Formation en ligne

Vous souhaitez vous familiariser avec l’outil d’analyse bio-informatique Galaxy et ne pouvez pas participer à nos ateliers pratiques ? Nous vous proposons de vous former de manière autonome en suivant des vidéos tutorielles présentant les principaux pipelines utilisés en recherche sur le cancer.  

Le programme proposé vous permettra de vous initier à l’utilisation de l’outil Galaxy pour effectuer des traitements bio-informatiques de type NGS. Les thématiques abordées balayent l’ensemble des traitements susceptibles d’être effectués dans des projets de recherche en cancérologie :

  • Analyses DNA-Seq
  • Analyses RNA-Seq
  • Analyses épigénomiques

Public concerné : Chercheurs dans le domaine du cancer débutant dans les NGS

Cet ensemble de 12 vidéos d’une durée moyenne de 20 minutes chacune montrent, d’un point de vue pratique, les différentes étapes d’un run pour quelques pipelines utilisés fréquemment sur Galaxy. Des données test sont mises à disposition pour chacune des vidéos de manière à ce que les exercices réalisés dans les vidéos puissent être reproduits. Les aspects théoriques des outils utilisés et les aspects scientifiques du contexte de ces traitements sont également abordés.

Cet ensemble de vidéos a été réalisé par des bio-informaticiens issus de grands centres de recherche sur le cancer franciliens œuvrant au sein du groupe de travail “NGS & Cancer”.

 

Vous êtes inscrit à l’une de nos formations pratiques en salle ?
Regardez les vidéos qui vous sont conseillées avant votre formation
et familiarisez-vous avec l’outil et le vocabulaire employé.

 

Programme de la formation en ligne

  1. Introduction à Galaxy : tutoriel transversal de présentation de l’outil
  2. Analyses DNA-Seq
  3. Analyses RNA-Seq
  4. Analyses épigénomiques
  5. Utilisation des bases de données
  6. Visualisation de données génomiques

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