Formation analyses statistiques appliquées à la protéomique

Dans le cadre de sa mission d’accompagnement des chercheurs et professionnels de la recherche sur le cancer, le Cancéropôle Île-de-France propose une formation en statistique dédiée aux analyses bio-statistiques adaptées à la gestion et l’interprétation des données issues
d’analyses protéomiques d’échantillons complexes. 

Objectifs : traiter de façon optimale l’aspect bio-statistique des analyses protéomiques en se focalisant sur l’analyse des analyses sans marquage (« label-free ») qui sont maintenant les plus utilisées.

Public concerné : chercheurs, ingénieurs et professionnels de recherches travaillant sur une plateforme de protéomique d’Île-de-France et impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

 

Prochaine session : LUNDI 3 AU MERCREDI 5 FÉVRIER 2020

La participation à la formation complète (3 jours) est obligatoire. Une convention de formation devra être signée par votre organisme d’appartenance avant votre participation à la formation. 

Les frais de formation sont pris en charge par le Cancéropôle IDF.

OUVERTURE DES INSCRIPTIONS LE 2 DÉCEMBRE 2019

La formation

La formation permettra de répondre aux questions suivantes :

Les projets traités dans une plateforme protéomique impliquent souvent un nombre de replicats  limité (fréquemment pas plus de 3 ou 4 échantillons par groupe expérimental). Comment intégrer ce critère dans les calculs bio-statistiques ?

Le nombre de conditions traitées varie en fonction des projets et peut aller de 2 conditions (traité/contrôle) à plusieurs dizaines. Comment gérer les protocoles expérimentaux complexes avec de nombreuses  variables expérimentales?

Suivant les études menées, une plateforme protéomique est confrontée à l’analyse d’échantillons très diversifiés [cellules, organes (type foie …), fluides biologiques (type liquide synovial, plasma…) etc]. Quels sont les critères liés aux types d’échantillons analysés pour choisir le type d’analyse statistique ? Comment peut-on comparer les données issues de  matériel différent?

Le traitement des données (issues de Maxquant) se fait à l’aide de logiciels dédiés, comme par exemple PERSEUS , et tout au long du processus d’analyse, des questions d’ordre statistique se posent. La formations permettra également d’aborder les points suivants :

  • Comment gérer les valeurs manquantes ?
  • Quels tests doivent être réalisés sur des valeurs logarithmisées et quels tests ne doivent pas l’être ?
  • Dans quel cas peut-on considérer qu’une analyse est appariée ou non ?
  • Comment bien utiliser les analyses ANOVA (« one-way anova », « two-way anova », « three-way annova »)? Tests Mann-whitney et Wilcoxon?
  • Qu’est-ce qu’un test post-hoc et lequel choisir ?
  • Comment calculer la significativité d’une corrélation?
  • Quand doit-on effectuer une correction FDR et laquelle choisir (Bonferroni ou permutation ou Benjamini Hochberg) ?
  • Approfondir le principe et l’exploitation des analyses multivariées de type clustering hiérarchique, analyse en composantes principales et Volcano plot.
  • Quels sont les graphiques les plus parlants pour les analyses omiques ?
  • Comment prévoir le nombre d’échantillons à analyser en fonction de la variabilité biologique et du niveau de différence souhaité entre les conditions testées.
  • Sans entrer dans les détails, expliquer l’intérêt d’une régression PLS, d’un positionnement multidimensionnel et d’une analyse en composantes indépendantes.

Programme

à venir…

Les plateformes : actrices de la recherche sur le cancer

Le groupe de travail “Plateformes technologiques” du Cancéropôle Île-de-France a organisé le 15 mars 2019 un symposium visant à coordonner le développement technologique des plateformes franciliennes à l’horizon 2030.

Les réflexions menées pendant la journée ont porté sur les futures technologies (quelles technologies émergeront et amélioreront la recherche), les limites actuelles (financement, partenariats complexes, techniques…) et sur l’organisation des plateformes. Des experts internationaux invités pour cette journée ont partagé leur expérience dans des domaines allant de la bio-informatique à la thérapie, en passant par l’imagerie et l’immunologie. Les plateformes franciliennes, quant à elles, ont présenté leur activité lors de sessions posters. Cette journée était soutenue par les sociétés Bruker et Fluidigm.

L’objectif de la journée : alimenter les réflexions et faire émerger de manière concertée des orientations futures pour les plateformes franciliennes.

Retrouvez ici le compte-rendu multimédia de la journée.
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Coordination de la journée

Groupe de travail Plateformes technologiques, coordonné par Sergio Roman-Roman et Jessica Zucman Rossi.
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Compte-rendu multimédia de la journée

INTRODUCTION

Le Président du Cancéropôle IDF, Président du Cancéropôle Île-de-France, ouvre cette journée dédiée aux technologies de pointe pour la recherche sur le cancer, et souhaite à tous les participants de repartir avec de nouvelles idées et approches sur la question.

