Dans la suite logique des formations en bioinformatique organisées depuis 2014, nous proposons depuis début 2021 un MOOC “NGS & CANCER” aux chercheurs académiques franciliens, impliquées dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie. Cette formation est désormais proposée en libre accès durant l’année 2025
Cette formation en ligne a pour objectif de vous initier à l’analyse de données RNA-seq de type bulk avec R Studio, en prenant l’exemple de l’analyse de l’expression différentielle de gènes.
Objectifs
- Apprendre les bases théorique des analyses NGS et du traitement des données de séquençage
- Vous mettre à niveau sur l’utilisation de l’outil d’analyse de données R Studio et sur les méthodes statistiques
- Acquérir le vocabulaire et les notions nécessaires pour dialoguer de manière plus efficace avec les bioinformaticiens en charge des analyses
- Vous initier de manière pratique à l’analyse de données RNA-seq avec R Studio, notamment l’étude de l’expression différentielle de gènes.
Public concerné : Chercheurs biologistes travaillant dans le domaine du cancer et débutants en bio-informatique
Prérequis : Aucun prérequis n’est nécessaire : une prise en main du logiciel R Studio et une mise à niveau sur les bases NGS et statistiques sont inclus dans le programme de la formation.
Organisation
Cette formation est organisée à la façon d’un MOOC : elle se découpe en un ensemble de vidéos présentant les apports théoriques du cours. Les formateurs vous proposeront également des mises en pratiques sous R et R Studio, que vous pourrez reproduire chez vous sur un jeu de données test, ou sur vos propres données.
Cette formation sera ouverte en libre accès et en continu de janvier à décembre 2025 sur la plateforme Fun-Mooc, vous permettant de suivre les cours à votre rythme et en toute autonomie. Une inscription sera ainsi possible pendant toute l’année 2025 et vous permettra d’accéder immédiatement au contenu des cours.
Programme
- Des données de séquençage aux tables de comptage
- Introduction à R : bases R et R Studio
- Introduction aux statistiques appliquées aux analyses RNAseq
- Analyse de l’expression différentielle des gènes
Cette formation vous demandera un travail d’une durée de 4 à 5 heures par chapitre. Des quizz ponctueront le cours afin de vous permettre de vérifier vos acquis. Une FAQ vous donnera les réponses aux questions posées aux formateurs lors des 4 premières éditions.
Télécharger le programme complet.
Attestation de formation
Si vous travaillez dans un laboratoire académique français, vous pouvez nous contacter une fois que vous aurez complété la formation pour nous demander une attestation de formation. Pour cela, envoyez-nous un mail à l’adresse communication@canceropole-idf.fr en nous indiquant :
- Votre nom et prénom
- Votre institution employeur, votre laboratoire de rattachement, votre équipe d’appartenance
- Votre statut (CR, DR, PU, MCU, PH, PU-PH, doctorant, post-doctorant, Ingénieur de recherche, ingénieur d’étude, …)
- Votre identifiant sur la plateforme fun-mooc
- La note que vous avez obtenue
