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MOOC NGS & CANCER

Dans la suite logique des formations en bioinformatique organisées depuis 2014, nous proposons depuis début 2021 un MOOC “NGS & CANCER” aux chercheurs académiques franciliens, impliquées dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

Cette formation en ligne que vous pourrez suivre à votre rythme pendant 6 semaines a pour objectif de vous initier à l’analyse de données RNA-seq de type bulk avec R Studio, en prenant l’exemple de l’analyse de l’expression différentielle de gènes. Un cours d’approfondissement de 1 ou 2 jours, facultatif, permettra à un nombre limité de personnes de revenir sur certains points de la formation, appliqués à leurs données.

Objectifs : 

  • Apprendre les bases théorique des analyses NGS et du traitement des données de séquençage 
  • Vous mettre à niveau sur l’utilisation de l’outil d’analyse de données R Studio et sur les méthodes statistiques 
  • Acquérir le vocabulaire et les notions nécessaires pour dialoguer de manière plus efficace avec les bioinformaticiens en charge des analyses
  • Vous initier de manière pratique à l’analyse de données RNA-seq avec R Studio, notamment l’étude de l’expression différentielle de gènes.

Remarque : un cours dédié à l’analyse de données RNAseq de type single cell est en cours de création, cette formation ne concernera que l’analyse de données RNAseq de type bulk.

Public concerné : Chercheurs biologistes travaillant dans le domaine du cancer, en poste dans un laboratoire académique francilien et débutants en bio-informatique

Prérequis : Aucun prérequis n’est nécessaire : une prise en main du logiciel R Studio et une mise à niveau sur les bases NGS et statistiques sont inclus dans le programme de la formation.

PROCHAINE SESSION :
– Cours en ligne du mercredi 18 janvier au mardi 28 février 2023 ; formation MOOC sur 6 semaines, demandant 4 ou 5 heures de travail hebdomadaire, à réaliser à son rythme (formation asynchrone).
– Cours d’approfondissement les 13 et 14 avril 2023 ; sessions de format “classique” avec des formateurs (formation synchrone), limitée à 20/30 participants.

INSCRIPTIONS CLOSES depuis le 28/11/2022.
Pour toutes questions contactez nous à communication@canceropole-idf.fr

Organisation

Le cours sera organisé à la façon d’un MOOC : il se découpera en un ensemble de vidéos présentant les apports théoriques du cours. Les formateurs vous proposeront également des mises en pratiques sous R et R Studio, que vous pourrez reproduire chez vous sur un jeu de données test, ou sur vos propres données. Des quizz ponctueront le cours afin de vous permettre de vérifier vos acquis.

Cette formation se déroulera du mercredi 18 janvier au mardi 28 février 2023 à raison d’un chapitre par semaine et vous demandera 4 à 5 heures de travail personnel hebdomadaire. Vous travaillerez en autonomie et à votre rythme, les formateurs pourront répondre à vos questions une fois par semaine par le biais d’un forum.

La session d’approfondissement avec formateurs aura lieu les 13 et/ou 14 avril 2023, pour un nombre limité de personnes.

Programme

MOOC NGS & Cancer

  • Semaine 1 et 2 : Introduction aux NGS et traitement initial des données
    Principe et applications en cancérologie des analyses de type NGS
    Du FASTQ à la table de comptage
    Formateurs : Sylvain Baulande, Sonia Lameiras (Institut Curie), Christophe Malabat et Emmanuelle Permal (Institut Pasteur)
    Théorie uniquement
    • Introduction au séquençage d’ADN
    • Principe du NGS
    • Technologie Illumina
    • Applications du NGS en cancérologie
    • Application RNA-seq et intérêt en oncologie
    • Formats de fichiers : données brutes
    • Contrôle qualité des données
    • Préparer les données pour l’analyse
    • Alignement
    • Formats de fichiers : données alignées
    • Fichiers d’annotations et visualisation
    • Visualisation avec IGV
    • Comptage
    • Technologie Long Read
    • Approche RNA-seq Long-Read
    • Single Cell 10X Genomics

  • Semaine 3 et 4 : Introduction à R : bases R et R Studio
    Formateur : Yves Clément (Université de Paris)
    Théorie et pratique
    • Prise en main de R et R Studio
    • Utilisation des données
    • Types de données : vecteurs, facteurs
    • Types de données : dataframes
    • Les statistiques avec R
    • Les figures classiques avec R
    • Le tidyverse

  • Semaine 4 et 5 : Introduction aux statistiques appliquées aux analyses RNAseq
    Formateur : Olivier Kirsh (Université de Paris)
    Théorie et pratique
    • Des statistiques, mais pour quoi faire ?
    • Champ d’étude statistique
    • Analyses descriptives et exploratoires
    • Estimation et fluctuation d’échantillonnage
    • Les tests d’hypothèses
    • Conduite d’un test de student
    • Tests multiples et ANOVA
    • Analyse d’expression différentielle RNA-seq

  • Semaine 5 et 6 : Analyse de l’expression différentielle des gènes
    Formatrice : Gaëlle Lelandais (Université Paris Saclay)
    Théorie et pratique
    • Un problème difficile pour les outils statistiques
    • Tests d’hypothèses
    • Réaliser une analyse différentielle : quels outils ?
    • Réaliser une analyse différentielle avec R et R Studio
    • Penser son plan d’expérience
    • Problématiques des analyses de données à large échelle

Cours d’approfondissement

Un cours d’approfondissement de 2 jours, facultatif, est proposé à un nombre limité de participants. Pour y participer, il sera impératif d’avoir suivi la formation en ligne.

Vous disposez déjà de données RNAseq à analyser ? Pendant deux demies journées, 4 formateurs reviendront en petit groupe sur certains points de la formation, appliqués à vos données et répondront aux questions concernant votre projet de recherche. Cette session d’approfondissement aura lieu en avril 2023 et un programme sur mesure vous sera proposé pour répondre à vos besoins.

Coordination pédagogique

La coordination pédagogique de cette formation est assurée par Jean-Charles Cadoret (Université de Paris), Marc Deloger (Gustave Roussy), Nicolas Servant (Institut Curie) et Pierre Gestraud (Institut Curie).

Les cours sont diffusés sur la plateforme Fun-Corporate de France Université Numérique dans le cadre d’un partenariat signé avec le GIP FUN.

Inscriptions

Les inscriptions ont eu lieu jusqu’au 28 novembre 2022, via le formulaire en ligne dédié.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF. 

/!\ Les participants au cours d’approfondissement devront faire signer à leur employeur une convention de formation. Ils devront avoir suivi le MOOC dans son intégralité.

Formulaire en ligne

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Mots clés

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