Hervé FRIDMAN, Cancéropôle IDF

BIOINFORMATIQUE & DATA SCIENCE

LES PLATEFORMES DE BIOINFORMATIQUE DANS LA TEMPÊTE DE LA GÉNOMIQUE

Les progrès rapides des technologies de la génomique et la diversité des environnements dans lesquels la génomique est un élément clé, des instituts de recherche aux hôpitaux, posent un défi considérable à l’organisation des installations de recherche en général et de la bioinformatique en particulier. À l’avenir, ces demandes ne feront qu’augmenter à mesure que le besoin de considérer d’autres sources, y compris les images, les appareils à distance et les sources textuelles (DSE ou publications), augmentera. Pour Alfonso VALENCIA, la communauté a la responsabilité de développer des solutions évolutives s’appuyant sur les infrastructures publiques (matériel, bases de données et logiciels) et en liaison avec l’expertise scientifique locale. Ces projets de collaboration devraient être accessibles aux bioinformaticiens, aux biologistes et aux cliniciens, et intégrer le besoin évident de formation interdisciplinaire. Il a abordé ces sujets à la lumière de son expérience dans les domaines de la science, des plateformes de service, des infrastructures de soutien et des organisations professionnelles.

ALFONSO VALENCIA – Barcelona Supercomputing CenterDiaporama

PLATEFORMES DE SERVICES ET FAIR DATA POUR LA RECHERCHE SUR LE CANCER

Les plateformes sont essentielles à la production structurée d’ensembles de données à grande échelle allant de la génomique et de la transcriptomique à la protéomique et à la métabolomique. Sven NAHNSEN a parlé du besoin des plateformes pour permettre des soins personnalisés et axés sur les données ainsi que des recherches de pointe sur le cancer. Il a également discuté du rôle des données massives, de l’autonomisation des usagers cliniques et de l’analyse automatisée des données pour l’intégration de données hétérogènes sur le cancer. Comme exemple d’utilisation de la plateforme, il a présenté l’infrastructure de données de QBC appliquée aux études oncologiques ainsi que l’approche de Tübingen pour l’individualisation de la thérapie du cancer par des vaccins à base de peptides.

SVEN NAHNSEN – Quantitative Biology Center, University of TübingenDiaporama

MACHINE LEARNING POUR LA MÉDECINE DE PRÉCISION

La capacité à recueillir des données pour caractériser finement l’état d’un patient, à l’aide par exemple de technologies génomiques et d’imagerie, ouvre la voie à des stratégies thérapeutiques adaptées à chaque patient individuellement. Le machine learning est aujourd’hui la principale technologie utilisée pour optimiser ces stratégies, basée sur l’analyse automatique de grandes quantités de données. Jean-Philippe VERT a parlé de certains progrès récents dans ce domaine, ainsi que des défis qui restent à relever.

JEAN-PHILIPPE VERT – Google Brain, FranceDiaporama

SCREENING & THÉRAPIE

PROFILAGE DE LA RÉPONSE MÉDICAMENTEUSE POUR UN TRAITEMENT PERSONNALISÉ DE LA LEUCÉMIE PÉDIATRIQUE

En dépit d’une grande amélioration de la survie des enfants atteints de leucémie lymphoblastique aiguë, le traitement de la leucémie aiguë récidivante et réfractaire reste difficile. L’équipe de Jean-Pierre BOURQUIN et Beat BORNHAUSER a établi une approche de médecine de précision fonctionnelle pour identifier les vulnérabilités spécifiques de la maladie résistante. L’idée est d’orienter les décisions de traitement à l’aide de tests de médicaments en temps réel sur des échantillons prélevés chez les patients. Leur approche de dépistage fonctionnel est basée sur une puissante plateforme d’analyse automatisée basée sur l’imagerie qui génère des profils de réponse des cellules leucémiques dérivées des patients aux
agents chimiothérapeutiques actuels et nouveaux. Ceci permet de détecter une forte activité anti-leucémique des agents thérapeutiques disponibles ou nouveaux et des médicaments auxquels une leucémie donnée est résistante. Grâce à leur approche fonctionnelle, ils ont pu détecter une activité inattendue et très pertinente d’agents thérapeutiques chez des patients atteints d’une maladie réfractaire, ce qui a permis d’obtenir des réponses thérapeutiques en clinique.

BEAT BORNHAUSER – Children’s Hospital, University of ZurichDiaporama

LES ORGANOÏDES DE TUMEUR DE LA TÊTE ET DU COU COMME PLATEFORMES POUR LA MÉDECINE PERSONNALISÉE

Des études antérieures ont décrit les organoïdes tumoraux comme pouvant modéliser la diversité des types de carcinomes humains existants. Else DRIEHUIS présente ici les conditions d’une culture à long terme d’organoïdes muqueux humains. À l’aide de ce protocole, un panel de lignées organoïdes dérivées du carcinome épidermoïde de la tête et du cou (HNSCC) a été établi. Ce panel récapitule les caractéristiques génétiques et moléculaires précédemment décrites pour le HNSCC. Les organoïdes conservent leur potentiel tumorigène lors de la xénotransplantation. Elle observe par ailleurs des réponses différentielles à un panel de médicaments incluant le cisplatine, le carboplatine, le cetuximab et la radiothérapie in vitro. Le dépistage de médicaments révèle une sensibilité sélective à des drogues ciblées qui ne sont normalement pas utilisées dans le traitement des patients atteints du cancer du sein avec HNSCC. Ces observations peuvent inspirer une approche personnalisée de la prise en charge du HNSCC et élargir le répertoire des médicaments du HNSCC.

