Le SPI/LEMM est équipé de 13 spectromètres de masse permettant d'aborder des thématiques variées :

5 instruments de chromatographie liquide couplée à des spectromètres de masse à analyseurs triple quadripôlaires, pour des applications de quantification absolue de biomolécules, de médicaments ou plus généralement de xénobiotiques dans les milieux biologiques (périmètre SMArt-MS​, Responsable : Alain Pruvost).
7 instruments de chromatographie liquide couplée à des spectromètres de masse à haute résolution (analyseurs de type temps de vol ou Orbitrap) permettant de réaliser des approches globales de type métabolomique, lipidomique et glycomique, mais également des expériences de quantification de biomolécules.
1 spectromètre de masse de type MALDI-TOF/TOF (partagé avec le LERI), pour réaliser des expériences de caractérisation de protéines, glycanes et lipides complexes