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Formation analyses statistiques appliquées à la protéomique

Dans le cadre de sa mission d’accompagnement des chercheurs et professionnels de la recherche sur le cancer, le Cancéropôle Île-de-France propose une formation en statistique dédiée aux analyses bio-statistiques adaptées à la gestion et l’interprétation des données issues
d’analyses protéomiques d’échantillons complexes.

Objectifs : traiter de façon optimale l’aspect bio-statistique des analyses protéomiques en se focalisant sur l’analyse des analyses sans marquage (« label-free ») qui sont maintenant les plus utilisées.

Public concerné : chercheurs, ingénieurs et professionnels de recherches travaillant sur une plateforme de protéomique d’Île-de-France et impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

Prochaine session : LUNDI 3 AU MERCREDI 5 FÉVRIER 2020

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation.

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

OUVERTURE DES INSCRIPTIONS LE 2 DÉCEMBRE 2019

La formation

La formation permettra de répondre aux questions suivantes :

Les projets traités dans une plateforme protéomique impliquent souvent un nombre de replicats limité (fréquemment pas plus de 3 ou 4 échantillons par groupe expérimental). Comment intégrer ce critère dans les calculs bio-statistiques ?

Le nombre de conditions traitées varie en fonction des projets et peut aller de 2 conditions (traité/contrôle) à plusieurs dizaines. Comment gérer les protocoles expérimentaux complexes avec de nombreuses variables expérimentales?

Suivant les études menées, une plateforme protéomique est confrontée à l’analyse d’échantillons très diversifiés [cellules, organes (type foie …), fluides biologiques (type liquide synovial, plasma…) etc]. Quels sont les critères liés aux types d’échantillons analysés pour choisir le type d’analyse statistique ? Comment peut-on comparer les données issues de matériel différent?

Le traitement des données (issues de Maxquant) se fait à l’aide de logiciels dédiés, comme par exemple PERSEUS , et tout au long du processus d’analyse, des questions d’ordre statistique se posent. La formations permettra également d’aborder les points suivants :

Comment gérer les valeurs manquantes ?
Quels tests doivent être réalisés sur des valeurs logarithmisées et quels tests ne doivent pas l’être ?
Dans quel cas peut-on considérer qu’une analyse est appariée ou non ?
Comment bien utiliser les analyses ANOVA (« one-way anova », « two-way anova », « three-way annova »)? Tests Mann-whitney et Wilcoxon?
Qu’est-ce qu’un test post-hoc et lequel choisir ?
Comment calculer la significativité d’une corrélation?
Quand doit-on effectuer une correction FDR et laquelle choisir (Bonferroni ou permutation ou Benjamini Hochberg) ?
Approfondir le principe et l’exploitation des analyses multivariées de type clustering hiérarchique, analyse en composantes principales et Volcano plot.
Quels sont les graphiques les plus parlants pour les analyses omiques ?
Comment prévoir le nombre d’échantillons à analyser en fonction de la variabilité biologique et du niveau de différence souhaité entre les conditions testées.
Sans entrer dans les détails, expliquer l’intérêt d’une régression PLS, d’un positionnement multidimensionnel et d’une analyse en composantes indépendantes.