L’équipe pédagogique des formations NGS & Cancer du Cancéropôle IDF a organisé, le 17 octobre 2017, une journée de séminaire pour les personnes qui souhaitent mettre en place les technologies NGS dans leur institution ou laboratoire et qui voudraient bénéficier de retours d’expérience.
Nous proposons de répondre aux questions concrètes qui se posent dans un tel contexte, notamment :
• Quels sont les apports du NGS pour la recherche fondamentale et clinique dans le domaine du cancer ?
• Quel est l’intérêt de cette technologie versus les techniques de type puces ?
• Pourquoi internaliser / externaliser le séquençage et / ou l’analyse ?
Cette journée était couplée avec le séminaire Partage de données cliniques pour la recherche sur le cancer : la structuration, l’intégration et l’exploitation des données cliniques et NGS étant indispensable pour accélérer la recherche sur le cancer faisant appel aux Big Data.
INTRODUCTION
Nicolas Servant ouvre la journée en présentant les formations NGS & Cancer du Cancéropôle Île-de-France : depuis 2014, elles permettent aux chercheurs et cliniciens de s’initier à l’analyse de leurs données issues de séquençage haut débit. A travers ce séminaire, le groupe de travail a voulu permettre des échanges autour de questions plus générales concernant le séquençage, les enjeux de la bio-informatique et son utilisation en clinique.
Nicolas SERVANT, Institut Curie
ETAT DES LIEUX DES TECHNOLOGIES ACTUELLES
Recul et évolution des technologies NGS. D’où venons-nous, où allons-nous ?
Stéphane Le Crom est professeur à l’Université Pierre et Marie Curie et est responsables de plusieurs plateformes. Son implication dans ces plateformes lui permet d’expliquer l’évolution des technologies NGS, de décrire les technologies utilisées aujourd’hui, et de faire un état des lieux complet sur les technologies actuelles.
Stéphane LE CROM, Université Pierre et Marie Curie – diaporama
Faut-il abandonner les autres technologies ?
Les technologies NGS persistent dans le temps. Comment ces technologies peuvent-elles résister ? Dans quel contexte ? Marc Deloger, spécialiste des expressions ARN, nous explique comment ces technologies évoluent pour toujours avoir la même finalité: mesurer l’expression d’un gène. Il détaille ici plusieurs techniques telles que la RT-qPCR, les microarrays, et le RNA-seq.
Marc DELOGER, Institut Curie – diaporama
Nicolas Servant soulève plusieurs questions concernant le séquençage ADN et les oligo arrays. Quelles sont les différences entre les différentes technologies? Quelles sont les limites ? Quels sont les impacts en terme d’analyse ? Quelles sont les conditions d’utilisation ? Les puces à ADN sont-elles toujours performantes ?
Nicolas SERVANT, Institut Curie – diaporama
Jean-Charles Cadoret développe ici les caractéristiques des ChIP-Seq et des Methyl-DNA microarrays : utilisation, coût, capacité d’analyse, disponibilité du matériel…
Jean-Charles CADORET, Institut Jacques Monod, Université Paris Diderot – diaporama
Externalisation des ressources de séquençage et / ou d’analyse
Eric Solary est PU-PH et Directeur de Recherche à l’institut Gustave Roussy. Dans cet institut, une unité de séquençage clinique très haut-débit s’est mise en place. Le but est de créer un partenariat entre structure privée et académique afin de développer le séquençage des exomes et le RNA-seq. Ce partenariat permet d’optimiser les coûts et de monter différents projets.
Eric SOLARY, Institut Gustave Roussy – diaporama
La plateforme de l’Institut Curie effectue du séquençage à haut débit dans le domaine fondamental, translationnel ou encore diagnostic. Des choix stratégiques ont dû s’effectuer au moment de l’installation de la plateforme, notamment en terme de partenariat. La plateforme se développe finalement de manière interne. Sylvain Baulande explique les avantages et inconvénients de ce système de gestion.
Sylvain BAULANDE, Institut Curie – diaporama
Alban LERMINE et Julie DIGEON partagent leur expérience concernant l’utilisation du séquençage et de la bio-informatique au sein de l’AP-HP. Ils font un bilan sur la situation actuelle, les ressources internes et externes, l’organisation pour récupérer des résultats …
Alban LERMINE et Julie DIGEON, AP-HP – diaporama
LES ENJEUX DE LA BIO-INFORMATIQUE
Les enjeux actuels de la bio-informatique en cancérologie
Philippe Hupe et Daniel Gautheret développent dans leur intervention les enjeux de la bio-informatique : quelles sont les meilleurs pratiques actuelles ? Y-a-t-il un retard entre l’arrivée d’une nouvelle technologie et l’arrivée des outils d’analyses ? Comment faire pour que les chercheurs puissent interpréter au mieux les résultats ? Comment améliorer les ressources bio-informatiques (calcul, stockage …)?
Philippe HUPE, Institut Curie
Daniel GAUTHERET, Institut Gustave Roussy, Université Paris Sud – diaporama
Mise en place d’une plateforme de bio-informatique
Alban Lermine a participé activement à la création de la plateforme bio-informatique et séquençage au sein de l’AP-HP. Il revient sur cette création à travers les prévisions, les coûts, les moyens humains et matériels nécessaires, la mise en place et la maintenance de l’innovation …
Alban LERMINE, AP-HP – diaporama
L’IMPACT DES NGS DANS LA RECHERCHE CLINIQUE
Le passage des NGS en diagnostic, rêve ou réalité ?
Pierre Laurent-Puig retrace les différentes techniques qui peuvent être utilisées dans le cadre du NGS. Il effectue le lien entre les questions technologiques du NGS et le domaine clinique.
Pierre LAURENT-PUIG, AP-HP HEGP, Université Paris Descartes – diaporama
L’apport du NGS dans la recherche clinique
Cette dernière discussion, sous forme de table ronde, soulève des questions concernant l’utilisation du NGS dans le domaine clinique. Le NGS apporte de nombreuses informations et connaissances dans le domaine fondamental, mais la question d’utiliser autant de ressources pour la recherche clinique se pose. Certains pensent que ces technologies peuvent faciliter le diagnostic, d’autres pensent à la médecine de précision …
Christophe LE TOURNEAU, Institut Curie
Marie DE TAYRAC, CNRS, Université de Rennes, CHU de Rennes – diaporama
Fabrice ANDRE, Institut Guctave Roussy