ELSE DRIEHUIS – Hubrecht InstituteDiaporama

PHÉNOTYPAGE MULTIPARAMÉTRIQUE : IMAGERIE & IMMUNOLOGIE

CARTOGRAPHIE MOLÉCULAIRE ET CELLULAIRE HAUTEMENT MULTIPLEXÉE DES TISSUS DES CANCERS DU POUMON ET DU SEIN EN 2 ET 3 DIMENSIONS À L’AIDE DE LA CYTOMÉTRIE DE PASSE PAR IMAGERIE

Une compréhension holistique des structures des tissus et des organes exige que les constituants moléculaires puissent être détectés dans leur contexte original. La cytométrie de masse par imagerie (IMC) permet de détecter jusqu’à 50 antigènes et acides nucléiques spécifiques simultanément à l’aide d’anticorps à marqueurs métalliques ou de sondes d’acides nucléiques, respectivement. Raul CATENA et son équipe utilisent l’IMC et une nouvelle variante en 3D, la tomographie de masse, pour effectuer une analyse phénotypique approfondie de centaines de tumeurs afin de déchiffrer et de mieux comprendre la composition du microenvironnement tumoral. Leurs données, après une analyse approfondie à l’aide d’outils informatiques avancés, révèlent une hétérogénéité spatiale et cellulaire, des interactions préférentielles de cellule à cellule, des motifs détaillés d’architecture tissulaire et des micro-environnements uniques. L’IMC et la tomographie de masse fournissent des informations précieuses sur le microenvironnement tissulaire, la compréhension de son environnement cellulaire, l’organisation des tissus, les interactions moléculaires entre ses composants et donc les bases fondamentales de la malignité des cancers.

RAUL CATENA – Institute for Molecular Life Science, University of ZurichDiaporama

BIOIMAGING AUSTRIA-CMI : IMAGERIE MULTIMODALE CORRÉLÉE À DIFFÉRENTES ÉCHELLES

Le Correlated Multimodal Imaging Node Austria (CMI) est l’initiative officielle autrichienne de bio-imagerie en Europe des plus grands experts en imagerie en Autriche. Il a été créé sous la forme d’un consortium de huit universités et instituts de recherche de Vienne et de ses environs (www.bioimaging-austria.at) afin d’être pionniers en imagerie multimodale corrélée à différentes échelles dans les sciences du vivant. L’imagerie corrélée recueille des informations holistiques sur l’échantillon selon deux modalités complémentaires ou plus qui – combinées séquentiellement – créent une vue composite très informative de l’échantillon. Le CMI offre une multitude de technologies d’imagerie de base et de pointe, de l’IRM à la microscopie à super-résolution, de nombreux pipelines d’imagerie multimodale corrélée et divers services de soutien, comme l’analyse des données et des images, aux chercheurs et aux scientifiques à l’échelle nationale et internationale. Les techniques d’imagerie du CMI couvrent toute la gamme de résolution des études précliniques et biologiques et fournissent des informations complémentaires sur la structure, la fonction et la composition moléculaire des échantillons. Plus de 30 techniques d’imagerie permettent à la fois l’imagerie in vivo et ex vivo et l’analyse moléculaire. En particulier, le CMI développe et met en place des flux de travail multimodaux entièrement nouveaux à la pointe de l’imagerie corrélée, qui peuvent impliquer plus de deux modalités d’imagerie. Le CMI va explicitement au-delà de la CLEM (microscopie électronique et de la lumière corrélative) et de l’imagerie hybride, et fait ainsi progresser considérablement le domaine de l’imagerie corrélée. Au cours des dernières années, l’imagerie et les plates-formes d’imagerie ont évolué rapidement et imposent des exigences élevées en matière de technologie, d’innovation et de gestion. Avec la création du CMI, l’Autriche répond au besoin naissant dans la recherche internationale de plates-formes centralisées avec des approches d’imagerie à la fois hautement spécialisées et holistiques.

ANDREAS WALTER – BioImaging Austria CMI

PLASTICITÉ, ENGORGEMENT ET REMODELAGE TISSULAIRE PENDANT L’INVASION ET LES MÉTASTASES

L’invasion unicellulaire ou collective résulte de la coordination de l’adhésion cellulaire, de la déformabilité et de la dynamique de l’actine par rapport à l’environnement tissulaire. Lorsqu’elles sont surveillées in vivo, à l’aide d’une deuxième et d’une troisième génération de multiphotons intravitaux harmoniques et d’une microscopie à fluorescence, les microniches tissulaires fournissent des pistes favorisant l’invasion qui permettent une migration collective le long des pistes les plus résistantes. En tant que voies principales, le guidage par contact non destructif est assuré par des pistes périmusculaires, vasculaires et neurologiques multi-interfaces préformées de topographie 1D, 2D et 3D, fournissant un substrat pour les invasions dépendantes ou non de l’intégrine. L’analyse ultrastructurale 3D révèle qu’un espace confiné de moindre résistance est fourni par des conduits tissulaires constitutifs (« autoroutes «) dont la géométrie, la nanotropographie et la composition moléculaire sont les principales voies d’invasion par guidage par contact combiné à un mécanisme de « blocage « cellulaire. De façon constante, des sphéroïdes de mélanomes mésenchymateux ou de cellules tumorales épithéliales sont passés d’une dissémination collective à une dissémination unicellulaire face à des tissus 3D de faible confinement, en fermant les voies intégrine et cadhérine, alors que l’acquisition de la densité tissulaire des jonctions cellule-cellule et la polarisation et migration supracellulaire se faisaient plus fréquentes. En conclusion, l’invasion du cancer est maintenue par des programmes physico-chimiques qui équilibrent l’adhésion intrinsèque des cellules et le couplage mécanique avec l’espace physique et les repères moléculaires rencontrés.

