Formation “NGS & Cancer : Analyses RNA-Seq”

Le Cancéropôle Île-de-France organise, en concertation avec les trois SIRIC d’Île-de-France, PACRI et Saint-Louis Institute, une formation pratique sur le traitement de données massives “NGS et Cancer”. 

Objectifs : Apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS (Next Generation Sequencing) au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R

Public concerné : Chercheurs franciliens dans le domaine du cancer. Attention, des prérequis en NGS, et sur les outils Galaxy et R sont demandés.

Prochaine session : 13, 14, 15 MAI 2019
Ouverture des inscriptions le 6 janvier 2020

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation.

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

Nous demandons préalablement aux participants:

  • De se familiariser avec les bases des analyses NGS  :

Un cours d’Introduction aux NGS sera mis à disposition en format PDF avec explications et commentaires de nos formateurs.

Un QCM de validation des connaissances devra obligatoirement avoir été validé en amont des trois jours de formation.

  • D’avoir des prérequis avec logiciel R

Si vous n’avez pas effectué de formations R, nous vous proposerons quelques exercices à effectuer avant les trois jours de formation.

Programme

  • Applications RNA-seq
  • Alignement des données brutes
  • Notions de statistiques
  • Exploration des données
  • Normalisation et tests statistiques
  • Reconstruction de transcrits
  • Présentation des méthodes d’identification des fusions
  • Prise en main de R
  • Manipulation de données RNA-seq

Un temps de tutorat permettra à chaque participant d’échanger avec les formateurs pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Des ordinateurs seront mis à votre disposition pour l’ensemble de la formation.

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire.

Formateurs

Les 20 participants sont accompagnés tout au long de la formation par 5 formateurs, bio-informaticiens spécialistes du domaine du cancer de Gustave Roussy, Institut Curie et Université Paris Diderot.

Préparation à la formation

En vous inscrivant à cette formation, vous vous engagez à :

  • valider le QCM de contrôle des connaissances
  • communiquer les justificatifs attestant une formation préalablement effectuée sur le logiciel R ou suivre les modules que nous vous proposons

Pour aller plus loin …

Retrouvez les tutoriels vidéos sur Galaxy et sur l’utilisation des Genome Browser  gratuitement sur notre mini-site pédagogique. Ces vidéos sont en HD, n’oubliez pas de changer la résolution via la roue crantée en bas à droite de chaque vidéo.

Analyses RNA-Seq

Visualisation de données génomiques

Avis sur la formation

Soucieux de la qualité de formation que nous proposons, nous demandons à chaque stagiaire de compléter un formulaire d’évaluation en fin de formation. Celui-ci comprend une partie sur l’appréciation globale, l’organisation, les formateurs et le contenu de la formation.

Retrouvez les résultats du questionnaire d’évaluation pour la formation du 7, 8 et 9 novembre 2018