Technologies & Synergies

Type d’analyses : Analyse protéomique quantitative globale : quantification relative ou en valeur absolue selon le modèle ou tissu étudié (dont secrétômes et vésicules) Analyse protéomique des partenaires protéiques de molécules appâts par Co-IP, AP-MS, BioID Recherche de modifications post-traductionnelles dans des protéomes totaux ou sur des protéines purifiées : phosphorylations, acétylations, N-glycosylations et autres modifications Analyses protéomiques de tissus fixés et inclus en paraffine (coupes FFPE) Analyses protéomiques d’expectorations et de larmes Identification et caractérisation de protéines purifiées en solution ou contenues dans des gels d’acrylamide Analyse statistique des données obtenues Analyse fonctionnelle de données de protéomique, transcriptomique et métabolomique Formation et mise à disposition de logiciels informatiques pour les analyses fonctionnelles Conseil et développement en microanalyse de protéines par nanoLC-MS/MS

Type d’analyses : Contrôle Qualité des acides nucléiques (ADN/ARN) Bulk RNAseq Single Cell Transcriptomique spatiale Epigénétique Mise à disposition de matériels

Type d’analyses : Identification de protéines sur gel ou en solution Caractérisation de modifications post-traductionnelles (PTMs) Caractérisation de protéines recombinantes (Coverage, PTMs, process & product-related impurities, size or charge variants) Recherche de partenaires (Pull-Down) Recherche de biomarqueurs Analyse quantitative des variations d’abondance de protéomes (Label-Free) Analyse de protéomes spécifiques après enrichissement (ex : phosphoprotéome) Analyse de complexes par MS en conditions natives

Type d’analyses : Génomique : Séquençage de lectures longues ONT Analyse des polymorphismes par puces à ADN Analyse de la méthylation par puces à ADN Protéomique : Identification et caractérisation de protéines Analyse différentielle et quantification relative par LC-MS/MS Contrôle qualité Traitement des échantillons Electrophorèse 2D Analyse de données

Type d’analyses : La plateforme offre une expertise et une instrumentation dédiées à l’analyse moléculaire par spectrométrie de masse. Nous proposons : Des mesures de masse précise (HRMS) avec détermination de formule brute en ionisation ESI ou APCI / APPI Un accès au mode peu courant d’ionisation MALDI, en autonomie ou par prestation Un couplage TLC-MS Des caractérisations moléculaires fines de molécules purifiées ou de mélanges peu complexes Des formations en fonction de vos besoins

Type d’analyses : Le LSMP fonctionne selon deux modes : Collaboration : une personne de l’équipe demandeuse est accueillie et formée à la préparation et au traitement des données. La participation aux frais d’analyses demandée permet de financer les maintenances et les consommables, le reste étant pris en charge par l’IC. Service : il est laissé au choix pour chaque projet de fonctionner sur la base du service dans le cas où la co-signature n’est pas souhaitée. Le coût des analyses inclut alors également le salaire du personnel, les charges de structure et le renouvellement des investissements. Les services fournis: Définition et conception du dessin expérimental Conseils concernant la mise en place du projet Conseils et aide à la préparation de l’échantillon / contrôle qualité Identification des protéines et peptides Comparaison de protéomes Mesure de masse à haute résolution Analyse des modifications post-traductionnelles (localisation et caractérisation). Protéomique ciblée Protéomique quantitative (SILAC, DIA, Label free…) Traitement des données Analyse bioinformatique et statistique

Type d’analyses : Séquençage à haut débit et applications de génomique fonctionnelle : Transcriptome eucaryote : RNA-seq (faibles quantités, lectures courtes et longues) Transcriptome eucaryote en cellule unique : scRNA-seq (lectures courtes et longues) Régulome eucaryote : Méthylation de l’ARN m6A (lectures longues) Fabrication de banques, séquençage, analyses bioinformatiques Service de séquençage « ready-to-load » (y compris non eucaryote) pour les utilisateurs qui réalisent eux même leurs banques

Type d’analyses : Analyses génomiques quantitatives par qPCR en microfluidique : Variation d’expression ADN génomique Préparation de banques Transcriptomique Quantification absolue Analyses génomiques par PCR digitale : Quantification absolue des acides nucléiques (ADN, ARN). Médecine personnalisée en oncologie (suivi des patients à partir de simples prises de sang). Contrôle des thérapies géniques et/ou cellulaires. Génotypage des lignées animales ou cellulaires. Analyse des anomalies chromosomiques (CNV) et de la présence de polymorphismes (SNP). Surveillance de pathogènes dans les eaux usées, identification de variants génétiques viraux. Détection d’évènements rares. Identification de biomarqueurs présents en faibles quantités dans des fluides biologiques (sang, urine, salive) ou environnementaux. Capacité de multiplexage offrant la possibilité de caractériser simultanément plusieurs éléments génétiques dans un même échantillon (3 à 6 canaux de détection), permettant l’utilisation optimale d’échantillons précieux et/ou rares. Encapsulation et amplification sur noyaux ou cellules uniques.

Type d’analyses : 1. Sample processing for proteomics and peptidomics (proteolysis in solution, gel or raw tissue), 2. Identification, quantification of proteins, nanoLC MS/MS (TMT, iTRAQ, SILAC, label-free), 3. Phosphoproteomics, redox study, glycosylation at the peptide or protein scale, 4. Glycan mapping, 5. Identification of proteins after subcellular fractionation, 6. Analysis of whole proteomes, 7. Peptidomics and immunopeptidomics, 8. Analysis of biopsies and tissues, 9. Acquisition in DDA, DIA, or PRM modes, 10. Analysis in MALDI and ESI ionization mode, 11. Practical and theoretical training for scientists in immersion (one-week internships).