PETER FRIEDL – Radboud University

CONCLUSION

Philippe HUPE

PHILIPPE HUPE – Institut Curie

14e Colloque annuel : Résistances Thérapeutiques

Le 18 janvier 2019, le Cancéropôle Île-de-France a organisé son colloque annuel sur le thème des résistances thérapeutiques. Cette journée, soutenue par la Fondation ARC pour la recherche sur le cancer, a été coordonnée par Sergio Roman-Roman (Institut Curie) et Eric Deutsch (Gustave Roussy).

La résistance aux thérapies anticancéreuses, qu’elle soit primaire ou secondaire, a de lourdes conséquences en terme d’efficacité de traitement. C’est pourquoi des travaux de recherches sont menés, notamment sur l’hétérogénéité de la tumeur, dans le but de contrer les résistances et trouver des stratégies thérapeutiques adaptées.

Lors de ce Colloque, le sujet de la résistance thérapeutique a été discuté à travers différentes thématiques :

  • Immunothérapie
  • Radiothérapie
  • Marqueurs circulants
  • Thérapie ciblée

Les jeunes chercheurs lauréats du prix 2019 du Cancéropôle Île-de-France ont également présenté leurs travaux.

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Coordination de la journée

Sergio ROMAN-ROMAN (Institut Curie), Eric DEUTSCH (Gustave Roussy)

Compte-rendu multimédia de la journée

INTRODUCTION

Hervé FRIDMAN, Président du Cancéropôle Île-de-France, ouvre la journée en présentant le Cancéropôle Île-de-France et en insistant sur l’importance des travaux menés pour mieux comprendre les résistances aux traitements. En effet, on rencontre plus d’échecs lors d’essais thérapeutiques en oncologie que dans des essais concernant d’autres pathologies. Le cancer est une maladie complexe, pour laquelle de multiples mécanismes de résistance aux thérapies se mettent en oeuvre. Mieux comprendre la façon dont ces résistances se mettent en place est donc indispensable pour rendre les traitements plus efficients.

Hervé FRIDMAN, Cancéropôle IDF

 

LEUCÉMIES LYMPHOÏDES CHRONIQUES (LLC) AGRESSIVES ET RÉSISTANCES AUX DROGUES

Florence NGUYEN KHAC présente quelques études sur les leucémies lymphoïdes chroniques (LLC), leucémie la plus fréquente de l’adulte âgé caucasien, en se focalisant sur les cas de LLC qui résistent aux traitements.

Florence NGUYEN KHAC, Sorbonne Université, AP-HP Hôpital de la Pitié SalpêtrièreDiaporama

 

CANCERS VIRO-INDUITS ET RÉSISTANCE : EXEMPLES DE CANCERS DES VOIES AÉRODIGESTIVES SUPÉRIEURES

Cécile BADOUAL est anatomopathologiste à l’AP-HP HEGP et travaille dans une équipe de recherche au PARCC. Les cancers des voies aérodigestives supérieures, le plus souvent des carcinomes épidermoïdes, concernent essentiellement deux types de populations : une associé à des comportements alcolo-tabagiques, et une seconde présentant des cancers viro-induits (papillomavirus), qui vont mieux répondre aux thérapies et avoir un meilleur taux de survie. Le micro-environnement des cellules tumorales semble jouer un rôle fondamental dans ces différences de réponses.

Cécile BADOUAL, AP-HP HEGPDiaporama

 

HYPERPROGRESSION SOUS IMMUNOTHÉRAPIE ANTI-PD1/PD-L1

Stéphane CHAMPIAT, oncologue médicale à Gustave Roussy dans le département des phases I, parle de l’hyper-progression tumorale, phénomène qui arrive sous immunothérapie. On observe en effet chez les patients sous immunothérapie deux types de réponse : une amélioration de l’état du patient, ou une aggravation très rapide. La question posée est de mieux caractériser ce phénomène, d’évaluer la proportion de personnes susceptibles de présenter une hyper-progression tumorale, et enfin de savoir quels sont les facteurs qui augmente le risque.

Stéphane CHAMPIAT, Gustave RoussyDiaporama

 

IMPORTANCE DES MÉCANISMES NON GÉNÉTIQUES DANS L’ÉVOLUTION TUMORALE ET LA RÉSISTANCE THÉRAPEUTIQUE

Le modèle utilisé par l’équipe de Jean-Christophe MARINE est le mélanome cutané, maladie à haute potentialité métastatique et présentant de grandes résistances à la plupart des agents chimiothérapeutiques. Son équipe étudie les problèmes survenant lors de thérapies ciblées et lors d’immunothérapie, et Chris Marine se focalise dans cette présentation sur les mécanismes intervenant dans des cas de résistances à des thérapies ciblées.

Christophe MARINE, VIBDiaporama

 

LIBÉRER TOUT LE POTENTIEL DE MÉDECINE DE PRÉCISION AVEC INTELLIGENCE ARTIFICIELLE

Nikos PARAGIOS est professeur de mathématiques à l’Ecole Centrale Supelec, et il présente l’évolution de l’intelligence artificielle ces dernières années et quelques applications possibles en cancérologie : contourage automatique en radiothérapie, optimisation du plan de traitement en radiothérapie.

