Accueil > Formations > Formation en ligne NGS & CANCER

Formation en ligne NGS & CANCER

Dans la suite logique de nos formations NGS & Cancer organisées depuis 2014, nous proposons une formation en ligne organisée à la façon d’un MOOC. Vous pourrez y apprendre les bases des analyses NGS et réaliser vous-même un traitement complet de données RNA-seq. Des exercices pratiques vous permettront d’apprendre à analyser ces données, notamment l’expression différentielle de gènes.

Public ciblé : chercheurs biologistes franciliens en cancérologie, débutants en bio-informatique

Prérequis : Aucun prérequis n’est nécessaire : une prise en main du logiciel R Studio et une mise à niveau sur les bases NGS et statistiques sont inclus dans le programme de la formation.

PROCHAINE SESSION :
– Cours en ligne du mercredi 6 janvier au mardi 4 février 2021
– Cours d’approfondissement les 4 et 5 mars 2021
INSCRIPTIONS JUSQU’AU 15 DÉCEMBRE 2020, midi

Organisation

Le cours se découpera en un ensemble de vidéos présentant les apports théoriques du cours. Les formateurs vous proposeront également des exercices que vous pourrez reproduire chez vous sur un jeu de données test, ou sur vos propres données. Des quizz ponctueront le cours afin de vous permettre de vérifier vos acquis.

Cette formation se déroulera du mercredi 6 janvier au mardi 4 février 2021, à raison d’un chapitre par semaine et vous demandera 2 à 3 heures de travail hebdomadaire. 

Programme

MOOC NGS & Cancer

  • Semaine 1 : Introduction aux NGS : principe et applications en cancérologie
    Formateurs : Sylvain Baulande et Sonia Lameiras (Institut Curie)
    • Introduction au séquençage d’ADN
    • Principe du NGS
    • Technologie Illumina
    • Applications du NGS en cancérologie
    • Application RNA-seq et intérêt en oncologie
    • Technologie Long Read
    • Approche RNA-seq Long-Read
    • Single Cell 10X Genomics
  • Semaine 2 : Traitement initial des données : du FASTQ à la table de comptage
    Formateurs : Christophe Malabat et Emmanuel Permal (Institut Pasteur)
    • Formats de fichiers : données brutes, alignées, annotations
    • Contrôle qualité des données
    • Préparer les données pour l’analyse
    • Alignement
    • Visualisation
    • Comptage
  • Semaine 3 : Introduction à R : bases R et R Studio
    Formateur : Yves Clément (Université de Paris)
    • R et R Studio : prise en main
    • Chargement et enregistrement des données
    • Types de données : vecteurs, facteurs, matrices, tableaux
    • Fonctions
    • Les statistiques avec R
    • Graphiques de base
    • Que faire avec un jeu de données ?
  • Semaine 4 : Introduction aux statistiques appliquées aux analyses RNAseq
    Formateur : Olivier Kirsh (Université de Paris)
    • Des statistiques, mais pour quoi faire ?
    • Champ d’étude statistique
    • Analyses descriptives et exploratoires
    • Estimation et fluctuation d’échantillonnage
    • Les tests d’hypothèses
    • Conduite d’un test de student
    • Tests multiples et ANOVA
    • Analyse d’expression différentielle RNA-seq
  • Semaine 5 : Analyse de l’expression différentielle des gènes
    Formatrice : Gaëlle Lelandais (Université Paris Saclay)
    • Un problème difficile pour les outils statistiques
    • Tests d’hypothèses
    • Réaliser une analyse différentielle : quels outils ?
    • Réaliser une analyse différentielle avec R et R Studio
    • Penser son plan d’expérience
    • Problématiques des analyses de données à large échelle

Cours d’approfondissement

Un cours d’approfondissement de 2 demies journées, facultatif, sera proposé à un nombre limité de participants. Pour y participer, il est impératif d’avoir suivi la formation en ligne.

Vous disposez déjà des données RNAseq à analyser ? Pendant ces deux demies journées, 4 formateurs reviendront en petit groupe sur certains points de la formation, appliqués à vos données et répondront à vos questions. Cette session d’approfondissement aura lieu le 4 mars 2021 de 9h à 13h et le 5 mars 2021 de 14h à 18h

Coordination pédagogique

La coordination pédagogique de cette formation est assurée par Jean-Charles Cadoret (Université de Paris), Marc Deloger (Gustave Roussy) et Nicolas Servant (Institut Curie).

Inscriptions

Les inscriptions à la session de janvier 2021 sont ouvertes jusqu’au 15 décembre 2020, midi. Merci de renseigner le formulaire disponible à cette adresse : http://canceropole.form2021-moocNGS.sgizmo.eu/s3/ 

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF. 

/!\ Les participants au cours d’approfondissement devront faire signer à leur employeur une convention de formation.

Inscription
© Cancéropôle Ile de France 2021