NOS ACTIONS D'Accompagnement

Pour accompagner un maximum de chercheurs de son territoire, le Cancéropôle Île-de-France propose aux cliniciens et chercheurs des formations et des outils pratiques ayant pour objectif de les aider à améliorer leurs pratiques.

  • Formations : en format présentiel ou MOOC, elles ont pour objectif d’apporter aux chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer de nouvelles compétences ;
  • Outils pratiques : développés par les groupes de travail, ces annuaires, atlas ou diagrammes méthodologiques, ils sont disponibles en libre accès.

Analyse de données ChIP-Seq avec Galaxy

En complément de nos formations NGS & Cancer dédiées à l’apprentissage d’analyse de données NGS avec R et R Studio, nous vous proposons de vous familiariser avec l’outil d’analyse bio-informatique Galaxy de manière autonome via ces vidéos tutorielles.

Programme
DE LA FORMATION EN LIGNE

Ce cours vous permettra de réaliser une analyse de données ChIP-Seq avec Galaxy. Ce type d’analyse ChIP-Seq permet notamment d’analyser la fixation de facteur de transcriptions sur l’ADN. L’exercice prendra l’exemple du facteur de transcription CTCF, et l’analyse sera effectuée sur le chromosome 19 de la souris.

Cet exercice utilise l’interface Galaxy, un jeu de données test vous est fourni.

Le cours se découpe en 3 partie :

  • Présentation générale de Galaxy
  • Analyses bio-informatiques de type ChIP-Seq : détection des sites de fixation du facteur de transcription étudié
  • Bioinformatique fonctionnelle : utilisation d’outils permettant à des questions biologiques

Formateur : Jean-Charles Cadoret, Université Paris Diderot.

Durée : 18:26

À télécharger pour l’exercice :

  • Données test : .zip, 17,9 Mo