Nikos PARAGIOS, Ecole centraleDiaporama

 

ETUDE DES MÉCANISMES DE LA RÉPONSE TUMORALE À LA RADIOTHÉRAPIE ET DE L’HÉTÉROGÉNÉITÉ TUMORALE DANS LE GLIOBLASTOME

Elisabeth MOYAL travaille sur le glioblastome, qui reste incurable malgré les nouvelles techniques en radiothérapie. Son travail consiste à étudier les mécanismes biologiques de résistance à la radiothérapie (plasticité radio-induite, hétérogénéité tumorale, …) et à une optimiser la définition de la cible en radiothérapie, tout en préservant les organes à risque.

Elisabeth MOYAL, IUCT OncopoleDiaporama

 

TRADUCTION DES ARNm ET RÉSISTANCE AUX THÉRAPIES CIBLÉES ET AU NOUVELLES IMMUNOTHÉRAPIES DANS LE MÉLANOME

Caroline ROBERT fait un état des lieux clinique du traitement du mélanome, où tout avance très vite depuis quelques années grâce aux thérapies ciblées et à l’immunothérapie. Il reste malgré tout des résistances à ces thérapies, et elle s’est associée à Stéphane VAGNER pour trouver d’autres moyens de lutter contre ces résistances. Ce dernier travaille en biologie moléculaire et s’intéresse au complexe eIF4F impliqué dans la traduction d’ARN messagers et point de convergence de nombreux mécanismes de résistances associées à des mutations.

Caroline ROBERT, Gustave Roussy, Université Paris Saclay
Stephan VAGNER, Institut Curie, CNRSDiaporama

 

Jeunes talents et prix du Cancéropôle Île-de-France

A mi-journée, les trois lauréats du Prix 2019 du Cancéropôle IDF ont été invités à présenter leurs travaux et se sont vus remettre leurs prix :

  • Stéphanie GACHET, Institut de Recherche Saint Louis,
    La délétion 6q accélère la progression tumorale des leucémies T en modulant les fonctions ribosomales et mitochondriales
  • Roman CHABANON, Gustave Roussy,
    Exploiter les défauts de réparation de l’ADN pour moduler l’immunité anti-cancéreuse : une étude du potentiel immunologique des inhibiteurs de PARP
  • Luis J CASTRO-VEGA, PARCC, U970
    Génétique et génomique intégrée des phéochromocytomes et paragangliomes

Les cancers rares de l’âge pédiatrique à l’âge adulte

Le Cancéropôle Île-de-France et son groupe de travail “Cancers rares” organisent le jeudi 12 mars 2020 à Paris une journée à destination des chercheurs, cliniciens et représentants de patients. Inscrivez-vous !

Prestation d’organisation de manifestations scientifiques à Paris

Objet : Prestation d’organisation de manifestations scientifiques à Paris

Type et durée du marché : Le présent accord-cadre est conclu pour une durée ferme de deux ans à compter de la date de sa notification. Il pourra faire l’objet d’une reconduction pour une nouvelle durée de 2 ans sans pouvoir excéder une durée totale de 4 ans.

Date limite de remise des offres : 03/07/2017 à 12h00, via le portail Maximilien

Toutes les informations sont disponibles sur le portail des marchés publiques franciliens.

Maintenance préventive, corrective et évolutive de bases de données File Maker Pro

Objet : Maintenance préventive, corrective et évolutive de bases de données File Maker Pro

Type et durée du marché : Le présent accord-cadre à bons de commande est conclu pour une durée ferme de trois années à compter de la date de sa notification. Il est reconductible tacitement une fois pour une période d’un an.

Date limite de remise des offres : 22/06/2017 à 12h00, via le portail Maximilien

Toutes les informations sont disponibles sur le portail des marchés publiques franciliens.

 

Du dépistage de la fragilité aux essais cliniques dédiés en oncogériatrie

Le groupe de travail “Oncogériatrie” du Cancéropôle Île-de-France a organisé, le 19 mai 2017, une journée pour aborder le sujet du dépistage de la fragilité en oncogériatrie et celui des essais cliniques dédiés. 

L’objectif de la journée a été de réunir gériatres, oncologues, infirmiers des UCOGs franciliens et des centres périphériques et privés autour d’une question de recherche, dans un objectif de fédération des UCOGs. La question de la fragilité des patients en oncogériatrie a ainsi été abordée au cours d’une journée subdivisée en trois temps :

  • Un premier temps a été consacré à la question du dépistage de cette fragilité ainsi que de la prise de décision médicale associée ;
  • Un deuxième temps a permis la présentation d’essais cliniques en cours dédiés à ce sujet ;
  • Enfin, le reste de la journée a été dédiée à la dimension sociologique de ces travaux.

Les échanges ont été riches autour de ces questions et ont permis, une fois encore, de pointer du doigt la nécessité d’avoir des essais cliniques dédiés pour les personnes âgées.

