MOOC NGS & CANCER – RNAseq (bulk)

Cette formation en ligne que vous pourrez suivre à votre rythme pendant 8 semaines a pour objectif de vous initier à l’analyse de données RNA-seq de type bulk avec R Studio, en prenant l’exemple de l’analyse de l’expression différentielle de gènes. Un cours d’approfondissement d’une journée, facultatif, permettra à un nombre limité de personnes de revenir sur certains points de la formation, appliqués à leurs données.

Objectifs : 

• Apprendre les bases théorique des analyses NGS et du traitement des données de séquençage 
• Vous mettre à niveau sur l’utilisation de l’outil d’analyse de données R Studio et sur les méthodes statistiques 
• Acquérir le vocabulaire et les notions nécessaires pour dialoguer de manière plus efficace avec les bioinformaticiens en charge des analyses
• Vous initier de manière pratique à l’analyse de données RNA-seq avec R Studio, notamment l’étude de l’expression différentielle de gènes.

Remarque : un cours dédié à l’analyse de données RNAseq de type single cell est en cours de création, cette formation ne concernera que l’analyse de données RNAseq de type bulk.

Public concerné : Chercheurs biologistes travaillant dans le domaine du cancer, en poste dans un laboratoire académique francilien et débutants en bio-informatique

Prérequis : Aucun prérequis n’est nécessaire : une prise en main du logiciel R Studio et une mise à niveau sur les bases NGS et statistiques sont inclus dans le programme de la formation.

Organisation

Le cours sera organisé à la façon d’un MOOC : il se découpera en un ensemble de vidéos présentant les apports théoriques du cours. Les formateurs vous proposeront également des mises en pratiques sous R et R Studio, que vous pourrez reproduire chez vous sur un jeu de données test, ou sur vos propres données. Des quizz ponctueront le cours afin de vous permettre de vérifier vos acquis.

Cette formation se déroulera du mercredi 13 janvier au mardi 12 mars 2024 et vous demandera en moyenne 3 à 4 heures de travail personnel hebdomadaire. Vous travaillerez en autonomie et à votre rythme, les formateurs pourront répondre à vos questions une fois par semaine par le biais d’un forum.

La session d’approfondissement avec formateurs aura lieu en avril 2024, pour un nombre limité de personnes.

Programme

MOOC NGS & Cancer

• Chapitre 1 : Introduction aux NGS et traitement initial des données
  Principe et applications en cancérologie des analyses de type NGS
  Du FASTQ à la table de comptage
  Formateurs : Sylvain Baulande, Sonia Lameiras (Institut Curie), Christophe Malabat et Emmanuelle Permal (Institut Pasteur)
  Théorie uniquement
  
  • Introduction au séquençage d’ADNPrincipe du NGSTechnologie IlluminaApplications du NGS en cancérologieApplication RNA-seq et intérêt en oncologieFormats de fichiers : données brutesContrôle qualité des donnéesPréparer les données pour l’analyseAlignementFormats de fichiers : données alignéesFichiers d’annotations et visualisationVisualisation avec IGVComptage
  • Technologie Long Read
  • Approche RNA-seq Long-Read
  • Single Cell 10X Genomics

• Chapitre 2 : Introduction à R : bases R et R Studio
  Formateur : Yves Clément (Université de Paris)
  Théorie et pratique
  
  • Prise en main de R et R StudioUtilisation des donnéesTypes de données : vecteurs, facteursTypes de données : dataframes
  • Les statistiques avec R
  • Les figures classiques avec R
  • Le tidyverse

• Chapitre 3 : Introduction aux statistiques appliquées aux analyses RNAseq
  Formateur : Olivier Kirsh (Université de Paris)
  Théorie et pratique
  
  • Des statistiques, mais pour quoi faire ?
  • Champ d’étude statistique
  • Analyses descriptives et exploratoires
  • Estimation et fluctuation d’échantillonnage
  • Les tests d’hypothèses
  • Conduite d’un test de student
  • Tests multiples et ANOVA
  • Analyse d’expression différentielle RNA-seq

• Chapitre 4 : Analyse de l’expression différentielle des gènes
  Formatrice : Gaëlle Lelandais (Université Paris Saclay)
  Théorie et pratique
  
  • Un problème difficile pour les outils statistiques
  • Tests d’hypothèses
  • Réaliser une analyse différentielle : quels outils ?
  • Réaliser une analyse différentielle avec R et R Studio
  • Penser son plan d’expérience
  • Problématiques des analyses de données à large échelle

Cours d’approfondissement

Un cours d’approfondissement d’un jour, facultatif, est proposé à un nombre limité de participants. Pour y participer, il sera impératif d’avoir suivi la formation en ligne.

Vous disposez déjà de données RNAseq à analyser et vous retrouvez confronté à des blocages ? 4 formateurs reviendront en petit groupe sur certains points de la formation, appliqués à vos données et répondront aux questions concernant votre projet de recherche. Cette session d’approfondissement aura lieu en avril 2024 et un programme sur mesure vous sera proposé pour répondre à vos besoins.

Coordination pédagogique

La coordination pédagogique de cette formation est assurée par Jean-Charles Cadoret (Université de Paris), Marc Deloger (Gustave Roussy), Nicolas Servant (Institut Curie) et Pierre Gestraud (Institut Curie).

Les cours sont diffusés sur la plateforme Fun-Corporate de France Université Numérique dans le cadre d’un partenariat signé avec le GIP FUN.

Inscriptions

Les inscriptions auront eu lieu entre le 2 octobre et le 23 novembre 2023, via le formulaire en ligne dédié.
Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF. 

/!\ Les participants au cours d’approfondissement devront faire signer à leur employeur une convention de formation. Ils devront avoir suivi le MOOC dans son intégralité.