Dans la suite logique des formations en bioinformatique organisées depuis 2014, nous proposons depuis début 2021 un MOOC “NGS & CANCER” aux chercheurs académiques franciliens, impliquées dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.
Cette formation en ligne que vous pourrez suivre à votre rythme pendant 6 semaines a pour objectif de vous initier à l’analyse de données RNA-seq de type bulk avec R Studio, en prenant l’exemple de l’analyse de l’expression différentielle de gènes. Un cours d’approfondissement de 1 ou 2 jours, facultatif, permettra à un nombre limité de personnes de revenir sur certains points de la formation, appliqués à leurs données.
Objectifs
- Apprendre les bases théorique des analyses NGS et du traitement des données de séquençage
- Vous mettre à niveau sur l’utilisation de l’outil d’analyse de données R Studio et sur les méthodes statistiques
- Acquérir le vocabulaire et les notions nécessaires pour dialoguer de manière plus efficace avec les bioinformaticiens en charge des analyses
- Vous initier de manière pratique à l’analyse de données RNA-seq avec R Studio, notamment l’étude de l’expression différentielle de gènes.
Remarque : un cours dédié à l’analyse de données RNAseq de type single cell est en cours de création, cette formation ne concernera que l’analyse de données RNAseq de type bulk.
Public concerné : Chercheurs biologistes travaillant dans le domaine du cancer, en poste dans un laboratoire académique francilien et débutants en bio-informatique
Prérequis : Aucun prérequis n’est nécessaire : une prise en main du logiciel R Studio et une mise à niveau sur les bases NGS et statistiques sont inclus dans le programme de la formation.
Organisation
Le cours sera organisé à la façon d’un MOOC : il se découpera en un ensemble de vidéos présentant les apports théoriques du cours. Les formateurs vous proposeront également des mises en pratiques sous R et R Studio, que vous pourrez reproduire chez vous sur un jeu de données test, ou sur vos propres données. Des quizz ponctueront le cours afin de vous permettre de vérifier vos acquis.
Cette formation se déroulera du mercredi 17 janvier au mardi 12 mars 2024 et vous demandera 2 à 3 heures de travail personnel hebdomadaire. Vous travaillerez en autonomie et à votre rythme, les formateurs pourront répondre à vos questions une fois par semaine par le biais d’un forum.
La session d’approfondissement avec formateurs aura lieu fin avril 2024, pour un nombre limité de personnes.
Programme
1. MOOC NGS & Cancer :
Sur 8 semaines, tous les contenus seront disponibles dès le lancement de la formation. Les formateurs vous donneront rendez-vous environ une fois par semaine pendant la formation sur le forum pour répondre à vos questions.
- Des données de séquençage aux tables de comptage
- Introduction à R : bases R et R Studio
- Introduction aux statistiques appliquées aux analyses RNAseq
- Analyse de l’expression différentielle des gènes
> Télécharger le programme complet
2. Cours d’approfondissement :
Une journée en présentiel, facultatif, nombre limité de participants. Pour y participer, il sera impératif d’avoir suivi la formation en ligne. 4 formateurs reviendront en petit groupe sur certains points de la formation, appliqués à vos données et répondront aux questions concernant votre projet de recherche.
Coordination pédagogique
La coordination pédagogique de cette formation est assurée par Jean-Charles Cadoret (Université de Paris), Marc Deloger (Gustave Roussy), Nicolas Servant (Institut Curie) et Pierre Gestraud (Institut Curie).
Inscriptions
Les inscriptions sont ouvertes jusqu’au 28 novembre 2023, via le formulaire en ligne dédié.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.
/!\ Les participants au cours d’approfondissement devront faire signer à leur employeur une convention de formation. Ils devront avoir suivi le MOOC dans son intégralité.
