En complément des formations au format MOOC que nous proposons, vous trouverez ici des vidéos tutorielles pour vous former de manière autonome en suivant des vidéos tutorielles présentant les principaux pipelines utilisés en recherche sur le cancer.
Le programme proposé vous permettra de vous initier à l’utilisation de l’outil Galaxy pour effectuer des traitements bio-informatiques de type NGS. Les thématiques abordées balayent l’ensemble des traitements susceptibles d’être effectués dans des projets de recherche en cancérologie :
- Analyses DNA-Seq
- Analyses RNA-Seq
- Analyses épigénomiques
Public concerné : Chercheurs dans le domaine du cancer débutant dans les NGS
Les vidéos proposées montrent, d’un point de vue pratique, les différentes étapes d’un run pour quelques pipelines utilisés fréquemment sur Galaxy. Des données test sont mises à disposition pour chacune des vidéos de manière à ce que les exercices réalisés dans les vidéos puissent être reproduits. Les aspects théoriques des outils utilisés et les aspects scientifiques du contexte de ces traitements sont également abordés.
Cet ensemble de vidéos a été réalisé par des bio-informaticiens issus de grands centres de recherche sur le cancer franciliens dans le cadre des formations NGS & Cancer du Cancéropôle IDF.
12 vidéos de
mise en pratiques
Durée moyenne :
20 min par vidéo
Programme de la formation en ligne
- Introduction à Galaxy : tutoriel transversal de présentation de l’outil
- Analyses DNA-Seq
- Analyses RNA-Seq
- Analyses épigénomiques
- Utilisation des bases de données
- Visualisation de données génomiques
