Technologies & Synergies

Type d’analyses : Analyse protéomique quantitative globale : quantification relative ou en valeur absolue selon le modèle ou tissu étudié (dont secrétômes et vésicules) Analyse protéomique des partenaires protéiques de molécules appâts par Co-IP, AP-MS, BioID Recherche de modifications post-traductionnelles dans des protéomes totaux ou sur des protéines purifiées : phosphorylations, acétylations, N-glycosylations et autres modifications Analyses protéomiques de tissus fixés et inclus en paraffine (coupes FFPE) Analyses protéomiques d’expectorations et de larmes Identification et caractérisation de protéines purifiées en solution ou contenues dans des gels d’acrylamide Analyse statistique des données obtenues Analyse fonctionnelle de données de protéomique, transcriptomique et métabolomique Formation et mise à disposition de logiciels informatiques pour les analyses fonctionnelles Conseil et développement en microanalyse de protéines par nanoLC-MS/MS

Type d’analyses : Le LSMP fonctionne selon deux modes : Collaboration : une personne de l’équipe demandeuse est accueillie et formée à la préparation et au traitement des données. La participation aux frais d’analyses demandée permet de financer les maintenances et les consommables, le reste étant pris en charge par l’IC. Service : il est laissé au choix pour chaque projet de fonctionner sur la base du service dans le cas où la co-signature n’est pas souhaitée. Le coût des analyses inclut alors également le salaire du personnel, les charges de structure et le renouvellement des investissements. Les services fournis: Définition et conception du dessin expérimental Conseils concernant la mise en place du projet Conseils et aide à la préparation de l’échantillon / contrôle qualité Identification des protéines et peptides Comparaison de protéomes Mesure de masse à haute résolution Analyse des modifications post-traductionnelles (localisation et caractérisation). Protéomique ciblée Protéomique quantitative (SILAC, DIA, Label free…) Traitement des données Analyse bioinformatique et statistique

Type d’analyses : Analysis and comparison of proteomes and interactomes : In-depth comparison of proteomes, subproteomes, and interactomes Relative quantification of proteins Analysis of membrane interactomes Modifications of isolated or mixed proteins : Post-translational modifications (phosphorylations, acetylations, lipids, …) Chemical modifications Modified N-terminal peptides of proteins Structural determinants of proteins or protein complexes : Identification of covalent bridges Standard services : Sample preparation before MS analysis: Enzymatic digestion, desalting Exact mass measurement of proteins in solution by MALDI-MS or ESI-MS Identification of purified proteins by MALDI TOF/TOF- Identification of proteins by nanoLC-MS/MS Collaborative services (contact us) : Label-free quantification of proteins – e.g.: Comparison of proteomes, interactomes Search for modifications on purified or mixed proteins – Post-translational modifications (phosphorylations, acetylations, lipids, …) – Chemical modifications – N-terminal modifications of proteins Analysis of structural determinants of proteins or protein complexes – Identification of N- and C-terminal ends of products of proteolysis – Identification of covalent bridges