Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau débutant

 

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau débutant.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche clinique ou médicale en cancérologie.

Prochaine session : LUNDI 3 & MARDI 4 JUIN 2019

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. 

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

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La formation

Cette formation concerne l’analyse de données cliniques et médicales uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

Formation de niveau débutant, s’adressant aux personnes découvrant le logiciel R Studio.

Pré-requis : probabilités élémentaires (discrètes et continues), statistiques de base (moyenne, médiane, variance, quantiles, principe du test sous l’hypothèse nulle, distribution d’échantillonnage), modalités de recueil des données cliniques et épidémiologiques

Objectifs

Maîtriser:

  • la gestion d’une base de données biomédicales (recodage et manipulation des variables)
  • les procédures d’aggrégation de données
  • les principales commandes graphiques
  • les procédures pour la comparaison de deux moyennes ou de proportions (tests paramétriques et non-paramétriques)

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

Programme

  • Gestion des données avec R : représentation et gestion de variables statistiques, manipulation d’un tableau de données, sélection d’observation et de variable, transformation de variables numériques et annotation de variables catégorielles
  • Représentations graphiques simples : histogramme d’effectif ou de proportion, courbe de densité, diagramme en barres, boîte à moustaches, diagramme de dispersion
  • Personnalisation des représentations graphiques : couleur, échelles, légendes
  • Statistiques descriptives : résumé numérique de la distribution d’une variable numérique à l’aide d’indicateurs de tendance centrale et de dispersion, indices de symétrie et d’aplatissement d’une distribution, tableau d’effectifs et de fréquences pour une variable catégorielle
  • Mesures d’association pour deux échantillons indépendants (odds-ratio, différence standardisée de moyennes, coefficient de corrélation)
  • Intervalles de confiance, taille d’effet, puissance statistique et calcul du nombre de sujets nécessaires (cas des moyennes et des proportions)
  • Tests paramétriques pour le croisement de deux variables (comparaison de moyennes ou de proportions pour deux échantillons indépendants ou non, analyse d’un tableau de contingence)
  • Tests non-paramétriques et tests exacts pour le croisement de deux variables

 

> Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation des 6 et 7 décembre 2018 !

Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau intermédiaire

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau intermédiaire.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche clinique ou médicale en cancérologie.

 

Prochaine session : LUNDI 17 & MARDI 18 JUIN 2019

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. 

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

M’INSCRIRE

La formation

Cette formation concerne l’analyse de données cliniques et médicales uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

Formation de niveau intermédiaire, s’adressant aux personnes qui utilisent déjà le logiciel R Studio.

Pré-requis : connaissances en Rstudio, probabilités élémentaires, statistiques de base, modalités de recueil des données cliniques et épidémiologiques, analyse de variance à un et deux facteurs et régression linéaire simple

Objectifs

Compléter l’apprentissage du logiciel R et des principales commandes graphiques

Maîtriser:

  • les modèles statistiques d’analyse de la variance et de régression linéaire simple et multiple.
  • les procédures en R pour validation et de comparaison de modèles

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

Programme

  • Rappels de gestion des données avec R : manipulation d’un tableau de données, sélection d’observation et de variable, transformation de variables numériques et annotation de variables catégorielles
  • ANOVA à un facteur, notion d’interaction et ANOVA à plusieurs facteurs
  • Représentations graphiques pour l’ANOVA à un facteur : validation graphique des pré-requis, graphiques en treillis (graphiques conditionnels avec 1 ou 2 variables illustratives), gestion et personnalisation des paramètres graphiques
  • Tests a posteriori et procédures de comparaisons multiples (contrôle du FWER et du FDR)
  • Interprétation des sorties de R, tailles d’effet, puissance statistique et calcul du nombre de sujets nécessaires
  • Analyse de variance et plans d’expérience : plans factoriels et méthode des blocs, plans fractionnaires
  • Régression linéaire simple et multiple, ré-interprétation des modèles d’ANOVA
  • Représentations graphiques pour la régression : diagramme de dispersion et courbe loess, graphiques en treillis, courbe de densité 2D, gestion et personnalisation des paramètres graphiques
  • Interprétation des sorties de R pour la régression simple et multiple
  • Diagnostic du modèle et analyse des résidus, transformation de variables

Formation “Analyse de données cliniques avec R” – niveau avancé

Dans le cadre de ses missions, le Cancéropôle Île-de-France organise une formation en statistique dédiée à l’analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio. 

Objectifs : analyse de données cliniques avec le logiciel R Studio, niveau avancé.

Public concerné : chercheurs en recherche fondamentale, translationnelle ou clinique académiques FRANCILIENS impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche clinique ou médicale en cancérologie.

 

Prochaine session à venir

Inscriptions en ligne gratuites mais obligatoire (à venir). Nombre de places limité !

La participation à la formation complète (2 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

La formation

Cette formation concerne l’analyse de données cliniques et médicales uniquement, l’analyse de données NGS avec R Studio sera abordée lors des formations NGS & Cancer “Analyses DNA-Seq”, “Analyses RNA-Seq” et “Analyses épigénomique”.

Formation de niveau avancé.

Pré-requis : Avoir suivi la formation de perfectionnement au logiciel R ou niveau équivalent validé par test, connaissances en Rstudio, probabilités élémentaires, statistiques de base, modalités de recueil des données cliniques et épidémiologiques, analyse de variance à un et deux facteurs et régression linéaire simple

 

Objectifs

Maîtriser:

  • les procédures en R relatives au modèle linéaire et à ses extensions
  • l’analyse de données de survie et corrélées
  • les procédures de comparaison et validation de modèles

Les illustrations seront réalisées avec le logiciel R Studio. Les participants pourront travailler sur leurs données.

 

Programme

  • Rappels sur l’analyse de variance et la régression linéaire

 

  • Applications du modèle linéaire gaussien : régression polynômiale, analyse de covariance

 

  • Modèle linéaire généralisé : régression logistique et régression de Poisson

 

  • Interprétation des coefficients de régression pour le modèle linéaire gaussien et généralisé

 

  • Procédures de diagnostic des modèles linéaires gaussiens et généralisés

 

  • Approches robustes pour la régression : M-estimateurs, pénalisation Lasso, régression ridge

 

  • Calibration et validation d’un modèle pronostique (régression linéaire simple et multiple, régression logistique), sélection de modèles (validation croisée, évaluation de la performance d’un modèle pour la prédiction ou la classification, sélection de variables)

 

  • Analyse des données corrélées (ANOVA à mesures répétées, modèle linéaire à effets mixtes, équations généralisées)

 

  • Analyse des données de survie : courbe de Kaplan-Meier, test du log-rank et modèle de Cox