Formation “NGS & Cancer : Analyses RNA-Seq”
Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”.
Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R
Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer. Attention, des prérequis en NGS, et sur les outils Galaxy et R sont demandés.
|
Prochaine session : 13, 14, 15 MAI 2019 La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF. |
Nous demandons préalablement aux participants:
- De se familiariser avec les bases des analyses NGS :
Un cours d’Introduction aux NGS sera mis à disposition en format PDF avec explications et commentaires de nos formateurs.
Un QCM de validation des connaissances devra obligatoirement avoir été validé en amont des trois jours de formation.
- D’avoir des prérequis avec logiciel R
Si vous n’avez pas effectué de formations R, nous vous proposerons quelques exercices à effectuer avant les trois jours de formation.
Programme
- Applications RNA-seq
- Alignement des données brutes
- Notions de statistiques
- Exploration des données
- Normalisation et tests statistiques
- Reconstruction de transcrits
- Présentation des méthodes d’identification des fusions
- Prise en main de R
- Manipulation de données RNA-seq
Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.
Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
Formateurs
Les 20 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 5 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Université Paris Diderot.
Préparation à la formation
En vous inscrivant à cette formation, vous vous engagez à :
- valider le QCM de contrôle des connaissances
- communiquer les justificatifs attestant une formation préalablement effectuée sur le logiciel R ou suivre les modules que nous vous proposons
Pour aller plus loin …
Retrouvez les tutoriels vidéos sur Galaxy et sur l’utilisation des Genome Browser gratuitement sur notre mini-site pédagogique. Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.
Analyses RNA-Seq
- Identification des transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq
- Analyse de l’expression différentielle à partir de données RNA-Seq
Visualisation de données génomiques
Avis sur la formation
Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.
> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation du 7, 8 et 9 novembre 2018
Partagez