NOS ACTIONS D'Accompagnement

Pour accompagner un maximum de chercheurs de son territoire, le Cancéropôle Île-de-France propose aux cliniciens et chercheurs des formations et des outils pratiques ayant pour objectif de les aider à améliorer leurs pratiques.

  • Formations : en format présentiel ou MOOC, elles ont pour objectif d’apporter aux chercheurs franciliens travaillant dans le domaine du cancer de nouvelles compétences ;
  • Outils pratiques : développés par les groupes de travail, ces annuaires, atlas ou diagrammes méthodologiques, ils sont disponibles en libre accès.

Tutoriels vidéo en bio-informatique

En complément des formations au format MOOC que nous proposons, vous trouverez ici des vidéos tutorielles pour vous former de manière autonome en suivant des vidéos tutorielles présentant les principaux pipelines utilisés en recherche sur le cancer.  

Le programme proposé vous permettra de vous initier à l’utilisation de l’outil Galaxy pour effectuer des traitements bio-informatiques de type NGS. Les thématiques abordées balayent l’ensemble des traitements susceptibles d’être effectués dans des projets de recherche en cancérologie :

  • Analyses DNA-Seq
  • Analyses RNA-Seq
  • Analyses épigénomiques

Public concerné : Chercheurs dans le domaine du cancer débutant dans les NGS

Les vidéos proposées montrent, d’un point de vue pratique, les différentes étapes d’un run pour quelques pipelines utilisés fréquemment sur Galaxy. Des données test sont mises à disposition pour chacune des vidéos de manière à ce que les exercices réalisés dans les vidéos puissent être reproduits. Les aspects théoriques des outils utilisés et les aspects scientifiques du contexte de ces traitements sont également abordés.

Cet ensemble de vidéos a été réalisé par des bio-informaticiens issus de grands centres de recherche sur le cancer franciliens dans le cadre des formations NGS & Cancer du Cancéropôle IDF.