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MOOC NGS & CANCER

Dans la suite logique des formations en bioinformatique organisées depuis 2014, nous proposons depuis début 2021 un MOOC “NGS & CANCER” aux chercheurs académiques franciliens, impliquées dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

Cette formation en ligne que vous pourrez suivre à votre rythme pendant 6 semaines a pour objectif de vous initier à l’analyse de données RNA-seq avec R Studio, en prenant l’exemple de l’analyse de l’expression différentielle de gènes. Un cours d’approfondissement de 1 ou 2 jours, facultatif, permettra à un nombre limité de personnes de revenir sur certains points de la formation, appliqués à vos données.

Objectifs : 

  • Apprendre les bases théorique des analyses NGS et du traitement des données de séquençage 
  • Vous mettre à niveau sur l’utilisation de l’outil d’analyse de données R Studio et sur les méthodes statistiques 
  • Acquérir le vocabulaire et les notions nécessaires pour dialoguer de manière plus efficace avec les bioinformaticiens en charge des analyses
  • Vous initier de manière pratique à l’analyse de données RNA-seq avec R Studio, notamment l’étude de l’expression différentielle de gènes.

Public concerné : Chercheurs biologistes travaillant dans le domaine du cancer, en poste dans un laboratoire académique francilien et débutants en bio-informatique

Prérequis : Aucun prérequis n’est nécessaire : une prise en main du logiciel R Studio et une mise à niveau sur les bases NGS et statistiques sont inclus dans le programme de la formation.

PROCHAINE SESSION :
– Cours en ligne du mercredi 19 janvier au mardi 2 mars 2022 ; formation MOOC sur 6 semaines, demandant 4 ou 5 heures de travail hebdomadaire.
– Cours d’approfondissement les 14 et 15 avril 2022 ; sessions de format “classique” avec des formateurs en synchrone
– Inscriptions en octobre / novembre 2021

Organisation

Le cours sera organisé à la façon d’un MOOC : il se découpera en un ensemble de vidéos présentant les apports théoriques du cours. Les formateurs vous proposeront également des mises en pratiques sous R et R Studio, que vous pourrez reproduire chez vous sur un jeu de données test, ou sur vos propres données. Des quizz ponctueront le cours afin de vous permettre de vérifier vos acquis.

Cette formation se déroulera du mercredi 19 janvier au mardi 2 mars 2022 à raison d’un chapitre par semaine et vous demandera 4 à 5 heures de travail personnel hebdomadaire. Vous travaillerez en autonomie et à votre rythme, les formateurs pourront répondre à vos questions une fois par semaine par le biais d’un forum.

Programme 2021

Ce programme est en cours de refonte pour prendre en compte les retours des participants à l’édition 2021. Les sujets abordés resteront toutefois les mêmes dans l’édition 2022.

MOOC NGS & Cancer

  • Semaine 1 : Introduction aux NGS : principe et applications en cancérologie
    Formateurs : Sylvain Baulande et Sonia Lameiras (Institut Curie)
    Théorie
    • Introduction au séquençage d’ADN
    • Principe du NGS
    • Technologie Illumina
    • Applications du NGS en cancérologie
    • Application RNA-seq et intérêt en oncologie
    • Technologie Long Read
    • Approche RNA-seq Long-Read
    • Single Cell 10X Genomics
  • Semaine 2 : Traitement initial des données : du FASTQ à la table de comptage
    Formateurs : Christophe Malabat et Emmanuel Permal (Institut Pasteur)
    Théorie
    • Formats de fichiers : données brutes, alignées, annotations
    • Contrôle qualité des données
    • Préparer les données pour l’analyse
    • Alignement
    • Visualisation
    • Comptage
  • Semaine 3 : Introduction à R : bases R et R Studio
    Formateur : Yves Clément (Université de Paris)
    Théorie et pratique
    • R et R Studio : prise en main
    • Chargement et enregistrement des données
    • Types de données : vecteurs, facteurs, matrices, tableaux
    • Fonctions
    • Les statistiques avec R
    • Graphiques de base
    • Que faire avec un jeu de données ?
  • Semaine 4 : Introduction aux statistiques appliquées aux analyses RNAseq
    Formateur : Olivier Kirsh (Université de Paris)
    Théorie
    • Des statistiques, mais pour quoi faire ?
    • Champ d’étude statistique
    • Analyses descriptives et exploratoires
    • Estimation et fluctuation d’échantillonnage
    • Les tests d’hypothèses
    • Conduite d’un test de student
    • Tests multiples et ANOVA
    • Analyse d’expression différentielle RNA-seq
  • Semaine 5 : Analyse de l’expression différentielle des gènes
    Formatrice : Gaëlle Lelandais (Université Paris Saclay)
    Théorie et pratique
    • Un problème difficile pour les outils statistiques
    • Tests d’hypothèses
    • Réaliser une analyse différentielle : quels outils ?
    • Réaliser une analyse différentielle avec R et R Studio
    • Penser son plan d’expérience
    • Problématiques des analyses de données à large échelle

Cours d’approfondissement

Un cours d’approfondissement de 2 jours, facultatif, est proposé à un nombre limité de participants. Pour y participer, il sera impératif d’avoir suivi la formation en ligne.

Vous disposez déjà des données RNAseq à analyser ? Pendant ces deux demies journées, 4 formateurs reviendront en petit groupe sur certains points de la formation, appliqués à vos données et répondront aux questions concernant votre projet de recherche. Cette session d’approfondissement aura lieu les 14 et 15 avril 2022

Coordination pédagogique

La coordination pédagogique de cette formation est assurée par Jean-Charles Cadoret (Université de Paris), Marc Deloger (Gustave Roussy) et Nicolas Servant (Institut Curie).

Inscriptions

Les inscriptions à la session 2022 seront ouvertes entre mi octobre et fin novembre 2022.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF. 

/!\ Les participants au cours d’approfondissement devront faire signer à leur employeur une convention de formation.

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