Visualisation de données génomiques avec UCSC

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Formation en ligne

En complément du MOOC complet "NGS & Cancer" dédié à l'apprentissage des analyses RNAseq avec R et R Studio, nous vous proposons de vous familiariser avec l’outil d’analyse bio-informatique Galaxy. Nous vous proposons de vous former de manière autonome en suivant des vidéos tutorielles présentant les principaux pipelines utilisés en recherche sur le cancer pour l'analyse de données DNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq, ainsi qu'une présentation des genome browser et des bases de données publiques.
 

1. Introduction à Galaxy
2. Analyse de génome : détection de variants structuraux
3. Analyse de données Exome-Seq : détection de variations ponctuelles
4. Analyse de données Exome-Seq : détection des altération du nombre de copies
5. Identification de transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq
6. Analyse de l’expression différentielle à partir de données RNA-Seq
7. Analyse de données ChIP-Seq avec Galaxy
8. cBioPortal : explorer, visualiser et analyser des données génomiques du cancer
9. Visualisation de données génomiques avec IGV
10. Visualisation de données génomiques avec UCSC
11. TCGA / ICGC : analyser des données génomiques du cancer

Consultez aussi

• Formation MOOC RNAseq
• Journée plénière
• Ressources
• Groupe de travail