Plateformes - Page 3 of 5 - Cancéropôle IDF

Plateforme Technologique Saint-Louis

⚙️

Imagerie cellulaire, Omique, et Phénotypage cellulaire

– Cytométrie, Imagerie, Génomique, Bioinformatique

Certification : aucune

Type d’analyses : Cytométrie : Autonomisation et accès aux trieurs/analyseurs; Accompagnement dans la conception des expériences Conseil et aide à l’analyse, FlowJO, Recherche de clustering Génomique : Design expérimental : Recommandations sur la préparation des échantillons; Contrôle; Accompagnement dans la sélection de la technologie la mieux adaptée à chaque projet Experiment : Traitement des échantillons par notre équipe; Ou formation de l’utilisateur Analyse de données : Application d’une solution d’analyse standard ou spécifique Microscopie : Autonomisation et accès aux microscopes; Accompagnement dans la conception des expériences Conseil et aide à l’analyse; Mise à disposition de poste d’analyse et de logiciels dédiées BioData Center : Formation : Environnement Linux (ligne de commande, shell); Langage de scripts (R, Python, Bash) Modélisation mathématique; Démultiplexages, Alignements, Variants, SNP, Clustering; Conseil et aide dans le développement d’outils Stockage temporaire des données produits par les autres Pôles

PHIC Histologie Immunopathologie de Clamart @IPSIT

⚙️

Histologie

– Cytométrie, histologie

Certification : aucune

Type d’analyses : La plateforme prend en charge toutes les étapes du traitement des prélèvements de tissu pour l’examen histologique. PREPARATION DES TISSUS – Mise en cassette – Déshydratation et imprégnation des tissus en paraffine – Enrobage des tissus en paraffine et OCT – Réalisation de coupes HISTOLOGIE – colorations de routine – HES et colorations spéciales (Red Sirius, Bleu Acian ?) – Immunohistochimie (IHC) à façon – Immunofluorescence (IF) à façon – Technique de TUNEL (apoptose) MICROSCOPIE – Digitalisation des lames avec le scanner NanoZoomer 2.0-RS Hamamatsu – images réalisées par le logiciel NDP.view2 Hamamatsu ANALYSE QUANTITATIVE ET QUALITATIVE – Analyse d’images effectuée avec ImageJ – Conception de figures d’article

LSMP Spectrométrie de Masse Protéomique @CurieCoreTech

⚙️

Omique

– Protéomique

Certification : aucune

Type d’analyses : Le LSMP fonctionne selon deux modes : Collaboration : une personne de l’équipe demandeuse est accueillie et formée à la préparation et au traitement des données. La participation aux frais d’analyses demandée permet de financer les maintenances et les consommables, le reste étant pris en charge par l’IC. Service : il est laissé au choix pour chaque projet de fonctionner sur la base du service dans le cas où la co-signature n’est pas souhaitée. Le coût des analyses inclut alors également le salaire du personnel, les charges de structure et le renouvellement des investissements. Les services fournis: Définition et conception du dessin expérimental Conseils concernant la mise en place du projet Conseils et aide à la préparation de l’échantillon / contrôle qualité Identification des protéines et peptides Comparaison de protéomes Mesure de masse à haute résolution Analyse des modifications post-traductionnelles (localisation et caractérisation). Protéomique ciblée Protéomique quantitative (SILAC, DIA, Label free…) Traitement des données Analyse bioinformatique et statistique

