy de l’Institut Curie.
Formateurs
Les 21 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 7 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot :
- Yannick Boursin, Gustave Roussy
- Jean-Charles Cadoret, Institut Jacques Monod – Université Paris Diderot
- Marc Deloger, Institut Curie
- M’Boyba Diop, Gustave Roussy
- Elodie Girard, Institut Curie
- Nicolas Servant, Institut Curie
- Aurélie Teissandier, Institut Curie
Préparation à la formation
Des prérequis et connaissances sur l’outils Galaxy et le logiciel R sont demandés pour participer à la formation.
Pour vous préparer à la session pratique de formation et vous familiariser avec le vocabulaire employé, le Cancéropôle IDF vous propose de vous initier à la pratique de Galaxy et à l’utilisation des “Génome Browser” via les tutoriels vidéo suivants. Ces vidéos s’inscrivent dans le cadre de notre formation en ligne disponible gratuitement sur notre mini-site pédagogique.
Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.
| Titre : Analyse de génome: détection de variants structuraux
Formateur : Bruno Zeitouni, Institut Curie Ressources : |
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| Titre : Analyse d’exome: détection de variations ponctuelles
Formateurs : Romain Daveau, Elodie Girard, Institut Curie Ressources :
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| Titre : Visualisation de données génomique par IGV (Integrated Genome Viewer)
Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy Ressources : |
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| Titre : Visualisation de données génomiques par UCSC
Formateurs : Yannick Boursin, Gustave Roussy Ressources :
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Avis sur la formation
Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.
> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation d’avril 2017
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