NOS ACTIONS D'Accompagnement

Pour accompagner un maximum de chercheurs de son territoire, le Cancéropôle Île-de-France propose aux cliniciens et chercheurs des formations et des outils pratiques ayant pour objectif de les aider à améliorer leurs pratiques.

Formations : en format présentiel ou MOOC, elles ont pour objectif d’apporter aux chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer de nouvelles compétences ;
Outils pratiques : développés par les groupes de travail, ces annuaires, atlas ou diagrammes méthodologiques, ils sont disponibles en libre accès.

Identification de transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq

En complément de nos formations NGS & Cancer dédiées à l’apprentissage d’analyse de données NGS avec R et R Studio, nous vous proposons de vous familiariser avec l’outil d’analyse bio-informatique Galaxy de manière autonome via ces vidéos tutorielles.

Programme
DE LA FORMATION EN LIGNE

Introduction à Galaxy
- Présentation de l’outil
Analyses DNA-Seq
Analyses RNA-Seq
- Identification des transcrits de fusion à partir de données RNA-Seq
- Analyse de l’expression différentielle à partir de données RNA-Seq
Analyses épigénomiques
- Analyse de données ChIP-Seq
Utilisation des bases de données
- TCGA / ICGC
- cBioPortal
Visualisation de données génomiques
- Visualisation de données génomique par IGV
- Visualisation de données génomiques par UCSC

Ce cours vous permet d’analyser des analyses RNA-Seq dans le but d’identifier des transcrits de fusion.

Le cours se découpe en deux temps :

Introduction théorique à la méthode d’analyse de données bio-informatique RNA-Seq
- Contrôle de la qualité des données RNA-Seq
- Recherche d’analyse de transcrits de fusion grâce à l’outil TopHat2
Mise en application de l’analyse sous une instance Galaxy

Cet exercice sera réalisé grâce à l’outil Galaxy, un jeu de données test vous est fourni.

Formateur : M’Boyba Diop et Marc Deloger, Gustave Roussy.

Durée : 32:05

À télécharger pour l’exercice :

Données test : .zip, 86,6 Mo

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