Technologies & Synergies

Type d’analyses : Le LSMP fonctionne selon deux modes : Collaboration : une personne de l’équipe demandeuse est accueillie et formée à la préparation et au traitement des données. La participation aux frais d’analyses demandée permet de financer les maintenances et les consommables, le reste étant pris en charge par l’IC. Service : il est laissé au choix pour chaque projet de fonctionner sur la base du service dans le cas où la co-signature n’est pas souhaitée. Le coût des analyses inclut alors également le salaire du personnel, les charges de structure et le renouvellement des investissements. Les services fournis: Définition et conception du dessin expérimental Conseils concernant la mise en place du projet Conseils et aide à la préparation de l’échantillon / contrôle qualité Identification des protéines et peptides Comparaison de protéomes Mesure de masse à haute résolution Analyse des modifications post-traductionnelles (localisation et caractérisation). Protéomique ciblée Protéomique quantitative (SILAC, DIA, Label free…) Traitement des données Analyse bioinformatique et statistique

Type d’analyses : Analysis and comparison of proteomes and interactomes : In-depth comparison of proteomes, subproteomes, and interactomes Relative quantification of proteins Analysis of membrane interactomes Modifications of isolated or mixed proteins : Post-translational modifications (phosphorylations, acetylations, lipids, …) Chemical modifications Modified N-terminal peptides of proteins Structural determinants of proteins or protein complexes : Identification of covalent bridges Standard services : Sample preparation before MS analysis: Enzymatic digestion, desalting Exact mass measurement of proteins in solution by MALDI-MS or ESI-MS Identification of purified proteins by MALDI TOF/TOF- Identification of proteins by nanoLC-MS/MS Collaborative services (contact us) : Label-free quantification of proteins – e.g.: Comparison of proteomes, interactomes Search for modifications on purified or mixed proteins – Post-translational modifications (phosphorylations, acetylations, lipids, …) – Chemical modifications – N-terminal modifications of proteins Analysis of structural determinants of proteins or protein complexes – Identification of N- and C-terminal ends of products of proteolysis – Identification of covalent bridges

Type d’analyses : Mise à disposition d’une interface de soumission et de suivi de projets de NGS Préparation des banques nécessaires à la mise en œuvre de nombreuses applications : Séquençage de génomes complets, d’exomes et de panels de gènes Analyse du transcriptome (RNAseq ciblant les ARN non-codants et/ou les ARNm) Caractérisation de l’épigénome : ChIP-seq pour étudier les modifications des histones et l’identification des sites de fixation de protéines à l’ADN. Analyse des régions ouvertes de la chromatine de cellules uniques (ATAC-seq single-cell) Séquençage des ARNm de cellules uniques (technologie 3’ seq et Spatial Transcriptomics de 10X Genomics) Mise à disposition de pipelines d’analyses pour les applications de routine Support bioinformatique à travers une étroite collaboration avec la plateforme bioinformatique (U1331).

Type d’analyses : Caractérisations des cellules souches et tris d’événement rares CSH, CSE, CSC, CSM…) Tri et analyse multiparamétrique des cellules souches couplées à des fonctionnalités cellulaires (Side Population, ALDH). Tri clonale avec caractérisation de chaque cellule (index sort BD). Cycle cellulaire sur cellules vivantes (Hoechst, Pyronin Y) ou fixées (phase du cycle, cyclines), ploïdie, prolifération, apoptose. Analyse et tri de microparticules / microvésicules. Analyse er tri de spermatozoïdes. Marquage multicolore extra (>10) et intracellulaire Mesure d’une activité cellulaire (Pompes MDR, Flux calcique) Les services proposés sont les suivants: Formation et encadrement des utilisateurs aux techniques de cytométrie sur les cytomètres et sur les logiciels d’analyses (FacsDiva, Flowjo, Weasel). Accès aux analyseurs en libre-service après avoir préalablement suivi une formation théorique et pratique. Un calendrier de réservation en ligne est librement accessible (accès sur demande). Participation à l’élaboration de projets et à l’examen de leur faisabilité. Conception de protocoles expérimentaux adaptés afin d’analyser et, le cas échéant, trier la ou les populations d’intérêt (1 à 4).

Type d’analyses : Séquençage génome Séquençage exome Séquençage cellule unique Séquençage ARN et épigénétique Séquençage long reads Pacbio Génotypage

Type d’analyses : La plateforme de génomique propose : une définition du design expérimental et une aide à l’optimisation des projets des conseils pour la structuration et la mise en place des projets un accompagnement pour la préparation des échantillons et contrôle qualité une mise à disposition de Nanodrop, Bioanalyseur, appareil de PCR quantitative, Covaris S220 du séquençage à haut débit (NovaSeq6000 & MiSeq Illumina) (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Cut&Tag, …) du single-cell RNA-Seq : en utilisant des cellules : 3’ scRNA-Seq, 5’ scRNA-Seq + TCR +/- BCR, 5’ scRNA-Seq + TCR + CITE-seq ou en utilisant des noyaux : 3’ scRNA-Seq, scATACseq, 3’ scRNAseq + scATACseq

Type d’analyses : Profilage non-biaisé d’échantillons biologiques par UHPLC/q-Exactive. Analyse semi-quantitative de larges gammes de molécules endogènes. Élucidation structurale par MS Haute Résolution. Recherche de produits de métabolisation de médicaments par MS Haute Résolution. Analyse quantitative de métabolites candidats. Assister les scientifiques tout au long du projet métabolomique, incluant les étapes pré- et post-analytiques. Aider à définir les questions découlant du projet et le design expérimental y répondant. Mise en place de protocoles d’extraction adaptés à la nature des échantillons. Intégration des données métabolomiques pour l’analyse statistique. Aide à l’interprétation biologique, dans le contexte expérimental.