Le 16 septembre 2025, le Cancéropôle IDF a organisé un séminaire élaboré par son groupe « Micro-Environnement Tumoral » autour de la protéomique à large échelle.
Le groupe « Micro-Environnement Tumoral » du Cancéropôle IDF a pour objectif de créer et renforcer un réseau de chercheurs / ingénieurs franciliens développant différentes approches ou modèles sur le MET, en rendant accessible des « savoir-faire » et des outils permettant l’étude du microenvironnement tumoral pour une utilisation nominale de modèles optimisés.
Le matinée Workshop a permis une introduction méthodologique aux techniques de protéomique à large échelle mettra en lumière leurs forces, limites et champs d’application. Des experts utilisateurs ont présenté leurs retours d’expérience concrets, afin de partager des clés pour intégrer ces approches dans leurs recherches. Les plateformes protéomiques franciliennes ont ensuite présenté l’ensemble des techniques qu’elles proposent. La matinée s’est achevée par une table ronde.
Après la keynote de la journée portée par Angela Bachi, les jeunes chercheurs sélectionnés lors d’un appel à communication ont présentés leurs travaux via des communications orales. Deux prix de la meilleure communication ont été remis.
INTRODUCTION
Cette introduction permet de présenter la journée de séminaire du groupe de travail sur l’étude du MET, coordonné par Éric Tartour et Sophie Siberil. Ce groupe, constitué de chercheurs et ingénieurs de différents sites parisiens, développe un réseau collaboratif autour des modèles in vivo, ex vivo, in vitro et in silico pour mieux comprendre le MET. Un projet majeur en cours vise à créer un atlas des cellules infiltrant le MET, grâce à des approches multiplexes et transcriptomiques spatiales menées sur quatre types de cancers.
Les journées thématiques organisées par le groupe cherche à promouvoir les jeunes chercheurs et partager des expertises et technologies émergentes. Cette année le groupe s’est intéressé à la protéomique spatiale.
Sophie SIBERIL, Sorbonne Université, Centre de Recherche des Cordeliers – diaporama
La protéomique pour les biologistes et médecins : techniques et méthodologies
Dans cette intervention introductive, Virginie Redeker, montre que la protéomique est une science qui étudie l’ensemble des protéines présentes dans nos cellules, essentielles au fonctionnement de l’organisme. Grâce à des technologies très avancées, les chercheurs peuvent désormais identifier et mesurer des milliers de protéines en un temps record. Ces analyses permettent de mieux comprendre les mécanismes des maladies, de découvrir de nouveaux marqueurs diagnostiques et d’imaginer des traitements plus ciblés. Les méthodes modernes offrent une sensibilité exceptionnelle, capable d’analyser des quantités infimes de matière. La protéomique ouvre ainsi la voie à une médecine plus précise, personnalisée et prédictive.
Virginie REDEKER, Université Paris Saclay, CEA – diaporama
I. WORKSHOP : Protéomique à large échelle
Le matinée Workshop a permis d’apporter une vision méthodologique aux techniques de protéomique à large échelle mettra en lumière leurs forces, limites et champs d’application. Des experts utilisateurs ont présenté leurs retours d’expérience concrets, afin de partager des clés pour intégrer ces approches dans leurs recherches. Les plateformes protéomiques franciliennes ont ensuite présenté l’ensemble des techniques qu’elles proposent. La matinée s’est achevée par une table ronde.
Décryptage du mécanisme multi-cible de l’Auranofine dans une lignée cellulaire de cancer de l’ovaire par profilage métallomique
Giovanni Chiappetta présente ici comment un médicament à base d’or, l’auranofine, peut tuer les cellules cancéreuses en perturbant leur système de défense contre le stress oxydatif. Grâce à des techniques de protéomique avancées, les protéines modifiées sont analysées pour comprendre comment la cellule réagit au traitement. L’auranofine activerait plusieurs mécanismes dont un type particulier de mort cellulaire. Ce médicament semblerait aussi bloquer certaines protéines essentielles, comme celles du protéasome ou impliquées dans la gestion du stress cellulaire. Ces résultats ouvrent la voie à de nouveaux traitements ciblés plus efficaces contre les cellules résistantes.
Giovanni CHIAPPETTA, ESPCI Paris, PSL – diaporama
Recherche de biomarqueurs par protéomique : sommes-nous prêts ?
La recherche en protéomique clinique vise à identifier des protéines qui servent de « biomarqueurs » pour mieux comprendre et diagnostiquer les maladies. Grâce à des technologies de plus en plus rapides et puissantes, Chiara Guerrara montre ici comment les scientifiques peuvent désormais analyser en détail des tissus humains ou des échantillons sanguins, même très complexes. Ces analyses permettent de repérer des protéines anormales, de décrypter les mécanismes de maladies rares et d’orienter vers de nouveaux traitements potentiels. La protéomique révèle aussi des pistes thérapeutiques insoupçonnées, comme le rôle du cholestérol ou de certaines enzymes dans des maladies de la peau. Cette approche ouvre la voie à une médecine plus précise, permettant d’adapter les soins aux besoins réels de chaque patient.
Chiara GUERRERA, Institut Necker – diaporama
Protéomique spatiale
La protéomique spatiale permet d’observer directement où se trouvent les protéines dans les tissus, grâce à l’imagerie par spectrométrie de masse. Cette technologie révèle l’hétérogénéité cachée des cancers, souvent invisible au microscope, en montrant des zones moléculaires très différentes au sein d’une même tumeur. Elle aide les chercheurs à mieux comprendre la structure des tumeurs du foie ou du pancréas, et à identifier les régions capables, par exemple, d’attirer les cellules immunitaires. En combinant imagerie, micro‑dissection et analyses moléculaires, ces approches offrent une vision fine du micro‑environnement tumoral. Elles ouvrent la voie à des diagnostics plus précis et à des traitements mieux adaptés aux spécificités de chaque patient.
