Formation “NGS & Cancer : Analyses RNA-Seq”
Prochaine session : 13, 14, 15 MAI 2020 (mercredi à vendredi)
Inscriptions ouvertes jusqu’au 3 février 2020, midi.
M’INSCRIRE
Le Cancéropôle Île-de-France organise une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. Cette session concerne l’analyse de données RNA-seq.
Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser des analyses de données NGS (Next Generation Sequencing) de type RNA-seq, avec R et R Studio
Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer.
Attention : des prérequis en NGS, et sur R sont demandés.
Programme
La formation abordera les sujets suivants :
- Introduction aux NGS et à R
- Notions de statistiques
- Analyses différentielles
- Analyses de transcrits de fusion
- ARN non codants
- Single Cell en RNA-seq
Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.
- La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.
- Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation.
- Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.
- Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.
Nous demandons préalablement aux participants:
- De se familiariser avec les bases des analyses NGS :
Un cours d’Introduction aux NGS sera mis à disposition en format PDF avec explications et commentaires de nos formateurs.
Un QCM de validation des connaissances devra obligatoirement avoir été validé en amont des trois jours de formation.
- De connaître R et R Studio
Si vous n’avez pas effectué de formations R, nous vous proposerons quelques exercices à effectuer avant les trois jours de formation.
Formateurs
Les 20 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 5 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Université Paris Diderot.
Préparation à la formation
En vous inscrivant à cette formation, vous vous engagez à :
- valider le QCM de contrôle des connaissances
- communiquer les justificatifs attestant une formation préalablement effectuée sur le logiciel R ou suivre les modules que nous vous proposons
Pour aller plus loin …
Retrouvez les tutoriels vidéos sur Galaxy et sur l’utilisation des Genome Browser gratuitement sur notre mini-site pédagogique. Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.
Analyses RNA-Seq
- Identification des transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq
- Analyse de l’expression différentielle à partir de données RNA-Seq
Visualisation de données génomiques
Avis sur la formation
Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.
> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation du 7, 8 et 9 novembre 2018
Inscription
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