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Coordination scientifique

Groupe de travail « Oncogériatrie » du Cancéropôle IDF, piloté par Elena Paillaud Laurent-Puig (UCOG Paris Sud, AP-HP Hôpital Henri Mondor).
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19/05/17 - Du dépistage de la fragilité aux essais cliniques dédiés en oncogériatrie

Compte-rendu de la journée

INTRODUCTION DE LA JOURNÉE

Elena Paillaud Lauren-Puig pilote le groupe de travail Oncogériatrie du Cancéropôle IDF et ouvre cette journée en rappelant ses objectifs : discuter de la recherche en oncogériatrie axée autour des UCOGs. La journée sera l’occasion pour les professionnels franciliens d’échanger sur les outils de dépistage de la fragilité du sujet âgé : ces outils sont mis en place pour aider les cancérologues à prendre des décisions thérapeutiques, et pour dépister les patients qui nécessitent un suivi particulier. Un second temps permettra de faire un point sur les essais cliniques menés spécifiquement sur le sujet âgé. Enfin, Elena Paillaud fait un bref point sur la cohorte ELCAPA.

Elena PAILLAUD LAURENT-PUIG, UCOG Paris Sud, AP-HP Hôpital Henri Mondor

I – FRAGILITÉ, DÉCISION, TRAITEMENT

Comment standardiser les données gériatriques dans les essais : Mini
Data Set Gériatrique

Philippe Caillet présente un outil qui a pour but de standardiser les variables gériatriques qui sont nécessaires pour améliorer les essais dans le domaine de l’oncogériatrie, le mini-data set gériatrique. L’objectif est d’uniformiser la manière dont est faite la recherche et améliorer les connaissances en oncogériatrie.Le mini data set gériatrique permet en effet de réellement standardiser les mesures recueillies lors de l’évaluation gériatrique.

Philippe CAILLET, UCOG Paris Sud, AP-HP Hôpital Henri Mondor diaporama

 

Évaluation de la concordance entre 4 classifications de fragilité des
patients âgés atteints de cancer et comparaison de leurs performances
pronostiques

Emilie Ferrat présente son travail de thèse en épidémiologie, effectuée au sein de l’équipe CePIA à l’aide de la cohorte ELCAPA. Elle revient sur la définition de la fragilité, et sur 4 outils qui existent pour évaluer la fragilité des patients. L’objectif de l’étude est de vérifier la concordance de 4 classifications : Balducci, SIOG 1 et 2, et typologie en classes latentes.

Emilie FERRAT, UCOG Paris Sud, Université Paris-Est Créteil diaporama

 

Vitesse de marche et cancer du sujet âgé

Frédéric Pamoukdjian est oncogériatre. Il présente dans un premier temps un rappel de ce qui encadre le concept de vitesse de marche en gériatrie et, dans un second temps, revient sur l’intérêt de l’utilisation de cette mesure en population oncogériatrique.

Frédéric PAMOUKDJIAN, UCOG Paris-Seine-Saint-Denis, AP-HP Hôpital René Muret diaporama

 

Suivi des sujets âgés sous thérapies ciblées orales : intérêt du dosage
plasmatique et point sur les interactions médicamenteuses potentielles

L’objectif du travail présenté par Pascaline Boudou-Rouquette est de montrer l’intérêt du suivi plasmatique en routine des patients âgés sous thérapie orale, et notamment sous inhibiteur de tyrosine kinase et les facteurs potentiels de variabilité de cette exposition. En effet, la posologie des thérapies orales est identique pour tous les patients,malgré des différences de physiologie entre les patients. Un suivi thérapeutique pharmacologique devrait permettre d’adapter plus facilement la posologie des médicaments de manière à permettre un effet maximal et le moins d’effet secondaires possibles.

Pascaline BOUDOU-ROUQUETTE, UCOG Paris Ouest, AP-HP Hôpital Cochin diaporama

19/05/17 - Du dépistage de la fragilité aux essais cliniques dédiés en oncogériatrie

II – ESSAIS CLINIQUES DÉDIÉS

Etude ESOGIA : quelles interprétations possibles, quels enseignements
pour de futurs essais ?

L’enjeu de l’étude ESOGIA présentée par Romain Corre est de comparer deux stratégies d’attribution de la chimiothérapie chez des patients âgés porteurs d’un cancer bronchique métastatique. L’étude compare une stratégie dite standard basée sur le performance status et l’âge à une stratégie « optimisée » basée sur les données d’une évaluation gériatrique. Il détaille dans un second temps les éléments de la littérature permettant de préciser la place de l’évaluation gériatrique standardisée (EGS) dans cette indication.

Romain CORRE, UCOG de Bretagne, CHU de Rennes diaporama

 

Diagnostic de dépression chez les personnes âgées en cours de
chimiothérapie

Olivier Drunat est psycho-gériatre, et s’est intéressé à la problématique de la dépression chez le sujet âgé au cours d’une chimiothérapie. Cette association est fréquente chez le sujet âgé, et Olivier Drunat présente lors de son intervention des outils pour permettre de mieux diagnostiquer la dépression.

Olivier DRUNAT, UCOG Nord, AP-HP Hôpital Bretonneau, HUPNVS diaporama

 

Essais en cours en oncologie digestive

34 à 48% des cancers digestifs sont diagnostiqués après 75 ans. Malgré cela, les inclusions dans les essais cliniques ne concernent que très peu les personnes âgées, d’où l’importance de mener des essais spécifiques en oncogériatrie. Thomas Aparicio fait une présentation en deux temps : après un rapide focus sur les essais terminés, il revient sur les essais cliniques en oncologie digestive en cours ou à venir en oncogériatrie digestive.