SICaPS Gif

⚙️

Omique

– Protéomique, Spectrométrie de masse

Certification : IBiSA

Type d’analyses : Analysis and comparison of proteomes and interactomes : In-depth comparison of proteomes, subproteomes, and interactomes Relative quantification of proteins Analysis of membrane interactomes Modifications of isolated or mixed proteins : Post-translational modifications (phosphorylations, acetylations, lipids, …) Chemical modifications Modified N-terminal peptides of proteins Structural determinants of proteins or protein complexes : Identification of covalent bridges Standard services : Sample preparation before MS analysis: Enzymatic digestion, desalting Exact mass measurement of proteins in solution by MALDI-MS or ESI-MS Identification of purified proteins by MALDI TOF/TOF- Identification of proteins by nanoLC-MS/MS Collaborative services (contact us) : Label-free quantification of proteins – e.g.: Comparison of proteomes, interactomes Search for modifications on purified or mixed proteins – Post-translational modifications (phosphorylations, acetylations, lipids, …) – Chemical modifications – N-terminal modifications of proteins Analysis of structural determinants of proteins or protein complexes – Identification of N- and C-terminal ends of products of proteolysis – Identification of covalent bridges

PICCEL, Imagerie et criblage cellulaire @I2BC

⚙️

Imagerie cellulaire

– Imagerie cellulaire

Certification : aucune

Type d’analyses : Criblages à haut débit / à haut contenu : Criblage génomique fonctionnelle par perte-de-fonction de gènes (banques de siARNs). Criblage miRNomique fonctionnelle par perte- ou gain-de-fonction de microARNs (banques d’anti-sens ou de mimiques des miARNs). Criblage de banques de petites molécules Solutions de criblage « sur mesure » : cribles combinatoires, modificateurs, différentiels, identification de cibles de miARNs par STaRs Assay (voir FAQ), cribles de banques « custom ». Prestations de routine : Conception, développement et optimisation de tests cellulaires miniaturisés (format 96 et 384 puits). Automatisation de traitements cellulaires (ex : transfections, études dose-réponse, traitements pharmacologiques, etc…). Acquisitions et quantification algorithmique d’images pour le profilage phénotypique. Traitement et analyse statistique de jeux de données de grandes dimensions

Integrative Bio Informatics

⚙️

Bioinformatique

– bioinformatique

Certification : aucune

Type d’analyses : Tools & databases developed at I2BC : DNA, RNA & Genomes Evolution & Phylogeny Proteins & Proteomes Structural biology

Plateforme Histologie et Analyses microscopiques (PH@M)

⚙️

Histologie

– Imagerie in vivo

Certification : aucune

Type d’analyses : 1/ Histologie Prélèvements et préparations des échantillons (fixation et/ou congélation des tissus) Coupes histologiques via différents équipements permettant de réaliser des coupes de tissus, fixés et/ou congelés (vibratome, microtome, cryostat) Marquages en immunohistochimie et immunofluorescence, simples ou en co-marquage Colorations histochimiques, pour permettre l’observation des détails structuraux dans un tissu Marquages histoenzymologiques, permettant de visualiser une activité enzymatique Hybridation in situ, permettant de visualiser dans un tissu la présence ARN spécifiques à l’intérieur d’une cellule Immunomarquage et transparisation des échantillons biologiques (iDISCO) 2/ Numérisation et analyse L’acquisition d’images des tissus peut être macroscopique ou microscopique. La numérisation se fait à l’unité (lame) ou à haut débit. L’analyse des coupes histologiques est réalisée, en direct ou après numérisation, sur des stations d’analyse performantes et à l’aide de logiciels de traitement et d’analyse d’image dédiés.

Metabolome-IDF; Laboratoire d’Etude du Métabolisme des Médicaments LMM

⚙️

Omique

– Métabolomique, Spectrométrie de masse

Certification : IBiSA

Neurospin

⚙️

Imagerie in vivo

– Bioinformatique, bases de données, Imagerie in vivo, radiobiologie

Certification : IBiSA

Type d’analyses : Mise en place et exécution de protocoles d’imagerie en recherche clinique et préclinique, de la conception des projets à la rédaction des rapports et publications, Recrutement de volontaires sains pour les protocoles d’imagerie, Acquisition de données d’imagerie chez l’Homme et l’animal, Analyse et traitement des données d’imagerie acquises au sein de la plateforme ou d’autres centres d’imagerie dans le cadre de projets multicentriques.