Hélène CAZIER, Plateforme Imagerie Moléculaire, CRI ; Rémy NICOLLE, CRI – diaporama
Présentations éclairs de plateformes franciliennes
CurieCore Tech
La plateforme de l’Institut Curie analyse les protéines des cancers pour identifier des biomarqueurs utiles au diagnostic et au suivi. Elle traite de larges cohortes de patients et utilise des outils bioinformatiques avancés. Elle collabore avec d’autres équipes et participe à un consortium européen pour harmoniser les pratiques d’analyse.
Florent DINGLI, Institut Curie – diaporama
Proteom’IC
La plateforme de l’Institut Cochin réalise des analyses globales ou ciblées de protéines sur tous types d’échantillons. Elle est spécialisée dans les modifications post‑translationnelles et propose un accompagnement complet, de la préparation à l’analyse statistique. Elle inclut aussi la micro‑dissection laser pour relier protéines et structure du tissu.
Emilie-Fleur GAUTIER, Institut Cochin – diaporama
SMBP
La plateforme de l’ESCPI développe de nouvelles méthodes protéomiques, notamment en microfluidique et en chimie analytique. Elle combine plusieurs technologies de spectrométrie de masse et forme les chercheurs. Elle est très orientée innovation.
Joëlle VINH, ESCPI – diaporama
ProtéoSeine
La plateforme de l’Institut Jacques Monod analyse des milliers de protéines grâce à des instruments très performants. Elle étudie les interactions, les modifications post‑translationnelles et les protéines intactes. Elle dispose d’importantes capacités de traitement de données et collabore sur de nombreux projets de recherche.
Guillaume CHEVREUX, Institut Jacques Monod – diaporama
Table ronde : Mise en perspective de l’apport et des limites des différentes approches
Les intervenants de la table ronde discutent sur les progrès techniques, les limites actuelles et les perspectives du domaine. Ils ont discuté des avancées majeures des techniques, de la spectrométrie de masse par exemple qui permet aujourd’hui d’identifier des milliers de protéines. Ils rappellent également les contraintes liées à la résolution, aux bases de données et à l’interprétation des peptides. Ils ont souligné les défis de l’imagerie spatiale, encore éloignée de la vraie échelle cellulaire, ainsi que les promesses de la micro‑dissection et des approches “single‑cell”, très précises mais encore perfectibles. Ils ont également mis en lumière l’impact croissant de l’intelligence artificielle, utile pour le scoring des peptides ou l’analyse d’images, même si son intégration en multi‑omique reste encore limitée. Ensemble, les experts ont souligné que la protéomique continue de progresser rapidement, mais nécessite encore des innovations techniques et informatiques pour pleinement révéler le potentiel de l’étude des protéines dans les tissus sains et pathologiques.
Hélène CAZIER, Rémy NICOLLE, CRI, U Paris Cité, AP-HP, Inserm, CNRS
Guillaume CHEVREUX, Institut Jacques Monod, U Paris Cité
Florent DINGLI, Institut Curie
Emilie-Fleur GAUTIER, Institut Cochin, U Paris Cité, Inserm, CNRS
Chiara GUERRERA, Institut Necker, U Paris Cité, AP-HP, Inserm, CNRS
Giovanni CHIAPPETTA, ESPCI Paris – PSL
Virginie REDEKER, U Paris Saclay, CEA, Inserm, CNRS
SESSION POSTER
Lors de la pause méridienne, des industriels invités ont présenté via des posters des technologies émergentes en protéomique avec un focus sur les dernières innovations et solutions développés pour la recherche. Les plateformes franciliennes étaient également présentes pour approfondir les discussions de la matinée.
KEYNOTE LECTURES
Modélisation du développement et de la maladie dans les organoïdes
Les travaux de la Pr. Angela Bachi montrent que l’enzyme BACE2 joue un rôle inattendu dans le cancer en contrôlant l’entrée des lipides dans les cellules. Certaines tumeurs utilisent cette enzyme pour remodeler leur environnement et favoriser leur croissance. Quand BACE2 est bloquée, les cellules accumulent trop de graisses, ce qui devient toxique et peut conduire à leur mort. Cette découverte révèle un lien direct entre métabolisme lipidique, stress cellulaire et sensibilité des tumeurs à la « ferroptose », un type de mort cellulaire. Ces résultats obtenus par une approche multi-omique ouvrent la voie à de nouvelles stratégies thérapeutiques combinant inhibition de BACE2 et traitements visant à fragiliser le métabolisme des lipides des cellules cancéreuses.
Angela BACHI, IFOM ETS – The AIRC Institute of Molecular Oncology – diaporama
Session jeunes chercheurs
L’un des objectifs de cette journée est de renforcer le réseau de chercheurs franciliens travaillant sur le micro-environnement tumoral. Pour mettre en avant le travail des jeunes chercheurs franciliens, un appel à communication a été organisé en amont de la journée. L’ensemble des abstracts présentés est disponible dans le livret de la journée.
Un jury composé des membres du groupe de travail MET du Cancéropôle IDF a attribué les prix suivants :
- prix de la meilleure communication orale : Anne Calvez pour la présentation de son projet « Le GABA intratumoral révèle une nouvelle voie de résistance aux inhibiteurs de points de contrôle immunitaire dans les tumeurs positives aux structures lymphoïdes tertiaires«
- prix de la deuxième meilleure communication orale : Adrien Thomas pour la présentation de son projet « L’intégration transcriptomique-protéomique dans la tumeur résiduelle post-chirurgicale révèle un profond remodelage du microenvironnement«