Thomas APARICIO, AP-HP Hôpital Saint Louis diaporama

19/05/17 - Du dépistage de la fragilité aux essais cliniques dédiés en oncogériatrie

III – SANTÉ SOCIALE

QualiSAGe : une étude sociologique du recrutement des personnes âgées dans les essais cliniques en cancérologie

Benjamin Derbez est sociologue et parle du volet sociologique de l’essai SAGe, qui vise à comprendre les facteurs de non inclusion des sujets âgés dans des essais cliniques en oncologie. Cette étude mobilise des méthodes mixtes issues de différentes disciplines, et mélange des approches quantitatives et qualitatives. Après avoir présenté le contexte soci-économique et quelques éléments de terrain, il présente le schéma de l’étude qui s’appuie sur une cohorte prospective socio-épidémiologique multicentrique.

Benjamin DERBEZ, Université Paris-Est Créteil diaporama

 

Analyse des besoins ressentis d’amélioration des compétences par les
patients prenant une chimiothérapie orale à domicile, leurs aidants et les
professionnels

Sophie Moulias parle d’une étude en cours qui part sur l’idée de faire un projet d’éducation thérapeutique chez les patients âgés atteints de cancer et prenant une chimiothérapie orale. L’évaluation des besoin de la population est faite auprès des patients, des aidants et des professionnels de ville et d’hôpital. C’est ce dernier volet qu’elle présente aujourd’hui. L’étude s’appuie sur 14 entretiens réalisés en face à face auprès de 5 oncologues dont 2 oncogériatres, ainsi que 9 médecins traitants.

Sophie MOULIAS, AP-HP Hôpital Ambroise Paré diaporama

19/05/17 - Du dépistage de la fragilité aux essais cliniques dédiés en oncogériatrie

Approches palliatives en oncologie

Le groupe de travail “Sciences Humaines et sociales” du Cancéropôle Île-de-France a organisé, le 6 octobre 2016, une journée sur le sujet des soins palliatifs en cancérologie. 

Cette journée, à destination des chercheurs, cliniciens, patients et représentants de patients, a eu pour but de faire un point sur les soins palliatifs et les questions que cette discipline pose aux sciences humaines et sociales. Lors de cette journée de recherche translationnelle, les intervenants, cliniciens et chercheurs, ont discuté de protocoles de recherche en cours et de leurs apports à la clinique. Les cliniciens présents ont parlé de leur pratique et des questions qu’elle pose à la recherche en sciences humaines et sociales. Un temps de témoignage a permis d’ancrer l’ensemble de la journée dans la réalité vécue par les patients, pour lesquels les soins palliatifs sont encore un sujet difficile à aborder.

La journée a été découpée en 2 temps :

  • Soins palliatifs : en parler, quand, pourquoi et comment ?
  • Les spécificités liées à l’âge

Retrouvez ici le compte-rendu multimédia de la journée.

> Télécharger le programme de la journée

Coordination scientifique

Groupe de travail «Sciences Humaines et sociales » du Cancéropôle IDF, piloté par Sylvie Dolbeault (Institut Curie) et Edwige Rude-Antoine (CNRS, CENJ Institut Marcel Mauss).
> En savoir plus sur le groupe de travail “Sciences Humaines et Sociales”

06/10/2016 - Approches palliatives en oncologie : quels contours, quelles perspectives ?

 

Compte-rendu de la journée

INTRODUCTION DE LA JOURNÉE

Sarah Dauchy est psychiatre et parle des enjeux cliniques et de recherche complexes et majeurs des approches palliatives en oncologie. Les soins palliatifs ont largement progressé ces dernières années au niveau social, juridique, ainsi que sur le positionnement des institutions sur le sujet. Et pourtant, au quotidien en cancérologie, il semble toujours compliqué d’anticiper. Une recherche notamment clinique sur le sujet est indispensable.

Sarah DAUCHY, Gustave Roussy

 

KEYNOTE : Soins palliatifs, fin de vie : de quoi parle-t-on ? Perspectives ouvertes pour la recherche

Régis Aubry choisit, dans son intervention, de faire le pont entre ce qu’étaient les soins palliatifs lors de leur naissance il y a une vingtaine d’année : si le nom n’a pas changé, ce qu’il recouvre a considérablement évolué, en lien avec des changements du contexte au cours de ces 20 dernières années. Sont à prendre en compte les changements dus aux avancées techniques et scientifiques en médecine, les changement du rapport de notre société vis à vis de la question de la mort et de la fin de vie et, enfin, la poussée sans précédent des droits des personnes malades dans notre société.

Régis AUBRY, CHRU Besançon, Comité Consultatif National d’Ethique

 

Témoignages

Pour échanger autour du sujet des soins palliatifs et notamment de la manière de communiquer sur ce sujet avec les patients, il est indispensable d’avoir un regard sur la manière dont ce type particulier de soin est perçu par les patients eux-mêmes. Catherine Barre-Gascoin vit depuis 7 ans avec un cancer du sein aujourd’hui métastasé, et partage au travers d’une vidéo son regard sur le sujet. François Mayu est quant à lui bénévole pour l’association de soins palliatifs ASP Fondatrice et fait un retour sur la perception des patients suivis par les bénévoles à l’Institut Curie des soins palliatifs. Ils témoignent tous les deux de la peur encore associée au terme “soins palliatifs” et de la confusion parfois volontairement entretenue avec les soins de support.

Catherine BARRE-GASCOIN, patiente et auteure du blog Les crabes dansent au Croisic

François MAYU, Association Soins Palliatifs ASP Fondatrice

 

06/10/2016 - Approches palliatives en oncologie : quels contours, quelles perspectives ?

