Identification de transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq
Ce cours vous permet d’analyser des analyses RNA-Seq dans le but d’identifier des transcrits de fusion.
Le cours se découpe en deux temps :
- Introduction théorique à la méthode d’analyse de données bio-informatique RNA-Seq
- Contrôle de la qualité des données RNA-Seq
- Recherche d’analyse de transcrits de fusion grâce à l’outil TopHat2
- Mise en application de l’analyse sous une instance Galaxy
Cet exercice sera réalisé grâce à l’outil Galaxy, un jeu de données test vous est fourni.
Réalisez l’identification de transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq avec Galaxy.
Formateur : M’Boyba Diop et Marc Deloger, Gustave Roussy.
Durée : 32:05
À télécharger pour l’exercice :
- Données test : .zip, 86,6 Mo
Voir aussi… | ||
Introduction à Galaxy | Utilisation des bases de données – TCGA / ICGC – cBioPortal |
Visualisation de données génomiques – avec IGV – avec UCSC |