Technologies & Synergies

Type d’analyses : La plateforme de génomique propose : une définition du design expérimental et une aide à l’optimisation des projets des conseils pour la structuration et la mise en place des projets un accompagnement pour la préparation des échantillons et contrôle qualité une mise à disposition de Nanodrop, Bioanalyseur, appareil de PCR quantitative, Covaris S220 du séquençage à haut débit (NovaSeq6000 & MiSeq Illumina) (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, Cut&Tag, …) du single-cell RNA-Seq : en utilisant des cellules : 3’ scRNA-Seq, 5’ scRNA-Seq + TCR +/- BCR, 5’ scRNA-Seq + TCR + CITE-seq ou en utilisant des noyaux : 3’ scRNA-Seq, scATACseq, 3’ scRNAseq + scATACseq

Type d’analyses : Séquençage génome Séquençage exome Séquençage cellule unique Séquençage ARN et épigénétique Séquençage long reads Pacbio Génotypage

Type d’analyses : Caractérisations des cellules souches et tris d’événement rares CSH, CSE, CSC, CSM…) Tri et analyse multiparamétrique des cellules souches couplées à des fonctionnalités cellulaires (Side Population, ALDH). Tri clonale avec caractérisation de chaque cellule (index sort BD). Cycle cellulaire sur cellules vivantes (Hoechst, Pyronin Y) ou fixées (phase du cycle, cyclines), ploïdie, prolifération, apoptose. Analyse et tri de microparticules / microvésicules. Analyse er tri de spermatozoïdes. Marquage multicolore extra (>10) et intracellulaire Mesure d’une activité cellulaire (Pompes MDR, Flux calcique) Les services proposés sont les suivants: Formation et encadrement des utilisateurs aux techniques de cytométrie sur les cytomètres et sur les logiciels d’analyses (FacsDiva, Flowjo, Weasel). Accès aux analyseurs en libre-service après avoir préalablement suivi une formation théorique et pratique. Un calendrier de réservation en ligne est librement accessible (accès sur demande). Participation à l’élaboration de projets et à l’examen de leur faisabilité. Conception de protocoles expérimentaux adaptés afin d’analyser et, le cas échéant, trier la ou les populations d’intérêt (1 à 4).

Type d’analyses : Mise à disposition d’une interface de soumission et de suivi de projets de NGS Préparation des banques nécessaires à la mise en œuvre de nombreuses applications : Séquençage de génomes complets, d’exomes et de panels de gènes Analyse du transcriptome (RNAseq ciblant les ARN non-codants et/ou les ARNm) Caractérisation de l’épigénome : ChIP-seq pour étudier les modifications des histones et l’identification des sites de fixation de protéines à l’ADN. Analyse des régions ouvertes de la chromatine de cellules uniques (ATAC-seq single-cell) Séquençage des ARNm de cellules uniques (technologie 3’ seq et Spatial Transcriptomics de 10X Genomics) Mise à disposition de pipelines d’analyses pour les applications de routine Support bioinformatique à travers une étroite collaboration avec la plateforme bioinformatique (U1331).