TEMPS 1 : SOINS PALLIATIFS : EN PARLER, QUAND, POURQUOI ET COMMENT ?

Quels bénéfices prouvés des soins palliatifs ?

Carole Bouleuc est oncologue médicale et chef du département des soins de supports et montre comment la littérature médicale a pu démontrer l’impact positif des soins palliatifs sur la qualité de vie et la durée de vie des patients. Le constat de départ a été la constatation qu’il était très souvent administré aux patients des chimiothérapies en fin de vie. Cela a été considéré comme un constat d’échec d’une médecine technique qui poursuit des soins agressifs même en fin de vie, qui ont un effet délétère sur les patients. Aujourd’hui, des critères de qualité de la fin de vie ont été définis pour éviter cela.

Carole BOULEUC, Institut Curie diaporama

 

TABLE RONDE : La décision d’arrêt des traitements en oncologie

François Goldwasser évoque l’importance de la définition d’un objectif de soin pour que le traitement soit adapté. Il revient également sur l’importance de passer d’une logique de travail de médecin référent solitaire à celle d’une prise de décision collective, prenant en compte les différentes dimensions des besoins du patient.

François GOLDWASSER, AP-HP Hôpital Cochin

 

François Blot est réanimateur, et souligne les difficultés de communication entre les médecins oncologues, les médecins de soins palliatifs, et les patients. Il y a, pour lui, deux niveaux sur lesquels agir : au niveau politique et de manière locale, avec des actions de proximité chacun dans son service. Il partage aujourd’hui son expérience à Gustave Roussy où il a permis d’intégrer aux RCP pluridisciplinaires un palliatologue et un réanimateur.

François BLOT, Gustave Roussy

 

Les essais cliniques de phases précoces : du palliatif sans soins palliatifs ?

Benjamin Derbez est sociologue et présente une recherche qualitative de type ethnographique menée il y a quelques années dans des services de recherche clinique en cancérologie franciliens, sur 24 mois. Son travail traite des frontières invisibles entre l’innovation thérapeutique et le palliatif pur afin de déterminer dans quelle mesure on peut parler de palliatif dans les essais cliniques de phases précoces, au travers des concepts de l’identité sociale, des trajectoires de maladies, et du contexte de conscience.

Benjamin DERBEZ, Université Paris Est-Créteil Val-de-Marne, CEpiA diaporama

 

KEYNOTE : Principe de non-malfaisance et fin de vie

Gérard Dabouis est ancien chef de service d’Oncologie Médicale, et aujourd’hui se porte vers la démarche de recherche en lien avec son travail à la consultation d’éthique clinique du Pôle Hospitalier Jules Verne de Nantes. Il s’est intéressé au principe de non malfaisance décrit par Beauchamp et Childress, qui implique de s’abstenir intentionnellement d’agir, au contraire de la bienfaisance qui contient une forme d’action. Dans le cadre des situations de fin de vie, ce principe de non-malfaisance qui prend en compte le désir du patient apporte une aide à la décision dans des situations éthiquement difficiles.

Gérard DABOUIS, MSH Ange Guépin, CNRS, Université de Nantes diaporama

 

LES SPÉCIFICITÉS LIÉES À L’ÂGE

Qu’est-ce que la Qualité de vie en soin palliatif pédiatrique ?

Serge Sultan travaille en psycho-oncologie pédiatrique et parle des progrès très importants de ces dernières années au Canada. L’objectif des soins palliatifs en pédiatrie est d’assurer la meilleure qualité de vie possible aux enfants dont la maladie rend probable leur décès avant l’âge adulte. Il revient sur les recherches menées sur le sujet et notamment sur les outils qui permettent de mesurer spécifiquement la qualité de vie et qui nécessitent d’être réadaptés pour la pédiatrie. Il présente enfin les résultats d’une étude dont l’objectif est de décrire ce qu’est la qualité de vie d’enfants atteints de cancer et suivis en soins palliatifs.

Serge SULTAN, Université de Montréal, CHU Sainte-Justine diaporama

 

Des AJA en soins palliatifs en oncologie : de la décision à l’accompagnement

Valérie Laurence et Etienne Seigneur travaillent tous deux à l’Institut Curie dans l’Unité AJA. En s’appuyant sur un cas clinique, ils mettent en évidence les problématiques rencontrées, propres aux adolescents et jeunes adultes en soins palliatifs en oncologie. L’objectif est de travailler ensemble avec le patient, dans le respect de leur choix.

Valérie LAURENCE et Etienne SEIGNEUR, Institut Curie diaporama

 

Spécificités du soin palliatif en gériatrie

Marie Laurent est maître de conférence en gériatrie, et mène des recherches au sein du laboratoire CEpiA. Elle revient sur les spécificités des soins palliatifs pour les personnes âgées atteintes de cancer : les différences physiologiques et l’existence de polypathologies conduit en effet à une prise en charge particulière. Elle revient sur les spécificités thérapeutiques et les différences de symptômes observés chez les personnes âgées atteintes de cancer. De la même façon qu’en pédiatrie, l’oncogériatrie nécessite la mise en place d’outils spécifiques pour évaluer ces symptômes et évaluer leurs besoins en soins palliatifs.

Marie LAURENT, AP-HP Hôpital Albert Chenevier diaporama

 

06/10/2016 - Approches palliatives en oncologie : quels contours, quelles perspectives ?