Sous la supervision d’Olivier Delattre et d’Alain Nicolas, la plateforme NGS (Next Generation Sequencing) propose un service d’excellence dans le séquençage haut-débit. Ceci inclut l’organisation de réunions de projet où la stratégie de séquençage la plus appropriée pour répondre à la question biologique posée sera déterminée. Un grand nombre de protocoles de séquençage a déjà été développé et est utilisé en routine au sein de la plateforme pour permettre la mise en œuvre des applications les plus communes en génétique et épigénétique (séquencage de génomes entiers, d’exomes ou de panels de gènes, séquençage d’ARN, ChIP-seq …). De plus, la plateforme est ouverte au développement et à l’implémentation de nouveaux protocoles afin de répondre aux besoins plus spécifiques de certaines équipes de recherche.
Une fois les aspects techniques définis, les échantillons sont apportés à la plateforme et la préparation des banques compatibles avec les différents séquenceurs est réalisée par l’équipe NGS. Après passage sur les séquenceurs, les données brutes sont transférées à la plateforme Bioinformatique de l’U1331 pour permettre le contrôle qualité et une analyse primaire sur les données issues du séquençage. Enfin, ces dernières sont envoyées aux équipes de recherche avec des rapports complets de qualité et d’analyse.
La plateforme n’est pas uniquement dévouée à la recherche fondamentale et est impliquée dans de nombreux projets de recherche translationnelle en collaboration avec l’U1330, le département de transfert et l’Hôpital Curie.
La plateforme NGS ICGex est certifiée ISO9001 et NFX50-900 depuis novembre 2022. Cette certification reconnaît la qualité et la rigueur du travail effectué au sein de la plateforme, mais souligne également l’efficacité de son modèle organisationnel et sa volonté d’améliorer continuellement ses services. Le système mis en place prévoit également une large place pour le développement et la mise en œuvre de nouvelles technologies NGS. Le périmètre de cette certification inclut également les équipes de Philippe Hupé (data management) et Nicolas Servant (Pipeline development) de la plateforme bioinformatique et est coordonnée globalement par Patricia Legoix à la plateforme NGS en tant que responsable du management de la qualité.
